6533b820fe1ef96bd1279e66

RESEARCH PRODUCT

Triploīdijas izcelsmes izpēte vīriešu ļaundabīgajos audzējos ar kariotipu un NGS datu bioinformātisko analīzi

subject

description

Vēža šūnu triploīdija (modālais hromosomu skaits ap 69) ir asociēta ar rezistenci pret terapiju un sliktu prognozi, tomēr tās rašanās mehānisms joprojām nav pilnīgi noskaidrots. Maģistra darba galvenais mērķis bija mēģināt noteikt vēža triploīdijas izcelsmi, balstoties uz dzimumhromosomu stāvokli vīriešu dzimuma pacientu kariotipos. Šim nolūkam tika veikta Mitelmana datubāzē pieejamo 15 ļaundabīgo un 5 labdabīgo audzēju kariotipu paraugkopu (kopā 2928 paraugi) in silico meta-analīze, pētot statistiskās likumsakarības starp ploīdiju un dzimumhromosomu konfigurāciju. Visos ļaundabīgo audzēju tipos tika identificēta izteikta triploīdā frakcija. X-disomija (visbiežāk novērojama kā XXY kariotips) pozitīvi korelēja ar triploīdiju (Pīrsona r≈0.9, p<0.001), negatīvi-ar diploīdiju, un nekorelēja ar tetraploīdiju. Mazāks triploīdais komponents ar X-disomiju tika novērots arī 3 no 5 labdabīgajiem audzējiem. Rezultāti ļauj secināt, ka vēža triploīdijas izcelsmē ir iesaistītas digīnijai līdzīgas pilngenoma izmaiņas, kas ietver haploīdo vecāku genomu sadalīšanos, maternālā genoma dubultošanos un pedogāmisko saplūšanu ar haploīdo paternālo genomu (hromosomālā nestabilitāte un nejaušas aberācijas visticamāk ir sekundārs process). Turklāt, 3n XXY kariotips ir potenciāli izmantojams kā vēža diagnostiskais un/vai prognostiskais marķieris. Tomēr optimālā marķiera detektēšanas metode joprojām nav noteikta. Mēģinājumā pārbaudīt jaunās paaudzes sekvenēšanas piemērotību šim mērķim, tika uzrakstīta bioinformātiskā “pipeline” programma un izanalizēti 25 normālo audu un 117 vēža biopsiju (5 vēža veidu) pilnā eksoma sekvenēšanas dati no Eiropas nukleotīdu arhīva. Eksomu analīzes rezultāti liecina, ka programma var detektēt dzimumhromosomu izmaiņas audzējos, kuros vēl nav notikusi augstas pakāpes strukturālā pārkārtošanās. Ir nepieciešami papildus pētījumi, lai atrastu vispiemērotāko metodi 3n XXY kariotipa identifikācijai pacientu paraugos.