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FPGA based digital lock-in amplifier for fNIRS systems

2018

Lock-In Amplifiers (LIA) represent a powerful technique helping to improve signals detectability when low signal to noise ratios are experienced. Continuous Wave functional Near Infrared Spectroscopy (CW-fNIRS) systems for e-health applications usually suffer of poor detection due to the presence of strong attenuations of the optical recovering path and therefore small signals are severely dipped in a high noise floor. In this work a digital LIA system, implemented on a Zynq® Field Programmable Gate Array (FPGA), has been designed and tested to verify the quality of the developed solution, when applied in fNIRS systems. Experimental results have shown the goodness of the proposed solutions.

010302 applied physicsComputer scienceAmplifier0206 medical engineeringLock-in amplifierDigital lock-in amplifier02 engineering and technology020601 biomedical engineering01 natural sciencesNoise floorSettore ING-INF/01 - ElettronicaSilicon photomultiplier (SiPM)Quality (physics)0103 physical sciencesElectronic engineeringContinuous waveFunctional near-infrared spectroscopyField-programmable gate arrayFpgaFunctional near-infrared spectroscopy
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Thioredoxin (Trxo1) interacts with proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and its overexpression affects the growth of tobacco cell culture.

2017

Thioredoxins (Trxs), key components of cellular redox regulation, act by controlling the redox status of many target proteins, and have been shown to play an essential role in cell survival and growth. The presence of a Trx system in the nucleus has received little attention in plants, and the nuclear targets of plant Trxs have not been conclusively identified. Thus, very little is known about the function of Trxs in this cellular compartment. Previously, we studied the intracellular localization of PsTrxo1 and confirmed its presence in mitochondria and, interestingly, in the nucleus under standard growth conditions. In investigating the nuclear function of PsTrxo1 we identified proliferati…

0106 biological sciences0301 basic medicineTFs transcription factorsOverexpressionBiologíaBiFC bimolecular fluorescence complementationClinical BiochemistryCell Culture TechniquesTobacco BY-2 cells01 natural sciencesBiochemistryTBY-2 tobacco bright yellow-2DTT 14-dithiothreitolBimolecular fluorescence complementationThioredoxinsGene Expression Regulation PlantTrx thioredoxinlcsh:QH301-705.5GFP green fluorescent proteinlcsh:R5-920biologyProliferating cell nuclear antigen (PCNA)Cell cycleGlutathione3. Good healthCell biologyMitochondriaNTR NADPH thioredoxin reductaseProtein TransportDEM diethyl maleateRT-qPCR Reverse transcription quantitative polymerase chain reactionThioredoxinlcsh:Medicine (General)Oxidation-ReductionAMS 4-acetamido-4-maleimidylstilbene-22-disulfonic acidResearch PaperPCNA proliferating cell nuclear antigenOex overexpressingCell cycleNucleusThioredoxin o103 medical and health sciencesROS reactive oxygen speciesDownregulation and upregulationProliferating Cell Nuclear AntigenTobaccoDAPI 46-diamidine-2-phenylindolmCBM monochlorobimaneCellular compartmentCell NucleusCell growthOrganic ChemistryBotánicaPeasMolecular biologyYFP yellow fluorescent proteinProliferating cell nuclear antigenTBS Tris-buffered salineOD optical density030104 developmental biologylcsh:Biology (General)Cell cultureRNA reactive nitrogen speciesbiology.proteinPrx peroxiredoxinBSA bovine serum albumin010606 plant biology & botanyRedox biology
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The cytoprotective protein MANF promotes neuronal survival independently from its role as a GRP78 cofactor

2021

Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor (MANF) is an endoplasmic reticulum (ER)-stress-regulated protein exhibiting cytoprotective properties through a poorly understood mechanism in various in vitro and in vivo models of neuronal and non-neuronal damage. Although initially characterized as a secreted neurotrophic factor for midbrain dopamine neurons, MANF has recently gained more interest for its intracellular role in regulating the ER homeostasis, including serving as a cofactor of the chaperone glucose-regulated protein 78 (GRP78). We aimed for a better understanding of the neuroprotective mechanisms of MANF. Here we show for the first time that MANF promotes the survival of …

0301 basic medicineBiFC bimolecular fluorescence complementationMST microscale thermophoresisPDIA1 protein disulfide isomerase family A member 1ApoptosisNEUROTROPHIC FACTOR MANFEndoplasmic ReticulumBiochemistryprotein-protein interactionMiceBimolecular fluorescence complementationUPR unfolded protein responseENDOPLASMIC-RETICULUM STRESSMesencephalonNeurotrophic factorsInsulin-Secreting CellsProtein Interaction MappingBINDINGCOMPREHENSIVE RESOURCEATF6unfolded protein response (UPR)PDIA6 protein disulfide isomerase family A member 6PPIs protein-protein interactionsEndoplasmic Reticulum Chaperone BiPHeat-Shock ProteinsNPTN neuroplastinbiologyChemistryapoptosisunfolded protein responsedopamine neurons3. Good healthCell biologyGDNF glial cell line–derived neurotrophic factorIRE1-ALPHASBD substrate-binding domainendoplasmic reticulum stressMANF mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factorTm tunicamycinneuroprotectionResearch ArticleProtein BindingSignal TransductionGRP78Protein Disulfide-Isomerase FamilyCell SurvivalTH tyrosine hydroxylasePrimary Cell CultureSCG superior cervical ganglionProtein Disulfide-IsomerasesIRE1 inositol-requiring enzyme 1ER-STRESSER endoplasmic reticulum03 medical and health sciencesohjelmoitunut solukuolemaC-MANF C-terminal domain of MANFCSPs chemical shift perturbationsAnimalsHumansHSP70 Heat-Shock ProteinsNerve Growth FactorsNBD nucleotide-binding domainNMR nuclear magnetic resonanceMolecular Biology030102 biochemistry & molecular biologyBIPATF6Dopaminergic NeuronsGene Expression ProfilingBinding proteinneuronal cell deathDISSOCIATIONCell BiologyNEI nucleotide exchange inhibitorEmbryo MammalianadenosiinitrifosfaattiATPhermosolutmesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factorprotein–protein interactionPERK protein kinase RNA-like ER kinaseHEK293 Cells030104 developmental biologyGene Expression RegulationChaperone (protein)Tg thapsigarginbiology.proteinUnfolded protein responseAP-MS affinity purification mass spectrometry1182 Biochemistry cell and molecular biologyGFP-SH SH-tagged GFPendoplasmic reticulum stress (ER stress)DA dopaminemesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor (MANF)proteiinitNeuroplastin
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Sphingolipids and Inositol Phosphates Regulate the Tau Protein Phosphorylation Status in Humanized Yeast

2020

Hyperphosphorylation of protein tau is a hallmark of Alzheimer’s disease (AD). Changes in energy and lipid metabolism have been correlated with the late onset of this neurological disorder. However, it is uncertain if metabolic dysregulation is a consequence of AD or one of the initiating factors of AD pathophysiology. Also, it is unclear whether variations in lipid metabolism regulate the phosphorylation state of tau. Here, we show that in humanized yeast, tau hyperphosphorylation is stimulated by glucose starvation in coincidence with the downregulation of Pho85, the yeast ortholog of CDK5. Changes in inositol phosphate (IP) signaling, which has a central role in energy metabolism, altere…

0301 basic medicineCDK5Cèl·lulesTau proteinSit42HyperphosphorylationSaccharomyces cerevisiaeSACCHAROMYCES-CEREVISIAECeramide03 medical and health scienceschemistry.chemical_compoundCell and Developmental Biology0302 clinical medicineInositolceramideYpk1Inositol phosphatelcsh:QH301-705.51-IP7Original Researchchemistry.chemical_classificationScience & TechnologybiologyChemistryKinaseNEURODEGENERATIONLipid metabolismCell BiologyProtein phosphatase 2Fpk1MICROTUBULE-BINDINGPho85SERINE PALMITOYLTRANSFERASECell biologyALZHEIMERS-DISEASE030104 developmental biologylcsh:Biology (General)030220 oncology & carcinogenesisGLYCOGEN-SYNTHASE KINASE-3-BETAbiology.proteinKINASE-ACTIVITYPhosphorylationLife Sciences & BiomedicineBETA TOXICITYProteïnesDevelopmental BiologyFrontiers in Cell and Developmental Biology
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Using GFP-Tagged Escherichia coli to Investigate the Persistence of Fecal Bacteria in Vegetated Wetlands: An Experimental Approach

2020

The contamination of surface water by pathogenic bacteria of human origin is an important public health issue. Wetlands can be contaminated with fecal bacteria by water originating from different sources, such as wastewater treatment plants and agriculture. Escherichia coli is a commensal of the human gut flora and the major indication of fecal contamination in surface water. Little is known about the association between fecal bacteria and submerged macrophytes and how this may influence the water quality. We questioned whether macrophytes enhance or inhibit the bacterial growth in wetlands. For this purpose, we grew four different species of macrophytes (Mentha aquatica, Baldellia ranuncul…

0301 basic medicineMicrobiology (medical)antimicrobial compoundantimicrobial compounds[SDE.MCG]Environmental Sciences/Global ChangesElodea canadensisWetland010501 environmental sciencesmedicine.disease_causeGFP01 natural sciencesBiochemistryMicrobiologywetlands03 medical and health sciencesAquatic plantBotanymedicineEscherichia coliPharmacology (medical)General Pharmacology Toxicology and PharmaceuticsEscherichia coliComputingMilieux_MISCELLANEOUS0105 earth and related environmental sciences[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology environmentgeographymacrophytegeography.geographical_feature_categorybiology<i>Escherichia coli</i>lcsh:RM1-950food and beverages15. Life on landbiology.organism_classification6. Clean waterSparganium emersumwetlandMacrophytemacrophytesFecal coliform030104 developmental biologyInfectious Diseaseslcsh:Therapeutics. Pharmacology[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitologyfecal bacteriaWater quality
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Spiking Neural Networks models targeted for implementation on Reconfigurable Hardware

2017

La tesis presentada se centra en la denominada tercera generación de redes neuronales artificiales, las Redes Neuronales Spiking (SNN) también llamadas ‘de espigas’ o ‘de eventos’. Este campo de investigación se convirtió en un tema popular e importante en la última década debido al progreso de la neurociencia computacional. Las Redes Neuronales Spiking, que tienen no sólo la plasticidad espacial sino también temporal, ofrecen una alternativa prometedora a las redes neuronales artificiales clásicas (ANN) y están más cerca de la operación real de las neuronas biológicas ya que la información se codifica y transmite usando múltiples espigas o eventos en forma de trenes de pulsos. Este campo h…

330406330703330416machine learningspiking neural networks330793neural networksfpgasnn120318
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Impacto de la variación en el número de copias y del estado de metilación de genes supresores de tumor en las vías de progresión del meningioma

2015

El meningioma es el tumor del sistema nervioso central más frecuente en la edad adulta, con una incidencia superior al 30% y una evidente predominancia femenina. La sintomatología deriva fundamentalmente de la localización del tumor, que crece desde las células de la cubierta aracnoidea. El tratamiento es principalmente quirúrgico, y su radicalidad se relaciona clásicamente con la aparición de recidivas tumorales, que es la principal complicación que sufren los afectados. Macroscópicamente, son tumores habitualmente bien delimitados y encapsulados, de crecimiento lento, y microscópicamente la OMS los clasifica en 16 subtipos histológicos. Son tumores positivos para vimentina y EMA, y en men…

:CIENCIAS MÉDICAS ::Patología::Neuropatología [UNESCO]:CIENCIAS DE LA VIDA::Biología humana ::Genética humana [UNESCO]:CIENCIAS DE LA VIDA::Biología celular::Citogenética [UNESCO]citogenéticaUNESCO::CIENCIAS DE LA VIDA::Biología celular::Cultivo celularFFPEUNESCO::CIENCIAS MÉDICAS ::Patología::NeuropatologíameningiomaUNESCO::CIENCIAS DE LA VIDA::Biología celular::CitogenéticaMLPAepigenética:CIENCIAS DE LA VIDA::Biología celular::Cultivo celular [UNESCO]genes supresores de tumorUNESCO::CIENCIAS MÉDICAS ::Patología::HistopatologíaUNESCO::CIENCIAS DE LA VIDA::Biología humana ::Genética humana:CIENCIAS MÉDICAS ::Patología::Histopatología [UNESCO]
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Contributions to Phase Two of AGATA electronics

2020

En el campo de la física nuclear, la espectroscopia de rayos gamma de alta resolución es un método preciso para estudiar la estructura del núcleo, extrayendo la energía y la distribución angular de los fotones gamma emitidos en las transiciones entre estados nucleares. Para obtener núcleos en un estado excitado y por tanto emitan rayos gamma, hemos de hacer chocar la materia, produciendo reacciones nucleares (espectroscopia de haz) o recurrir a desintegraciones radiactivas (espectroscopia de desintegración). Los detectores de semiconductor de germanio de alta pureza (HPGe) han demostrado tener una buena respuesta interaccionando con rayos gamma. Al igual que otros detectores de basados en s…

:CIENCIAS TECNOLÓGICAS [UNESCO]Gamma Ray SpectroscopyJESD204 protocolTime Domain MultiplexingUNESCO::CIENCIAS TECNOLÓGICASAGATAApplied Electronics & Instrumentation EngineeringHigh Speed Digital DesignFPGANuclear Instrumentation
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Sistema de transferencia de datos en el instrumento TilePPr del proyecto TileCal

2017

El proyecto surge de la implementación del nuevo sistema de lectura de datos FELIX, que aprovecha los Transceptores Gigabit incorporados en las FPGA XC7VX485T y XC7VX690T del fabricante Xilinx. Estos transceptores se usan para establecer enlaces de datos a través de fibra óptica entre la FPGA del Pre-procesador del TileCal o TilePPr (XC7VX485T) y la placa electrónica que está conectada por PCIe al servidor local (XC7VX690T), por lo que el trabajo consiste en alcanzar los siguientes objetivos: a) Poner en marcha en la FPGA XC7VX485T del Pre-procesador o TilePPr la interfaz de transferencia de datos para que sea compatible con el nuevo sistema “Enlace de intercambio en el límite frontal” o FE…

:CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología electrónica ::Diseño de circuitos [UNESCO]:CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología electrónica ::Microelectrónica. Diseño [UNESCO]pcb:CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología electrónica ::Microelectrónica [UNESCO]fpga Mezzanine Card:FÍSICA::Electrónica ::Circuitos integrados [UNESCO]placa de circuito impresoUNESCO::CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología electrónica ::Diseño de circuitoscomunicación digitalvhdltransferencia de datosfpgaUNESCO::FÍSICA::Electrónica ::Circuitos integradosprotocolo de comunicaciónUNESCO::CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología electrónica ::Microelectrónica. Diseñoelectrónica Digitalseñal de relojmicrostripUNESCO::CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología electrónica ::Microelectrónicafield programmable gate arrays
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Contribuciones al procesado hardware de la señal para detectores de radiación de alta resolución espacial con lectura por matriz de fotodiodos : dise…

2013

Aplicaciones de física médica y nuclear para el diagnóstico por imagen o la radioterapia de alta precisión, así como otras de carácter industrial, tales como la implantación iónica en microelectrónica, requieren de dispositivos capaces de conocer la posición de un haz de partículas con alta resolución. El detector de radiación utilizado para determinar la posición de interacción de una partícula o de un haz, en éstas y otras aplicaciones físicas, se denomina hodoscopio, y su función es proporcionar la característica espacial del haz. La tecnología basada en fibra óptica centelleadora es una solución al problema de posicionamiento de alta precisión que ha ido adquiriendo importancia en los ú…

:FÍSICA::Otras especialidades físicas [UNESCO]física nuclearhodoscopía de alta resolucióndetectores de radiaciónUNESCO::FÍSICA::Otras especialidades físicasUNESCO::CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología de la instrumentación::Instrumentos electrónicosfísica médica:CIENCIAS TECNOLÓGICAS::Tecnología de la instrumentación::Instrumentos electrónicos [UNESCO]FPGA
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