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La métaprotéomique pour l'analyse fonctionnelle des communautés bactéreinnes indigènes
2007
Etude de l’interaction plante-communautés microbiennes de la rhizosphère chez l’espèce modèle Medicago truncatula par une approche multidisciplinaire…
2012
The soil microbial communities can improve plant growth by increasing soil nutrient availability, thereby promoting their uptake by the plant. In an overall context of input reduction, the plant nutrition should be increasingly based on plant- rhizosphere microbial communities’ interactions. Yet, very few studies have examined the entire rhizosphere microbial communities in relationship with both plant genotype and phenotype. The aim of this thesis was to study the plant genotype effect on the rhizosphere microbial communities in relationship with the plant nutritional strategies. To do so, the plant-rhizosphere microbial communities’ interaction was assessed by a multidisciplinary approach…
Effet de la diversité génétique sur l’efficacité de la sélection artificielle au niveau de la communauté : comment sélectionner des communautés micro…
2019
National audience; La sélection artificielle, à l’origine des espèces animales et végétales d’intérêt agronomique, est classiquement exercée au niveau de l’individu, voire des gènes. Cependant, appliquer cette sélection au niveau supra-individuel permet l’accès à des sources de variation phénotypique supplémentaires introduites par les interactions inter-individuelles. Dans les procédures de sélection artificielle au niveau des communautés, comme dans les procédures classiques, la diversité tend à s’éroder au cours du temps ce qui peut altérer l’efficacité de la sélection. L’objectif de ma thèse est de déterminer comment la diversité génétique influence l’efficacité de la sélection artifici…
Dispersal potential of antibiotrophy along the manure-soil-sediment continuum of sulfamethazine-contaminated agrosystems
2021
An emerging function in the scientific literature, antibiotrophy is the bacterial capacity to metabolize antibiotics. Considered a bioremediation tool, it remains a health risk due to its association with antibiotic resistance. The first goal of this thesis was to study its dispersion within agrosystems contaminated with antibiotics during two coalescence events, i.e. manure spreading on the soil and its erosion towards the aquatic compartment. Experiments have shown the systematic invasion of the soil and sediment bacterial communities by the antibiotroph Microbacterium sp. C448 when sulfamethazine is present but not necessarily mineralized. The antibiotic would have a double function towa…
Nouveaux outils en bioremédiation : prédiction du potentiel de dégradation d’une communauté à partir de sa composition et création de communautés mul…
2023
En bioremédiation, la bioaugmentation consiste en l’introduction de microorganismes dans un milieu contaminé afin d’augmenter et/ou de suppléer la population bactérienne en place, dans l’objectif de le dépolluer. Cette approche est cependant limitée par la difficulté de choisir des microorganismes efficients - communauté ou souche spécifique – à inoculer, en lien avec les conditions abiotiques et les microorganismes indigènes du milieu pollué.Dans ce travail nous avons cherché à prédire le potentiel microbien de dégradation de deux pesticides, le glyphosate et l’isoproturon, de communautés microbiennes telluriques en utilisant des méthodes statistiques issues de la prédiction génomique. Pou…
Microbial metacommunity: a METABAR coding approach
2017
Microbial metacommunity: a METABAR coding approach. 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens)
Deciphering biotic interactions and their role in soil microbial community assembly and functions: using community manipulation to steer soil microbi…
2022
Microbial communities play a key role in ecosystem functioning as well as in plant, animal, and human welfare. Their assembly relies on different processes commonly referred to as abiotic and biotic filters. Despite the widespread emphasis on abiotic filters in terrestrial ecosystems, a growing body of evidence suggests that interactions between microorganisms play a critical role in community assembly. However, the contribution of these interactions to microbial community assembly and the factors influencing them have not been clearly established. In most cases, biotic interactions between microorganisms have been investigated based on cocultures of a handful of strains, completely overloo…
Sélection artificielle de communautés microbiennes : effet de la diversité génétique et rôle des interactions interspécifiques
2021
National audience; La sélection artificielle, à l'origine des espèces animales et végétales utilisées en agriculture, alongtemps été appliquée à l’échelle de l’individu. Il est possible de transposer cette procéduresur des holobiontes, communautés ou écosystèmes ; toutefois, cela ajoute un niveau decomplexité puisque le phénotype cible de la sélection résulte de la présence de plusieurs espèceset, potentiellement, de leurs interactions. L'ambition de ce projet est i) de déterminer si unediversité génétique microbienne élevée permet d'améliorer l'efficacité de la sélection artificiellede communautés microbiennes et ii) de déterminer si les interactions entre espèces sontimpliquées dans la mi…
Potentiel de résistance biotique des communautés herbacées face à l’envahissement d’Ambrosia trifida L. en France
2013
Rapport de stage de Master 2 EA EcolDur; Master; L’objectif de cette étude était d’évaluer le degré de résistance de communautés rudérales couramment colonisées par l’Ambroisie à feuilles d’armoise lors d’un envahissement contrôlé par l’Ambroisie trifide. Trois groupes fonctionnels d’espèces rudérales (Fabacées, Poacées, autres Eudicotylédonnes) ont constitué les assemblages d’espèces testés en placettes cultivées selon un dispositif déjà en place sur le Domaine expérimental de l’INRA à Epoisses. L’évolution des individus d’Ambroisie trifide au sein des différents assemblages a été suivie par l’estimation de leur survie et par la mesure de leurs traits d’histoire de vie (hauteur, envergure,…