Search results for "Microorganisme"
showing 10 items of 107 documents
Connaître les sols français pour mieux les gérer
2012
National audience
Identification et caractérisation de candidats d'origine naturelle à action herbicide pour contrôler les adventices
2016
Les produits phytopharmaceutiques (ou pesticides) utilisés aujourd'hui en agriculture sont pointés du doigt pour leurs impacts potentiels sur l’environnement et les écosystèmes et pour les risques qu’ils sont susceptibles d’engendrer pour la santé animale et humaine (Inserm, 2013). Les objectifs majeurs de la thèse sont d’isoler et identifier des microorganismes pathogènes des adventices, et d’acquérir des connaissances sur les mécanismes de l'interaction plante adventicemicroorganismes dans le cadre du développement de bioherbicides pour contrôler les adventices. Outre une analyse bibliographique sur l'état des connaissances relatif aux interactions adventicesmicroorganismes, le travail de…
Identification of potential mycoherbicides using a metabarcoding approach
2018
National audience
New perspectives and approaches in plant growth-promoting rhizobacteria research
2007
International audience; In the context of increasing international concern for food and environmental quality, use of Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR) for reducing chemical inputs in agriculture is a potentially important issue. PGPR are root-colonizing bacteria that exert beneficial effects on plant growth and development, but they can be also employed in the control of plant pathogens, for enhancing the efficiency of fertilizers, and for degrading xenobiotic compounds. This book provides an update by renowned international experts on the most recent advances in the ecology of these important bacteria, the application of innovative methodologies for their study, their interactio…
NF ISO 14239 - Qualité du Sol - Systèmes d’incubation de laboratoire destinés à la mesure de la minéralisation de produits chimiques organiques dans …
2017
EA BIOME INRA; Le présent document spécifie les étapes principales d’une méthode d’amplification par réaction de polymérisation en chaîne (PCR) quantitative (qPCR) permettant de mesurer Domaine d'application Le présent document définit six systèmes d'incubation appropriés permettant de mesurer les vitesses et l'étendue de la minéralisation de composés organiques dans le sol par mesurage du dégagement de dioxyde de carbone (CO2) . Tous les systèmes d'incubation peuvent être utilisés avec des composés solubles ou insolubles, mais le choix du système dépend des objectifs globaux de l'étude. Le présent document ne s'applique pas à l'utilisation desdits systèmes pour les bilans de masse, qui son…
Contribution of molecular biology techniques to the knowledge of soil microbial diversity and functions
2012
Depuis le développement de l’industrialisation, de l’urbanisation et de l’agriculture intensive, le sol est de plus en plus soumis à de nombreuses variations des conditions environnementales entraînant des modifications de la diversité taxonomique et de la fonctionnalité des communautés microbiennes indigènes. Par conséquent, la question de la signification fonctionnelle de ces pertes/modifications de biodiversité en termes de capacité des écosystèmes à maintenir les fonctions et services dont l’humanité dépend est aujourd’hui centrale. Dans ce contexte, un des challenges en écologie microbienne est de mieux définir et comprendre les processus qui génèrent et maintiennent la diversité micro…
Le Priming Effect dans le sol : mécanismes, acteurs et conséquences sur les services écosystémiques dans un contexte de changement global
2022
The priming effect (PE) is a key mechanism contributing to the carbon balance of the soil ecosystem. Almost 100 years of research since its discovery in 1926 have led to a rich body of scientific publications to identify the drivers and mechanisms involved. A few review articles have summarised the acquired knowledge; the last major one was published in 2010. Since then, knowledge on the soil microbial communities involved in PE and in PE + C sequestration mechanisms has been considerably renewed.This article reviews current knowledge on soil PE to state to what extent new insights may improve our ability to understand and predict the evolution of soil C stocks. We propose a framework to un…
Microalgae community structure analysis based on 18S rDNA amplification from DNA extracted directly from soil as a potential soil bioindicator
2005
International audience; Soil algae are photosynthetically active microorganisms showing changeable community structure, depending on the soil type, the agricultural practices and the application of pesticides. To characterise algal community structure, molecular approaches complementary to classical microbiological approaches based on the isolation and the culture of soil algae are required. Our study describes a polymerase chain reaction (PCR) approach targeting algal 18S rDNA sequences of desoxyribonucleic acid (DNA) samples extracted either from unialgal eukaryotic microalgae culture, complex assemblages of microalgae populations or natural soil communities. Our first results showed that…
Identification of Traits Implicated in the Rhizosphere Competence of Fluorescent Pseudomonads: Description of a Strategy Based on Population and Mode…
2009
E-book; International audience; The lack of consistency of the beneficial effects of inoculated fluorescent pseudomonads has often been related to their bad survival in the rhizosphere. In this review, we describe the strategy followed over the last decade to study traits involved in the rhizosphere competence of these bacteria. The diversity of indigenous populations associated with plant roots was first compared to that of populations associated with uncultivated soils in order to identify traits that discriminate these populations. The involvement of these bacterial traits in the rhizosphere competence was then assessed by comparing the competitiveness of a wild-type strain to that of mu…
DIAGSOL : development of a new functional marker of exposure to herbicides B-triketones in an agricultural soil
2020
Numerous herbicides target an enzyme found not only in weeds but also in « non-target organisms » such as microorganisms. This proof-of-concept study aims to use microbial gene encoding the targeted enzyme or the targeted enzyme itself as a marker for herbicide exposure in soils. The hppd gene and the encoded enzyme (HPPD; 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase), targeted by B-triketone herbicides, are the subject of this study. In silico analyses reveal that the hppd gene is spread out in all bacterial phyla. Primers specific to this gene were designed. This primer pair is used to measure the abundance, the composition and the diversity of the hppd bacterial community in soil microcosms expos…