6533b863fe1ef96bd12c7ae1

RESEARCH PRODUCT

Latvijas populācijas DNS kolekcijas izveide un raksturošana, PSMC6 gēna genotipēšana

subject

description

Proteasomas ir liels proteīnu komplekss. To galvenā funkcija ir lizēt defektīvas un nolietotas olbaltumvielas. 26S proteasoma sastāv no 20S serdes struktūras un 19S regulējošiem kompleksiem, kuri satur daudzas ATPāzes atkarīgas saites un ubikvitīna pievienošanās saites. PSMC6 gēns kodē 26S proteāzes regulējošās subvienības 10B proteīnu, kas pieder pie AAA-ATPāzes saimes. Darba mērķis bija pārbaudīt DNS kvalitāti un kvantitāti DNS paraugu kolekcijā, kas tika savākta no LU Medicīnas fakultāte studentu vaigu epitēlija, un noteikt iegūtā DNS PSMC6 gēna rs2295826 un rs2295827 viena nukleotīda polimorfismu (SNP). Materiāli un metodes. DNS tika izdalīta no studentu vaiga epitēlija šūnām ar izsālīšanas metodi un tika noteikta DNS paraugu koncentrācija. Pēc tam tika veikta polimerāzes ķēdes reakcija (PCR), izmantojot PSMC6_SNP986_F un PSMC6_SNP986_R praimerus. Restrikcijas saita polimorfisma izpētē tika izmantota restrikcijas saita polimorfisma metode, par restrikcijas enzīmu lietojot HpyF3I (DdeI). Rezultāti: Veicot paraugu DNS kvalitātes un koncentrācijas izvērtēšanu, tika konstatēts, ka visi paraugi ir labas kvalitātes un ar augstu koncentrāciju. Tikai 6 paraugi bija jāatšķaida koncentrācijā 1:5, vairums paraugu bija jāatšķaida 1:10 un vairāk. Veicot analīzi ar PSMC6 gēna introna SNP rs2295826, 52 (58,4%) paraugiem tika konstatēts A/A genotips, 37 (41,6%) tika konstatēts A/G genotips. Nevienā gadījumā netika konstatēts G/G genotips. Veicot analīzi ar PSMC6 gēna introna SNP rs2295827, 23 (25,8%) paraugiem tika konstatēts C/C genotips, 66 (74,2%) tika konstatēts C/T genotips. Nevienā gadījumā netika konstatēts T/T genotips. Secinājumi: Vaigu epitēlija DNS paraugu kvantitāte un kvalitāte bija apmierinoša un tos varēja sekmīgi izmantot turpmākai analīzei. Salīdzinot šajā darbā iegūto SNP rs2295826 genotipu procentuālo sadali ar NCBI datu bāzi, rezultāti atšķīrās no eiropiešu populācijas, tomēr tie bija līdzīgi aziātu un afro-amerikāņu rasas pārstāvjiem. Šajā pētījumā tika novērots procentuāli liels heterozigotas C/T genotips, savukārt, sakarā ar iespējamo nepilno restrikciju nebija neviens T/T genotips SNP rs2295827. Būtu nepieciešami turpmākie pētījumi rs2295826 un rs2295827 viena nukleotīda polimorfismu izpētē.