Search results for "proteiinit"

SAP30L interacts with members of the Sin3A corepressor complex and targets Sin3A to the nucleolus.

2006

Histone acetylation plays a key role in the regulation of gene expression. The chromatin structure and accessibility of genes to transcription factors is regulated by enzymes that acetylate and deacetylate histones. The Sin3A corepressor complex recruits histone deacetylases and in many cases represses transcription. Here, we report that SAP30L, a close homolog of Sin3-associated protein 30 (SAP30), interacts with several components of the Sin3A corepressor complex. We show that it binds to the PAH3/HID (Paired Amphipathic Helix 3/Histone deacetylase Interacting Domain) region of mouse Sin3A with residues 120–140 in the C-terminal part of the protein. We provide evidence that SAP30L induces…

Effect of Feed Protein : Lipid Ratio on Growth Parameters of African Catfish Clarias gariepinus after Fish Meal Substitution in the Diet with Bambara…

2017

Fishmeal (FM) was substituted with soybean meal (Glycine max) (SBM) and bambaranut meal (Voandzeia subterranea) (BNM) in 10 experimental African catfish, Clarias gariepinus, diets. Feed formulation was designed using mixture model. The inclusion level of the three protein ingredients varied between 0% and 60%. Remaining 40% comprised of basal ingredients kept constant for all 10 feeds. African catfish of average initial weight 35.2 ± 0.9 g were fed with one of the treatment diets for 28 days. The protein:lipid ratios of the diets (range 1.5–3.4:1) were used in evaluating the feed utilization and growth of the fish. We found that catfish performances were mainly depending on ingredients and …

On dynamics of parvoviral replication protein NS1

2010

Serial femtosecond crystallography reveals that photoactivation in a fluorescent protein proceeds via the hula twist mechanism

2023

Chromophore cis/trans photoisomerization is a fundamental process in chemistry and in the activation of many photosensitive proteins. A major task is understanding the effect of the protein environment on the efficiency and direction of this reaction compared to what is observed in the gas and solution phases. In this study, we set out to visualize the hula twist (HT) mechanism in a fluorescent protein, which is hypothesized to be the preferred mechanism in a spatially constrained binding pocket. We use a chlorine substituent to break the twofold symmetry of the embedded phenolic group of the chromophore and unambiguously identify the HT primary photoproduct. Through serial femtosecond crys…

Apolipoproteiini A1 ilmentyminen ja oksidatiiviseen fosforylaatioon osallistuvat proteiinikompleksit : seerumi- ja lihaskudosanalyysit kaksosilla

2016

HDL-partikkelien merkitys rasva- ja kolesteroliyhdisteiden kuljettajana on tunnettu jo pitkään, mutta viimeaikaiset tutkimustulokset ovat antaneet viitteitä niiden monenlaisista muista tehtävistä elimistössä. Esimerkiksi HDL-partikkelien pääproteiinin, apolipoproteiini A1:n (ApoA1), on arveltu liittyvän luurankolihassolujen toimintaan ja esiintyvän myös muissa kudoksissa, kuin maksassa tai seerumissa. Tässä tutkielmassa tarkasteltiin ApoA1-proteiinin sekä oksidatiiviseen fosforylaatioon osallistuvien proteiinien ilmentymistä luurankolihaskudoksessa fyysiseltä aktiivisuudelta eroavilla kaksosilla. Lisäksi tutkittiin, onko seerumin ApoA1-pitoisuudella yhteyttä luurankolihasten soluhengityksee…

Fluorescence labeling of the photosensory unit of Deinococcus radiodurans bacteriophytochrome for Förster resonance energy transfer studies

2016

Fytokromit ovat bakteerien, levien, kasvien ja sienten punaista valoa aistivia proteiineja. Keskeinen piirre fytokromien toiminnassa on valon vaikutuksesta tapahtuva siirtymä punaista valoa absorboivan (Pr) ja kaukopunaista valoa absorboivan (Pfr) tilan välillä. Deinococcus radiodurans -bakteerifytokromin valosensoriosa (CBD-PHY) on dimeerinen proteiini, joka koostuu C-terminaalisesta kromoforia sitovasta domeenista (CBD) ja fytokromiin liittyvästä domeenista (PHY). Viimeaikaiset CBD-PHY:n kristalli- ja liuosrakenteet ovat osoittaneet, että PHY-domeenien välinen etäisyys kasvaa, kun proteiini siirtyy Pr-tilasta Pfr-tilaan absorboituaan punaista valoa. Tässä työssä suunniteltiin Försterin re…

Monomerisaation vaikutus Deinococcus radioduransin fytokromiin

2014

Fytokromit ovat yksi kolmesta fotomorfogeneesiä säätelevistä proteiiniperheistä. Niitä löytyy kasveista, bakteereista ja sienistä. Fytokromit reagoivat ympäristön muuttuviin valaistusolosuhteisiin, ja niiden tehtäviin kuuluvat muun muassa kasveilla siementen kehittymisen ja bakteereilla solusyklin säätely. Luonnossa fytokromi esiintyy homodimeerinä. Fytokromin perusrakenne koostuu kromoforin sisältävästä fotoreseptorialueesta sekä signalointialueesta, joka välittää tiedon valaistusolosuhteiden muuttumisesta solussa eteenpäin. Tässä tutkielmassa käytetyn Deinococcus radiodurans -bakteerin bakteerifytokromin fotoreseptorialueen runko rakentuu Per/Arndt/Sim (PAS) ja cGMP fosfodiesteraasi/adeny…

Conserved histidine and tyrosine determine spectral responses through the water network in Deinococcus radiodurans phytochrome

2022

Funding Information: This work was supported by Academy of Finland grants 285461 (H.T.), 330678 (H.T., J.R.), 277194 (H.L.), and 290677 (S.M.). We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) for providing synchrotron access for crystal data collection. We thank Prof. Janne Ihalainen (University of Jyväskylä) for all the help in all aspects of the paper, Prof. Gerrit Groenhof (University of Jyväskylä) for support, and Prof. Nikolai V. Tkachenko (Tampere University) for help and facilities for time-resolved absorption spectroscopy. We also thank M.Sc. Alli Liukkonen (University of Jyväskylä) and Dr. Heikki Häkkänen (University of Jyväskylä) for the assistance in laboratory …

Protein interactions of GTP-ase of immunity associated protein 3

2014

Effects of perilipin I & V on the phenotype of zebrafish embryos

2012

Tämä Pro Gradu-tutkielma on tehty yhteistyössä Tampereen yliopiston Biolääketieteel- lisen teknologian yksikön kanssa. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää perilipiinien vaikutusta seeprakalan fenotyyppiin käyttäen tutkimusmenetelminä geenien hiljentämistä ja mikroskopiaa. Geenit säätelevät proteiinien tuotantoa elimistössä. Jokaista proteiinia koodaa geeni, jonka toimintaan puuttumalla voidaan esimerkiksi estää kyseisen proteiinin muodos- tuminen. Morfoliinot ovat oligonukleotideja, joiden avulla voidaan tilapäisesti estää geenien toimintaa. Tässä työssä hiljennettiin morfoliinojen avulla kaksi geeniä seep- rakaloilta: perilipiini 1 ja perilipiini 5. Perilipiinit ovat lipidien varastoit…