Search results for "bakteeri"

The effect of iron on the biodegradation of natural dissolved organic matter

2016

Iron (Fe) may alter the biodegradation of dissolved organic matter (DOM), by interacting with DOM, phosphorus (P), and microbes. We isolated DOM and a bacterial community from boreal lake water and examined bacterial growth on DOM in laboratory experiments. Fe was introduced either together with DOM (DOM-Fe) or into bacterial suspension, which led to the formation of insoluble Fe precipitates on bacterial surfaces (Fe coating). In the latter case, the density of planktonic bacteria was an order of magnitude lower than that in the corresponding treatment without introduced Fe. The association of Fe with DOM decreased bacterial growth, respiration, and growth efficiency compared with DOM alon…

Ravintoresurssin ajallisen vaihtelun vaikutus saaliin (Serratia marcescens -bakteeri) ja pedon (Tetrahymena thermophila -alkueläin) evolutiiviseen ja…

2010

Resurssit ovat yksi tärkeimmistä eliöiden evoluutioon vaikuttavista ympäristötekijöistä. Esimerkiksi eliöiden kyky kilpailla ja puolustautua voivat kehittyä erilailla ravintoympäristöstä ja sen muutoksista riippuen: hyvä resurssisaatavuus voi mahdollistaa kalliisiin puolustusominaisuuksiin allokoimisen, kun taas resurssien puute voi estää saaliin puolustusominaisuuksien evoluution. Tutkin saalistuksen ja ympäristön vaihtelun vaikutusta faktoriaalisessa mikrokosmos kokeessa, jossa saalisbakteereita (Serratia marcescens) kasvatettiin joko yksin (kontrollit) tai yhdessä alkueläinpedon (Tetrahymena thermophila) kanssa vakaassa tai vaihtelevassa ravintoresurssiympäristössä 8 viikon ajan. Petojen…

Eco-epidemiology of tick- and rodent-borne pathogens in boreal forests

2017

Infectious diseases are amongst the ten major causes of human mortality worldwide, 60% of them being animal-borne. Variations of abiotic and biotic conditions are likely to modify the transmission of parasites and pathogens within reservoir species, and, as a consequence, alter the zoonotic risk for human. My thesis aims at elucidating the dynamics and mechanisms of the maintenance of ticks, tick-borne pathogens (TBPs) and the Puumala hantavirus (PUUV) in the reservoir host, the bank vole (Myodes glareolus, BV). In Northern Europe, tick-borne diseases are growing in importance to human because of the latitudinal expansion of the tick Ixodes ricinus. Field monitoring revealed that I. ricinus…

Resistant ammonia-oxidizing archaea endure, but adapting ammonia-oxidizing bacteria thrive in boreal lake sediments receiving nutrient-rich effluents

2018

Climate change along with anthropogenic activities changes biogeochemical conditions in lake ecosystems, modifying the sediment microbial communities. Wastewater effluents introduce nutrients and organic material but also novel microbes to lake ecosystems, simulating forthcoming increases in catchment loadings. In this work, we first used 16s rRNA gene sequencing to study how the overall sediment microbial community responds to wastewater in six boreal lakes. To examine forthcoming changes in the lake biogeochemistry, we focused on the ammonia-oxidizing archaea (AOA) and bacteria (AOB), and examined their functional and compositional community response to wastewater. Although we found the l…

Probing the interplay of microbes and medicine in a hospital setting using an individual-based model

2014

Tämän tutkielman tavoitteena oli kehittää graafisen käyttöliittymän omaava monipuolinen simulaatioympäristö, jolla voidaan mallintaa bakteerien leviämistä sairaalaympäristössä. Ohjelma mahdollistaa noin neljänkymmenen sairaalaparametrin asettamisen ja tulosten purkamisen taulukkomuotoon. Kyseisessä yksilöpohjaisessa mallissa keskitytään sairaalatyöntekijöiden ja potilaiden välisiin vuorovaikutuksiin. Työntekijät toimivat vektoreina, levittäen bakteeri-infektioita potilaiden välillä. Bakteerimallinnus yksittäisen potilaan sisällä on toteutettu matemaattisesti. Bakteerit voivat kilpailla keskenään ja muuntua antibiooteille vastustuskykyisiksi; tällöin voidaan hyödyntää faagiterapiaa, jossa in…

The evolution of temperature tolerance and invasiveness in a fluctuating thermal environment

2016

The consequences of the climate change on species are still uncertain, despite of intensive research. Currently, rising temperature is not the only concern, since the climate change scenarios also predict increases in the amount of disturbances, such as storms, floods, and thermal fluctuations. Disturbances have also been shown to affect species’ evolution, for example by selecting for traits that are advantageous in fluctuating environments but are also facilitating invasiveness. In this thesis, I study the consequences of evolving in a fluctuating thermal environment by utilizing bacterial microcosms. First I tested the effects of fluctuating vs. constant temperature on the evolution of t…

Suoliston mikrobit ja fyysinen suorituskyky

2021

Suolistoamme asuttava miljardilukuinen mikrobiyhteisö osallistuu fysiologiaamme monin tavoin. Se kykenee esimerkiksi hajottamaan ravinnosta yhdisteitä, joihin omat entsyymimme eivät pure. Poikittaistutkimuksissa on löydetty ihmisen fyysisen suorituskyvyn ja suolistomikrobien välisiä yhteyksiä. Liikunta-aktiivisuus näyttäisi lisäävän tiettyjen terveysvaikutteisten suolistomikrobien määrää. Pitkittäistutkimuksista tekemämme systemoitu katsaus osoittaa, että liikunta vaikuttaa ihmisten suolistomikrobeihin, mutta tulokset ovat ristiriitaisia. Yleisimmin keskikuormittava kestävyysliikunta on aiheuttanut eniten muutoksia suolistossa, mutta tähänastinen tutkimus on painottunut iäkkäisiin, ylipaino…

Analysis of the therapeutical properties of a phage against Staphylococcus aureus pig isolates, and phage isolation against Pseudomonas aeruginosa fr…

2017

Antibioottiresistenttiys on kasvava ongelma, jonka selättämiseksi tarvitaan uusia keinoja. Prekliinisten tutkimustulosten perusteella bakteereja infektoivien virusten eli faagien on havaittu olevan hyvä vaihtoehto antibiooteille. Sairaalanäytteestä löydettyä metisilliinille resistenttiä Staphylococcus aureus (MRSA) -kantaa vastaan eristetty bakteriofagi karakterisoitiin sekvensoimalla ja läpäisyelektronimikroskoopilla, jotta sen mahdollista terapeuttista käyttöä voitaisiin selvittää. Faagilla havaittiin olevan keskikokoinen 43,098 bp:n pituinen genomi ja faagin morfologian perusteella se lukeutuu Siphoviridae-heimoon kuuluviin hännällisiin faageihin. Faagi puhdistettiin anioninvaihtokromato…

Characterization and immunological aspects of Borrelia burgdorferi pleomorphic round bodies

2015

The swinholide biosynthetic gene cluster from a terrestrial cyanobacterium Nostoc sp. UHCC 0450

2018

Swinholides are 42-carbon ring polyketides with a 2-fold axis of symmetry. They are potent cytotoxins that disrupt the actin cytoskeleton. Swinholides were discovered from the marine sponge Theonella sp. and were long suspected to be produced by symbiotic bacteria. Misakinolide, a structural variant of swinholide, was recently demonstrated to be the product of a symbiotic heterotrophic proteobacterium. Here, we report the production of swinholide A by an axenic strain of the terrestrial cyanobacterium Nostoc sp. strain UHCC 0450. We located the 85-kb trans-AT polyketide synthase (PKS) swinholide biosynthesis gene cluster from a draft genome of Nostoc sp. UHCC 0450. The swinholide and misaki…