6533b835fe1ef96bd129eec8

RESEARCH PRODUCT

Gēni Taphrina betulina genomā, kas iespējams kodē auksīna biosintēzes ceļus

subject

description

Taphrina betulina ir dimorfiska agrīnā askomicēte, kas inficē vairākas bērzu sugas un tām izraisa hiperplāzijas, ko sauc par vējslotām. Šādas hiperplāzijas ir tipisks simptoms auksīnu producējošo mikroorganismu infekcijām. Auksīns ir ticis izolēts no T. betulina un vairākām citām Taphrina ģints sēnēm. Auksīna biosintēzes ceļi kā arī to loma infekciju norisē lielākajai daļai sēņu ir vai nu slikti izpētīti, vai nav atklāti vispār. Šī dabra mērķis bija atrasts un anotēt par galvenā augu auksīna indolil-3-etiķskābes sintēzi atbildīgos gēnus T. betulina genomā. Gēnu meklēšanai T. betulina genomā lielākokārt tika izmantotas manuāli anotētās proteīnu sekvences no Taphrina deformans genoma. Genoma pārlūkošanai, gēnu prognožu meklēšanai un gēnu modeļu veidošanai tika izmantota WebApollo programma. Gēni tika anotēti izmantojot pāru savietošanas un daudzsekvenču savietošanas metodes. To īstenošanai tika izmantots NCBI BLAST algoritms. Rezultātā tika atrasti un anotēti 17 gēni, kas potenciāli ir spējīgi kodēt deviņus dažādus indolil-3-etiķskābes biosintēzes enzīmus. Šie enzīmi citos organismos katalizē reakcijas četros dažādos indolil-3-piruvīnskābes biosintēzes ceļos - indolil-3-piruvīnskābes, triptamīna, indolil-3-acetonitrila un indolil-3-acetamīda ceļā. Lielākajai daļai veikto gēnu anotāciju bija pārliecinošs atbalsts gan no pāru savietošanas, gan no daudzsekvenču savietošanas metodēm. Iegūtās gēnu anotācijas ir pirmais solis auksīnu biosintēzes ceļu atklāšanai T. betulina sēnē.