Search results for "fluoresenssimikroskopia"

Dielectrophoretic trapping and Raman spectroscopy of fluorescent oligonucleotides

2016

Nanotiede kasvaa edelleen tutkimusalana nopeasti, ja sille löytyy lukematon määrä sovelluskohteita. Sen vahvuutena on poikkitieteellisyys fysiikan, kemian ja biologian kesken, jotka kaikki tutkivat atomitason ilmiöitä. Näiden ilmiöiden tutkiminen ja soveltaminen vaatii paljon erilaisia, sofistikoituneita menetelmiä ja työkaluja, joilla voidaan valmistaa ja karakterisoida erilaisia nanopartikkeleita ja -rakenteita. Joissain tapauksissa vaaditaan jopa yksittäisten molekyylien tai atomien manipulointia nanometritasolla. DNA on yksi mielenkiintoisista nanotieteen tutkimuskohteista. Se on elämän kannalta merkittävä molekyyli, sillä se pitää sisällään elävän organismin rakenteellisen ohjeen. DNA:…

Quantitative Analysis of Dynamic Association in Live Biological Fluorescent Samples

2014

Determining vesicle localization and association in live microscopy may be challenging due to non-simultaneous imaging of rapidly moving objects with two excitation channels. Besides errors due to movement of objects, imaging may also introduce shifting between the image channels, and traditional colocalization methods cannot handle such situations. Our approach to quantifying the association between tagged proteins is to use an object-based method where the exact match of object locations is not assumed. Point-pattern matching provides a measure of correspondence between two point-sets under various changes between the sets. Thus, it can be used for robust quantitative analysis of vesicle …

Something old, something new : exploring membrane-containing bacteriophages

2016

Interactions between silver nanoparticles and fluorescent phytochromes from Deinococcus radiodurans

2017

Poikkitieteelliset sovellukset ovat viime aikoina yleistyneet tieteellisessä tutkimuksessa. Tämä näkyy hyvin esimerkiksi elävän kudoksen kuvantamisen kehittymisessä, jota varten etsitään jatkuvasti parempia biologisia leimoja fysiikan ja kemian keinoin. Tässä tutkielmassa on kehitetty ensimmäinen lähi-infrapuna-alueen fluoresenssileima, joka hyödyntää hopeananopartikkeleja ja fytokromeja. Kompleksi on syntetisoitu itse ja sen rakenne on todennettu optisen spektroskopian, elektroforeesin ja elektronimikroskopian keinoin. Lupaavat fluoresenssiominaisuudet saatiin käyttämällä monomeerisen Deinococcus radiodurans -fytokromin kromoforia sitovaa domeenia (CBDmon). Hopeapartikkelien läsnäollessa C…

Characterization of viral nanoparticles and virus-like structures by using fluorescence correlation spectroscopy (FCS)

2006

Jouni Toivola tarkasteli väitöskirjatutkimuksessaan geneettisesti manipuloituja viruspartikkeleita. Tutkimuksessa käytettiin fluoresenssikorrelaatiospektroskopiaa. Mittauslaite on harvinainen, sillä Pohjoismaissakin niitä on vain kaksi: toinen Jyväskylän yliopiston Nanoscience Centerissä ja toinen Tukholman Karoliinisessa Instituutissa. Laitteella voidaan analysoida tarkasti makromolekyylien kokoa, lukumäärää sekä niiden välisiä vuorovaikutuksia.Mittauslaite toimii siten, että kun fluoresoiva virus ajautuu liuoksessa laserkenttään, siihen kiinnitetty värimolekyyli virittyy korkeammalle energiatasolle ja luovuttaa fotonin. Fotonien luovuttaminen jatkuu niin kauan, kunnes partikkeli liikkuu v…

Rasterikuvakorrelaatiospektroskopiamittauksia Nikon A1R+ -konfokaalimikroskoopilla

2014

Rasterikuvakorrelaatiospektroskopia (RICS) on kvantitatiivinen mikroskopiamenetelmä molekyylidynamiikan tutkimiseen kaksiulotteisista konfokaalikuvista. Tutkielmassa käydään läpi menetelmän teoreettiset ja kokeelliset lähtökohdat, ja niiden pohjalta määritetään kaupallisen konfokaalimikroskooppijärjestelmän (Nikon A1R+, Jyväskylän yliopiston Nanotiedekeskus) soveltuvuus diffuusion mittaamiseen RICS-menetelmällä. Järjestelmän havaittiin soveltuvan heikosti erityisesti nopeiden molekyylien, kuten EGFP-proteiinin mittaamiseen. Suurin haitta oli ilmaisimen häiriösignaali, jonka seurauksena korrelaatioanalyysin tulokset poikkesivat merkittävästi kirjallisuusarvoista. Työssä tehtiin lisäksi yleis…

Tuning protein adsorption on graphene surfaces via laser-induced oxidation

2021

An approach for controlled protein immobilization on laser-induced two-photon (2P) oxidation patterned graphene oxide (GO) surfaces is described. Selected proteins, horseradish peroxidase (HRP) and biotinylated bovine serum albumin (b-BSA) were successfully immobilized on oxidized graphene surfaces, via non-covalent interactions, by immersion of graphene-coated microchips in the protein solution. The effects of laser pulse energy, irradiation time, protein concentration and duration of incubation on the topography of immobilized proteins and consequent defects upon the lattice of graphene were systemically studied by atomic force microscopy (AFM) and Raman spectroscopy. AFM and fluorescence…

Comparison of epifluorescence microscopy and flow cytometry in counting freshwater picophytoplankton

2021

The smaller the phytoplankton, the greater effort is required to distinguish individual cells by optics-based methods. Flow cytometry is widely applied in marine picophytoplankton research, but in freshwater research its role has remained minor. We compared epifluorescence microscopy and flow cytometry in assessing the composition, abundance and cell sizes of autofluorescent picophytoplankton in epilimnia of 46 Finnish lakes. Phycocyaninrich picocyanobacteria were the most dominant. The two methods yielded comparable total picophytoplankton abundances, but the determination of cell sizes, and thus total biomasses, were on average an order of magnitude higher in the microscopy results. Howev…