Search results for "foldameeri"
showing 6 items of 6 documents
Structural analysis of two foldamer-type oligoamides – the effect of hydrogen bonding on solvate formation, crystal structures and molecular conforma…
2012
Author's Final draft The crystal structures and molecular conformations of two foldamer-type oligoamides were analyzed. One polymorphic form and seven solvates were found for N¹,N³-bis(2-benzamidophenyl)benzene-1,3-dicarboxamide (the benzene variant), and two polymorphic forms and six solvates for N²,N⁶-bis(2-benzamidophenyl)pyridine-2,6-dicarboxamide (the pyridine variant). Three crystal structures of the benzene variant and seven structures of the pyridine variant were solved using single crystal X-ray diffraction. The crystal structures showed that the different modes of intramolecular hydrogen bonding strongly affect the conformation and folding of the molecules, which is most evidently…
Laskennalliset menetelmät foldameeritutkimuksessa
2016
Foldameerit ovat oligomeerejä, joilla on stabiili sekundäärirakenne eli niillä on kyky laskostua. Foldameerien syntetisointi ja karakterisointi on usein melko vaikeaa. Tästä syystä niiden rakenteen ja ominaisuuksien tutkimiseksi on kehitelty useita erilaisia laskennallisia malleja. Laskennalliset menetelmät jakautuvat kvanttimekaniikan menetelmiin ja molekyylidynamiikkaan. Molekyylidynamiikka perustuu klassiseen mekaniikkaan. Siinä yksittäisiä atomeja käsitellään palloina, joilla on muuttumaton varaus. Atomien väliset sidokset on yksinkertaistettu jousiksi, joilla on tasapainotila, joka on sama kuin kokeellinen tai laskennallinen sidospituus. Kvanttimekaniikan menetelmillä voidaan tutkia mo…
Aromaattiset amidifoldameerit
2015
Pro gradu -tutkielman kirjallinen osa keskittyy aromaattisiin, amidisidoksellisiin foldameereihin ja erityisesti amidi-, imidi- ja hydratsidifoldameereihin. Synteesien ja menetelmien sijaan osuudessa on paneuduttu foldameerien laskostumiseen vaikuttaviin tekijöihin, kuten vetysidoksiin, kiraaliseen induktioon ja kompleksoitumiseen. Tämän lisäksi myös foldameerien solubiologista vuorovaikutusta on tuotu esiin. Kokeellinen osa keskittyy kahden aromaattisen amidifoldameerin synteeseihin ja niistä saatujen tuotteiden kiteyttämisiin ja kiderakenteisiin. Foldameerit laskostuivat testatuissa, polaarisissa liuottimissa ja muodostivat sekä intramolekulaarisia että intermolekulaarisia vetysidoksia. L…
Foldameerien isäntä-vieraskemia
2017
Tutkielman kirjallisessa osassa tarkastellaan foldameerejä isäntä-vieraskemian näkökulmasta. Foldameerit voivat sitoa rakenteeseensa erilaisia vierasmolekyylejä, jolloin muodostuu isäntä-vieraskomplekseja. Kirjallisuudesta valittiin tarkasteluun mielenkiintoisimpia anioneja, kationeja ja neutraaleja vierasmolekyylejä sitovia foldameereja ja perehdyttiin niiden vuorovaikutuksiin. Lisäksi tarkasteltiin vierasmolekyylin sitoutumisen aikaansaamia muutoksia foldameerien konformaatiossa. Kokeellisen osan tarkoituksena oli syntetisoida pitkä, 11 aromaattista rengasta sisältävä aryyliamidifoldameeri käyttäen hyväksi pääasiassa peptidikytkentäreaktioita. Koska synteesi osoittautui erittäin haasteell…
Orgaanisten yhdisteiden kiinteän tilan rakennemääritysmenetelmät
2011
Pro gradu -tutkielmassa käydään läpi 16 yleistä orgaanisten yhdisteiden kiinteän tilan rakennemääritysmenetelmää. Erityistä huomiota on tutkielmassa osoitettu röntgendiffraktiolle, kiinteän tilan NMR-spektroskopialle ja infrapunaspektroskopialle. Erikoistyössä valmistettiin kaksi uutta amidofoldameeriä ja yksi uusi sulfonyylifoldameeri. Valmistettujen yhdisteiden ominaisuuksia tutkittiin ja niitten rakenteet määritettiin. Lisäksi määritettiin yhden muodostetun fluorikompleksin rakenne.
Solid state conformational behavior and interactions of a series of aromatic oligoamide foldamers
2016
The topic of this thesis is aromatic oligoamide foldamers. The literary review of the thesis discusses the general features of foldamers and their design and then focuses on the specific examples of aromatic oligoamide foldamers. The experimental part of the thesis discusses the design and preparation of a family of aromatic oligoamide foldamers that can adopt a helical conformation. The folding is directed by intramolecular hydrogen bonding and stabilized by intramolecular aromatic interactions. The focus of the thesis is the analysis of the solid state conformations of ten foldamer analogues. The analysis is based on forty different crystal structures which are determined using single cry…