6533b862fe1ef96bd12c6762

RESEARCH PRODUCT

Hormonus nesekretējošo hipofīzes neiroendokrīno audzēju klasifikācijas izstrāde, izmantojot transkriptomu de novo pielīdzināšanu un datu dimensiju redukciju

subject

description

Īso nolasījumu RNS sekvencēšana ir metode, kuru bieži pielieto diferenciāli ekspresēto gēnu noteikšanai. Hipofīzes neiroendokrīnie audzēji jeb PitNET ir galvenokārt labdabīgi audzēji ar dažādu molekulāro izcelsmi un klīniskajā izpausmēm. Līdz šim noteiktas vairākas somatiskās mutācijas (GNAS, USP48, BRAF, USP8) un dažas pārmantojamās (AIP, MEN1, PRKAR1A, GPR101), kas asociētas PitNET veidošanos dažādos klīniskajos kontekstus, taču rezultātus bieži neizdodas replicēt dažādās it kā fenotipiski līdzīgās paraugkopās, kas varētu būt saistīts ar sarežģīto PitNET klasifikāciju. Darbā izmantoti 58 hormonus nesekretējošu PitNET paraugi, kuru RNS sekvencēšanas nolasījumi iegūti no Valsts Iedzīvotāju Genoma Datubāzes, lai noteiktu potenciāli līdz šim nenoteiktu paraugu grupēšanos dažādos immunofenotipos. Rezultātā, pēc dimensiju redukcijas un paraugu grupēšanas, noteiktas trīs paraugu apakšgrupas, starp kurām ar diferenciālās ekspresijas testa palīdzību detektēts liels skaits gēnu ar izmainītu ekspresiju. Nosakot konkrētu transkripcijas faktoru klātbūtni, secināts, ka pirmo no grupām visticamāk veido klusie Gonadotropie PitNET un “nulles” šūnu adenomas. Otro grupu veido kombinācija ar Gonadotropajiem un Kortikotropajiem PitNET, savukārt trešajā grupā neizdevās noteikt precīzāku immunofenotipu, bet pēc transkripcijas profilu līdzības tas bija tuvāks otrajai grupā, tādēļ vismaz daļu no paraugiem var veidot otrajai grupai piesaistītie fenotipi. Šie rezultāti sniedz ieskatu PitNET dažādībā un ar to asociēto transkriptu ekspresijā dažādos pacientos, kā arī paver iespējas veikt padziļinātu izpēti, palielinot paraugu skaitu un optimizējot izmantotās metodes. Darbs izstrādāts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra Bioinformātikas servisa centra ietvaros no 2020. gada septembra līdz 2021. gada maijam. Atslēgvārdi: īso nolasījumu lielapjoma RNS sekvencēšana, bulkRNA-seq, hipofīzes adenoma, PitNET, dimensiju redukcija.