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Designing a graphics processing unit accelerated petaflop capable lattice Boltzmann solver: Read aligned data layouts and asynchronous communication
2016
The lattice Boltzmann method is a well-established numerical approach for complex fluid flow simulations. Recently, general-purpose graphics processing units (GPUs) have become available as high-performance computing resources at large scale. We report on designing and implementing a lattice Boltzmann solver for multi-GPU systems that achieves 1.79 PFLOPS performance on 16,384 GPUs. To achieve this performance, we introduce a GPU compatible version of the so-called bundle data layout and eliminate the halo sites in order to improve data access alignment. Furthermore, we make use of the possibility to overlap data transfer between the host central processing unit and the device GPU with com…
Nonlinearities in plant RNA virus fitness
2012
Una de las mayores amenazas tanto para la salud humana y animal, como para la agronomía es la emergencia de nuevas enfermedades infecciosas, la mayoría de las cuales están causadas por los virus de RNA. La emergencia viral es un problema complejo que consista en la adquisición de la variación genética, por mutación o recombinación, dentro de la población viral en el huésped reservorio la cual podría facilitar la capacidad de infectar de manera eficiente nuevos huéspedes. Los virus de RNA presentan a una evolucionabilidad extraordinaria por sus grandes tamaños poblacionales, cortos tiempos de generación y altas tasas de mutación y recombinación. Comprender los mecanismos evolutivos que podrí…
Generation and Applications of HPV Pseudovirions Using Vaccinia Virus
2005
This chapter outlines the generation and application of human papillomavirus type 33 (HPV 33) pseudovirions. These pseudovirions are structurally indistinguishable from native virions and are therefore valuable tools for the study of papillomavirus/cell interactions. The method describes (1) the construction of vaccinia viruses recombinant for the major and minor HPV capsid proteins, L1 and L2, respectively, (2) the transfection of Cos7 cells with a marker plasmid replicating to high copy numbers, (3) the expression of L1 and L2 using the vaccinia virus expression system, (4) the extraction, purification, and analysis of HPV-33 pseudovirions, (5) pseudoinfection assays, (6) pre- and post-at…
Single-chain antibodies against a plant viral RNA-dependent RNA polymerase confer virus resistance.
2004
Crop loss due to viral diseases is still a major problem for agriculture today. We present a strategy to achieve virus resistance based on the expression of single-chain Fv fragments (scFvs) against a conserved domain in a plant viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), a key enzyme in virus replication. The selected scFvs inhibited complementary RNA synthesis of different plant virus RdRps in vitro and virus replication in planta. Moreover, the scFvs also bound to the RdRp of the distantly related hepatitis C virus. T(1) and T(2) progeny of transgenic lines of Nicotiana benthamiana expressing different scFvs either in the cytosol or in the endoplasmic reticulum showed varying degrees of r…
Pseudovirions as Specific Tools for Investigation of Virus Interactions With Cells
2004
This chapter outlines the generation and application of human papillomavirus type 33 (HPV33) pseudovirions. The method describes (1) the construction of vaccinia viruses recombinant for the major and minor HPV capsid proteins, L1 and L2, respectively; (2) the transfection of Cos7 cells with a marker plasmid replicating to high copy numbers; (3) the expression of L1 and L2 using the vaccinia virus expression system; (4) the extraction, purification, and analysis of HPV33 pseudovirions; and (5) their use in pseudoinfection assays. These pseudovirions are structurally indistinguishable from native virions and are therefore valuable tools for the study of papillomavirus-cell interactions. The m…
Why viruses sometimes disperse in groups?
2019
AbstractMany organisms disperse in groups, yet this process is understudied in viruses. Recent work, however, has uncovered different types of collective infectious units, all of which lead to the joint delivery of multiple viral genome copies to target cells, favoring co-infections. Collective spread of viruses can occur through widely different mechanisms, including virion aggregation driven by specific extracellular components, cloaking inside lipid vesicles, encasement in protein matrices, or binding to cell surfaces. Cell-to-cell viral spread, which allows the transmission of individual virions in a confined environment, is yet another mode of clustered virus dissemination. Nevertheles…
The ALICE experiment at the CERN LHC
2008
Journal of Instrumentation 3(08), S08002 (2008). doi:10.1088/1748-0221/3/08/S08002
Curso de prácticas de Optometria II : práctica 1
2019
Esta publicación surge con la finalidad de servir de guía, consulta y orientación para que el estudiantado, (o las personas interesadas en el tema), puedan ir siguiendo un orden de pruebas y de pasos durante la realización de la actividad relacionada con la evaluación de la visión binocular. Nuestro objetivo general es facilitar que se consoliden las bases prácticas necesarias para la evaluación óptima de la visión binocular en cada una de las partes que la componen. En esta publicación, correspondiente a la práctica 1, se muestra como realizar el examen refracto, etapa importante para afrontar óptimamente las pruebas binoculares posteriores.
Redzes asuma treniņu efektivitāte
2018
Bakalaura darbs ir uzrakstīts angļu valodā uz 27. lappasspusēm, satur 12 attēlus, 1. tabulu un tajā ir atsauksmes uz 21. literatūras avotu. Darba mērķis ir novērtēt redzes asumu uzlabojošo treniņu efektivitāti. Viens no iemesliem pazeminātai redzei var būt palielināta tuvuma slodze, kā arī pazeminātas spējas veikt dažādus vizuālos uzdevumus. Trenējot šīs spējas, redzes sistēma labāk pielāgojas palielinātai tuvuma slodzei. Pētījumā piedalījās 24 bērni, kuriem tika doti dažādi redzes treniņi 3 mēnešu periodā. Redzes asums treniņu beigās būtiski uzlabojās (p<0.0001), salīdzinot ar treniņu sākumu. Vidējais uzlabojums bija 0,19 logMAR vienības. Dalībniekiem ar miopiju ametropijas lielums treniņu…
El alojamiento colaborativo: Viviendas de uso turístico y plataformas virtuales
2016
La llamada economía colaborativa, fenómeno innovador de alcance global y transversal, supone la apuesta por una alternativa a las prácticas hasta ahora conocidas en nuestra sociedad de consumo. Esta idea de la economía colaborativa ha tenido una gran repercusión más allá de su incidencia en los mercados de servicios y bienes, afectando de forma directa al sector del alojamiento turístico. De hecho, se han generalizado de forma extraordinaria diferentes alternativas al alojamiento vacacional más tradicional, mediante plataformas virtuales que ofrecen viviendas privadas para su uso turístico a precios competitivos y prometen experiencias más cercanas a la convivencia vecinal que turística. An…