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Initiator-Directed Transcription: Fission Yeast Nmtl Initiator Directs Preinitiation Complex Formation and Transcriptional Initiation
2022
The initiator element is a core promoter element encompassing the transcription start site, which is found in yeast, Drosophila, and human promoters. This element is observed in TATA-less promoters. Several studies have defined transcription factor requirements and additional cofactors that are needed for transcription initiation of initiator-containing promoters. However, those studies have been performed with additional core promoters in addition to the initiator. In this work, we have defined the pathway of preinitiation complex formation on the fission yeast nmt1 gene promoter, which contains a functional initiator with striking similarity to the initiator of the human dihydrofolate red…
Chromatin-dependent regulation of RNA polymerases II and III activity throughout the transcription cycle
2015
The particular behaviour of eukaryotic RNA polymerases along different gene regions and amongst distinct gene functional groups is not totally understood. To cast light onto the alternative active or backtracking states of RNA polymerase II, we have quantitatively mapped active RNA polymerases at a high resolution following a new biotin-based genomic run-on (BioGRO) technique. Compared with conventional profiling with chromatin immunoprecipitation, the analysis of the BioGRO profiles in Saccharomyces cerevisiae shows that RNA polymerase II has unique activity profiles at both gene ends, which are highly dependent on positioned nucleosomes. This is the first demonstration of the in vivo infl…
A complete set of nascent transcription rates for yeast genes
2010
The amount of mRNA in a cell is the result of two opposite reactions: transcription and mRNA degradation. These reactions are governed by kinetics laws, and the most regulated step for many genes is the transcription rate. The transcription rate, which is assumed to be exercised mainly at the RNA polymerase recruitment level, can be calculated using the RNA polymerase densities determined either by run-on or immunoprecipitation using specific antibodies. The yeast Saccharomyces cerevisiae is the ideal model organism to generate a complete set of nascent transcription rates that will prove useful for many gene regulation studies. By combining genomic data from both the GRO (Genomic Run-on) a…
Genomics of mRNA turnover
2007
Most studies on eukaryotic gene regulation have focused on mature mRNA levels. Nevertheless, the steady-state mRNA level is the result of two opposing biological processes: transcription and degradation, both of which can be important points to regulate gene expression. It is now possible to determine the transcription and degradation rates (TR and DR), as well as the mRNA amount, for each gene using DNA chip technologies. In this way, each individual contribution to gene expression can be analysed. This review will deal with the techniques used for the genomic evaluation of TR and DR developed for the yeast Saccharomyces cerevisiae. They will be described in detail and their potential draw…
A genomic view of mRNA turnover in yeast
2011
The steady-state mRNA level is the result of two opposing processes: transcription and degradation; both of which can provide important points to regulate gene expression. In the model organism yeast Saccharomyces cerevisiae, it is now possible to determine, at the genomic level, the transcription and degradation rates, as well as the mRNA amount, using DNA chip or parallel sequencing technologies. In this way, the contribution of both rates to individual and global gene expressions can be analysed. Here we review the techniques used for the genomic evaluation of the transcription and degradation rates developed for this yeast, and we discuss the integration of the data obtained to fully an…
Análisis genómico de la interacción entre la transcripción y la degradación durante el recambio del mRNA en S. cerevisiae
2015
En eucariontes, el mRNA es transcrito en el núcleo, exportado hacia el citoplasma, traducido en proteínas y finalmente degradado. De esta manera, la expresión génica se describe como un sistema lineal. Un aspecto importante de la expresión génica consiste en mantener los niveles del mRNA, los cuales son el resultado de la interacción dinámica entre la tasa de transcripción y de degradación. Para mantener el equilibrio entre ambas tareas, es necesaria la existencia de mecanismos que comuniquen ambos procesos. Utilizando la levadura S. cerevisiae y mediante la técnica llamada Genomic Run On, estudié el recambio del mRNA.ElGenomic Run On permite medir a escala genómica la tasa de transcripción…
Caracterización del supresor tumoral DRO1 y su regulación transcripcional por AIB1
2012
El cáncer es una enfermedad de gran importancia puesto que es una de las principales causas de muerte en el mundo. Los principales factores de riesgo para el desarrollo de la enfermedad son la edad o el estilo de vida que promueve un índice de masa corporal elevado, ingesta reducida de frutas y verduras, falta de actividad física, consumo de tabaco y consumo de alcohol. Sin embargo, en la aparición del cáncer también se encuentran implicados otros factores como son la predisposición genética o la presencia de enfermedades como la obesidad o ciertos virus que pueden influir en el desarrollo del cáncer. La causa de esta enfermedad es la acumulación progresiva de alteraciones genéticas que con…
Aproximación a la autoría y significado de la inscripción del Santo Cáliz de Valencia
2018
Las pinturas murales de los arcosolios del Cementerio del Conjunto Histórico de San Juan del Hospital de Valencia
2020
Los últimos trabajos de restauración llevados a cabo en los arcosolios del cementerio del Conjunto Histórico de San Juan del Hospital de Valencia han sacado a la luz parte de las pinturas murales que sirvieron como decoración al intradós de estas pequeñas arquitecturas funerarias. Dichas pinturas, ocultas bajo diferentes capas de cal desde mediados del siglo XIV, se suman a las descubiertas en las anteriores etapas de rehabilitación y restauración en la capilla de San Miguel y en el arcosolio llamado de Fernández Heredia. De este modo el conjunto hospitalario se sitúa entre los monumentos con más numerosos e interesantes restos pictóricos murales de época medieval de la ciudad de Valencia. …
Da descrição à estratégia de inclusão narrativa da gravura de Albrecht Dürer em O Evangelho Segundo Jesus Cristo
2008
En este artículo nos proponemos desarrollar una reflexión en torno a la relación entre la literatura y el arte que la novela de José Saramago, O Evangelho Segundo Jesus Cristo, establece ya desde el incipit a través de la estrategia de la inclusión narrativa del grabado. Es nuestro objetivo mostrar cómo la descripción del grabado (écfrase) de Albrecht Dürer sobre la crucifixión, con la que la novela se inicia, funciona como un "modelo" que abre y contiene la narrativa futura que más tarde será objeto de una nueva descripción detallada en el explicit. Precisamente mediante la descripción del grabado, el incipit representa y construye el mundo ficcional, a través de la información variada que…