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Discrimination génétique de clones de Pinot Noir et de Chardonnay par marquage microsatellite

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National audience; Face aux difficultés d’améliorer la traçabilité des clones, nous avons exploré la possibilité d’utiliser des marqueurs neutres tels que les marqueurs microsatellites pour discriminer des clones de vigne. Les marqueurs microsatellites ont été choisis pour leurs caractères mono-locus, co-dominants et faciles à développer. Il sont ainsi permis de caractériser une collection de clones Pinot Noir et de Chardonnay. Cette collection de 82 clones est composée d’un clone de Gamay constituant la référence extérieure définissant l’enracinement de l’arbre phylogénétique, 48 clones de Pinot Noir et 33 clones de Chardonnay. Cette collection est constituée de clones agrées, de clones issus de populations massales et de clones en cours de sélection. L’analyse a été conduite dans, un premier temps, en utilisant 23 marqueurs microsatellites existants parmi les plus polymorphes pour le Pinot Noir [1]. Dans un second temps, 85 marqueurs microsatellite ont été développés sur la base de la séquence complète du génome du Pinot Noir 40024, par des approches bioinformatiques. En combinant les données obtenues pour les marqueurs avérés polymorphes (soit 13 marqueurs pour les marqueurs issus d’autres travaux et 16 marqueurs nouvellement développés), l’analyse microsatellite a permis la ségrégation des 48 clones de Pinot Noir en 22 groupes et celles des 33 clones de Chardonnay en 12 groupes. Ainsi, le jeu de 29 marqueurs microsatellites permet d’identifier 19 clones de Pinot Noir et 10 clones de Chardonnay. Nous pouvons également noter que les clones ségrégés sont aussi bien des clones déposés au catalogue officiel que des clones issus de populations massales ou en cours de sélection. Ces travaux montrent l’intérêt de ces marqueurs pour l’identifier des clones connus mais aussi pour la sélection de nouveaux clones ou encore la caractérisation de la diversité génétique de populations massales anciennes. Hocquigny S, Pelsy, F, Dumas, V, Kindt, S, Heloir, M C, Merdinoglu, D (2004) Diversification within grapevine cultivars goes through chimeric states. Genome, 47:579-589.