6533b7cffe1ef96bd12592eb

RESEARCH PRODUCT

D vitamīna receptora gēna polimorfismu saistība ar bronhiālo astmu Latvijas populācijā

subject

description

D vitamīna receptors (VDR) nodrošina D vitamīna funkciju izpildi organismā. To kodē VDR – plejotropisks gēns, kas tiek asociēts ar autoimunitāti, dažādām iekaisuma un alerģiskām slimībām, tai skaitā arī bronhiālo astmu (BA). Bronhiālā astma ir ģenētiski sarežģīta un heterogēna hroniska elpceļu iekaisuma slimība. VDR sekvences varianti rs731236 un rs1544410 tiek pētīti kā potenciāli bronhiālas astmas risku ietekmējoši faktori. Šī pētījuma mērķis bija analizēt VDR gēna viena nukleotīda polimorfismu (SNP; single nucleotide polymorphism) rs731236 A/G un rs1544410 C/T asociāciju ar bronhiālo astmu Latvijas populācijā. Lai noskaidrotu šo SNP potenciālo ietekmi uz saslimšanas iespējamību, pēc restrikcijas fragmentu garuma polimorfisma metodes tika genotipēti 110 bronhiālās astmas slimnieku DNS paraugi un 253 kontroles grupas paraugi. Statistiskās analīzes rezultātā konstatējām, ka lokusa rs1544410 retās alēles homozigotais genotips TT ir statistiski būtisks slimības risku palielinošs faktors (p = 4,56 x10 3, ORM = 2,36, CI 95% [1,31 – 4,28]). Starp abiem lokusiem noteikta vidēji stipra nelīdzsvarotības saistība (LD; linkage disequilibrium) pētījuma kontroles grupā (p <0,0001; D’ = 0,84; r2 = 0,59). Haplotipu analīzes rezultātā A-C un G-T identificēti kā iespējami BA risku samazinoši faktori, un A-T, G-C noteikti kā slimības risku palielinošie. Arī divu lokusu genotipu analīzē identificētas statistiski ticamas asociācijas ar BA – slimības risku iespējami palielina AA-CT un GG-TC genotipi, kamēr kā aizsargājošās formas noteikti GG-TT un AA-CC genotipi. Lai izprastu šo ģenētisko variāciju iespējamo funkcionālo nozīmi, tika veikta bioinformātiskā jeb in silico analīze. Tās rezultātā noskaidrots, ka rs731236 un rs1544410 lokusu alēļu nomaiņa spēj ietekmēt transkripcijas faktoru piesaisti, kā arī DNS liekšanās spēju un ka rs731236 alternatīvās alēles rada atšķirīgas DNS sekundārās struktūras. Apkopojot minētos pētījuma rezultātus, tika atklāta VDR gēna polimorfismu rs1544410 un rs731236 iespējama ietekme uz bronhiālās astmas saslimstības risku, un secināts, ka tie varētu kļūt par potenciāliem bronhiālas astmas ģenētiskajiem marķieriem Latvijas populācijā. Bakalaura darba pētījums tika izstrādāts Latvijas Universitātes Bioloģijas institūta Genomikas un Bioinformātikas laboratorijā.