6533b824fe1ef96bd1280f4b

RESEARCH PRODUCT

Melanomas eksomu sekvenēšana ģenētisko marķieru identificēšanai

subject

description

Melanoma ir ļaundabīgs audzējs, kas attīstās melanocītu nekontrolētas dalīšanās rezultātā. Melanomas attīstībā liela loma ir gan indivīda ģenētiskajiem un fenotipiskajiem, gan apkārtējās vides faktoriem. Tieši pēdējos gados, pateicoties jaunākas paaudzes sekvenēšanas attīstībai, atklāti daudzi jauni melanomas attīstībā iesaistīti gēni, kas nodrošinājis ievērojami detalizētāku ieskatu melanomas ģenētikā un tās veidošanās procesos. Bakalaura darba mērķis bija identificēt jaunus ar melanomas attīstību saistītus ģenētiskos marķierus. Mērķa realizēšanai 11 melanomas pacientu asiņu un audzēju audu DNS paraugiem tika veikta eksomu sekvenēšana, izmantojot Illumina sekvenēšanas metodi. Tika veikta nosekvenēto eksomu analīze, tajos atklājot lielu skaitu izmaiņu. Audos un asinīs atrastās izmaiņas tika paralēli salīdzinātas, atlasot tikai audiem specifiskās somatiskās izmaiņas. Kopumā no visiem 11 analizētajiem paraugu pāriem, 6 audu DNS paraugos tika atrastas kopumā 236 jaunas, funkcionāli nozīmīgas somatiskās izmaiņas, kas atbilda darba ietvaros uzstādītajiem ģenētisko izmaiņu atlases filtrēšanas kritērijiem. Tuvāk tika aplūkoti tikai tie gēni, kuros “interesantās” izmaiņas tika atrastas atkārtoti vismaz divu pacientu paraugos. Atrasto izmaiņu validēšana tika veikta, izmantojot Sangera sekvenēšanas metodi. Rezultātā tika identificēti trīs jauni ar melanomas attīstību saistīti gēni – CTNNA3, PBX1 un MAP3K20, kas potenciāli varētu būt nozīmīgi melanomas ģenētiskie marķieri.