Search results for "fytokromi"
showing 5 items of 5 documents
Optogenetic Control of Bacterial Expression by Red Light
2022
In optogenetics, as in nature, sensory photoreceptors serve to control cellular processes by light. Bacteriophytochrome (BphP) photoreceptors sense red and far-red light via a biliverdin chromophore and, in response, cycle between the spectroscopically, structurally, and functionally distinct Pr and Pfr states. BphPs commonly belong to two-component systems that control the phosphorylation of cognate response regulators and downstream gene expression through histidine kinase modules. We recently demonstrated that the paradigm BphP from Deinococcus radiodurans exclusively acts as a phosphatase but that its photosensory module can control the histidine kinase activity of homologous receptors.…
Fluorescence labeling of the photosensory unit of Deinococcus radiodurans bacteriophytochrome for Förster resonance energy transfer studies
2016
Fytokromit ovat bakteerien, levien, kasvien ja sienten punaista valoa aistivia proteiineja. Keskeinen piirre fytokromien toiminnassa on valon vaikutuksesta tapahtuva siirtymä punaista valoa absorboivan (Pr) ja kaukopunaista valoa absorboivan (Pfr) tilan välillä. Deinococcus radiodurans -bakteerifytokromin valosensoriosa (CBD-PHY) on dimeerinen proteiini, joka koostuu C-terminaalisesta kromoforia sitovasta domeenista (CBD) ja fytokromiin liittyvästä domeenista (PHY). Viimeaikaiset CBD-PHY:n kristalli- ja liuosrakenteet ovat osoittaneet, että PHY-domeenien välinen etäisyys kasvaa, kun proteiini siirtyy Pr-tilasta Pfr-tilaan absorboituaan punaista valoa. Tässä työssä suunniteltiin Försterin re…
Monomerisaation vaikutus Deinococcus radioduransin fytokromiin
2014
Fytokromit ovat yksi kolmesta fotomorfogeneesiä säätelevistä proteiiniperheistä. Niitä löytyy kasveista, bakteereista ja sienistä. Fytokromit reagoivat ympäristön muuttuviin valaistusolosuhteisiin, ja niiden tehtäviin kuuluvat muun muassa kasveilla siementen kehittymisen ja bakteereilla solusyklin säätely. Luonnossa fytokromi esiintyy homodimeerinä. Fytokromin perusrakenne koostuu kromoforin sisältävästä fotoreseptorialueesta sekä signalointialueesta, joka välittää tiedon valaistusolosuhteiden muuttumisesta solussa eteenpäin. Tässä tutkielmassa käytetyn Deinococcus radiodurans -bakteerin bakteerifytokromin fotoreseptorialueen runko rakentuu Per/Arndt/Sim (PAS) ja cGMP fosfodiesteraasi/adeny…
Conserved histidine and tyrosine determine spectral responses through the water network in Deinococcus radiodurans phytochrome
2022
Funding Information: This work was supported by Academy of Finland grants 285461 (H.T.), 330678 (H.T., J.R.), 277194 (H.L.), and 290677 (S.M.). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) for providing synchrotron access for crystal data collection. We thank Prof. Janne Ihalainen (University of Jyväskylä) for all the help in all aspects of the paper, Prof. Gerrit Groenhof (University of Jyväskylä) for support, and Prof. Nikolai V. Tkachenko (Tampere University) for help and facilities for time-resolved absorption spectroscopy. We also thank M.Sc. Alli Liukkonen (University of Jyväskylä) and Dr. Heikki Häkkänen (University of Jyväskylä) for the assistance in laboratory …
Protein purification of Agrobacterium tumefaciens phytochrome Agp1 and UV-vis spectroscopy analysis in comparison to DrBphP from Deinococcus Radiodur…
2015
Phytochromes are bimodal light switchable photosensors exist in plants, bacteria and fungi. Incorporating bilin as their chromophore, most bacteriophytochromes (BphPs) function as two-component histidine kinase affected by red/far-red light and regulate downstream physiological activities in the microorganism. The study aims on the purification of Agrobacterium phytochrome Agp1whose phosphorylation activity in its histidine kinase (HK) domain was recently found to be affected by the temperature. The purified proteins Agp1 were assembled with biliverdin IXα (BV) and monitored by UV-vis spectroscopy with BV incorporated DrBphP from Deinococcus radiodurans. Extinction coefficient spectra of “a…