6533b7d0fe1ef96bd125a7b9

RESEARCH PRODUCT

Ar Lī sindromu saistīto mitohondriālās DNS variantu ietekme uz gēnu ekspresiju

subject

description

Lī sindroms ir reta iedzimta progresējoša neirodeģeneratīva mitohondriālā slimība, kas parasti sāk izpausties jau zīdaiņa vecumā vai agrā bērnībā. Lī sindromu var izraisīt izmaiņas gan kodola, gan mitohondriju genomā. Patogēni varianti mitohondriju genomā var ietekmēt kodola gēnu ekspresiju caur mitohondriju atgriezenisko regulāciju. Maģistra darba mērķis bija noskaidrot divu, ar Lī sindromu saistītu, mitohondriālās DNS (mtDNS) variantu ietekmi uz gēnu ekspresiju. Tika veikta transkriptoma analīze transmitohondriālo citoplazmatisko hibrīdu (cibrīdu) šūnu līnijām, kas saturēja divus ar Lī sindromu saistītus mtDNS variantus, pārbaudīta abu patogēno variantu heteroplazmijas stabilitāte, veikta digital droplet PCR apstākļu optimizācija un veikta RNS sekvencēšanas rezultātu validācija ar Selfie-digital PCR metodi. Trīs gēniem tika noteikta nozīmīgi izmainīta ekspresija pacienta A cibrīdu šūnu līnijā, homoplazmiska varianta m.9185T>C klātbūtnē. Pacienta B cibrīdu šūnu līnijās, varianta m.13513G>A 50% un 70% heteroplazmijas klātbūtnē, nozīmīgi izmainīta ekspresija bija 84 gēniem, no kuriem 31 gēna regulācija bija izmainīta vairāk nekā četras reizes. Heteroplazmijas līmenis saglabājās stabils laika gaitā visām pētāmajām šūnu līnijām. Gēniem (TCEA3, SEL1L3, ABCG1, GRID1, GRM2, DYDC2, HKDC1 un DHRS2) transkriptoma analīzes rezultātiem atbilstoša tendence tika novērota vienā no Selfie-dPCR atkārtojumiem. Tikai viens gēns FABP3 apstiprināja transkriptoma analīzes rezultātiem atbilstošu tendenci abos atkārtojumos.