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Nouvelles techniques de méta-omiques pour le diagnostic de la qualité microbiologique des sols

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National audience; Les nouvelles techniques de méta-omiques ont bouleversé le domaine de l’écologie microbienne, notamment grâce à l’apport des nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Cette révolution a aussi été bénéfique en proposant des outils afin de mesurer et de réaliser des diagnostics de la qualité microbiologique des sols. Quels sont les bio-indicateurs utilisés ? Comment sont-ils étudiés et appliqués à grande échelle ? Dans cet article, seront présentées les différentes techniques de méta-omiques illustrées par des exemples validés ou en cours de validation ainsi que les développements futurs afin de répondre à l’enjeu essentiel d’une meilleure compréhension et préservation des sols.Abstact: New meta-omics techniques for diagnosis of soil microbial quality.The new meta-omics techniques have upset the field of microbial ecology, particularly due to the contribution of the new high-throughput sequencing technologies. This revolution has benefited from fundamental research point of view but also by giving access to tools dedicated to new measurements and to carry out soil microbial quality diagnosis. What are the bio-indicators used? How are they studied and applied on a large scale? This article will be focused on the different meta-omic techniques illustrated by valid or undergoing validation examples, as well as future developments in order to answer the essential challenge of a better understanding and preservation of the soil.