Search results for "transcriptomique"
showing 7 items of 7 documents
Influence du court noué sur la diversité fonctionnelle des champignons mycorhiziens à arbuscules dans des racines et du sol de vigne
2022
Le court-noué (CN) correspond à un dépérissement infectieux (népovirus) qui apparaît par taches au sein des parcelles. Cette maladie entraîne une dégénérescence progressive de la vigne qui conduit in fine à la mort des ceps. A l’heure actuelle, environ 60% du vignoble national serait touché, dont 30% de façon importante. Seize népovirus sont responsables de dégénérescence ou de dépérissement de la vigne. Cependant, le Grapevine FanLeaf Virus (GFLV) est le principal agent responsable. Il est transmis spécifiquement de plante à plante par un nématode ectoparasite du sol, Xiphinema index. Les nématodes, en piquant successivement deux ceps voisins dont les racines sont proches, inoculent le vir…
Evolution of common ragweed (Ambrosia artemisiifolia) resistance to herbicides : identification of genetic determinisms and application to molecular …
2022
Common ragweed (Ambrosia artemisiifolia L.), a particularly troublesome and allergenic weed, is mainly controlled in agricultural fields using ALS inhibitor herbicides. Recent cases of herbicide resistance have been reported in France and are jeopardising the efficacy of this mode of action. Both target site resistance (TSR, structural mutation in ALS gene) and non target site resistance (NTSR, regulatory and/or structural mutations in secondary metabolism) are involved. The fundamental aim of this work was to identify the genetic determinisms of resistance to ALS inhibitors that have evolved in common ragweed populations in France. As an applied objective, this work also aimed to prepare t…
Genetic determinisms, evolution and detection of non-target-site based resistance to herbicides inhibiting acetolactate-synthase in rye-grass (Lolium…
2016
The aim of this study is to unravel the genetic determinism of non-target-site resistance (NTSR) to herbicides inhibiting acetolactate-synthase (ALS) in the major weed rye-grass (Lolium sp.), and to estimate the feasibility of NTSR diagnosis based on genetic data. On the one hand, this work contributes to the understanding of the processes driving the evolution of NTSR to herbicides, and on the other hand it lays the foundations for the development of a diagnosis tool to identify NTSR to ALS inhibiting herbicides. - Using a quantitative transcriptome sequencing approach, we showed that NTSR evolve by recurrent selection of higher and higher constitutive expression levels of genes involved i…
Highlighting the role of diversity in driving weed dynamics and weed-crop interactions
2017
SPEBIOME INRA; Le Microscope à Dissection Laser (MDL) est composé de l’association d’un microscope équipé d’objectifs permettant un grossissement x2 à x100 et d’un système optique de découpe laser. Il permet de microdisséquer de façon ciblée des échantillons biologiques, de type bactérien, animal ou végétal. Sa finesse de dissection permet de sélectionner, d’isoler puis de récupérer des cellules cibles afin de concentrer le matériel. Ainsi, il est possible de réaliser des analyses de transcriptomique, de génomique ou de protéomique à partir de cellules cibles. Avant de microdisséquer, la préparation des échantillons est primordiale pour s’assurer de récupérer une qualité et une quantité suf…
Caractérisation de la réponse transcriptionnelle du vulpin des champs (Alopecurus myosuroides) à des herbicides inhibiteurs de l’acétyle-coenzyme A c…
2014
L’objectif de cette thèse était d’étudier les mécanismes génétiques de la résistance non liée à la cible à des herbicides appartenant aux groupes des inhibiteurs de l’acétyl-coenzyme A carboxylase (ACCase) et de l’acétolactate synthase (ALS) chez le vulpin des champs (Alopecurus myosuroides Huds.), une graminée adventice non modèle d’importance agronomique. Deux méthodes de transcriptomique ont été employées : l’hybridation soustractive suppressive (SSH) et le séquençage de transcriptome complet (RNA-seq). La SSH a permis d’identifier des transcrits potentiellement en cause dans la RNLC au fénoxaprop, à l’haloxyfop (inhibiteurs de l’ACCase) ou au pyroxsulame (inhibiteur de l’ALS). La surexp…
Evolution of herbicide resistance in mugwort (Ambrosia artemisiifolia L.): search for genetic determinisms and application to molecular diagnosis
2022
Common ragweed (Ambrosia artemisiifolia L.), a particularly troublesome and allergenic weed, is mainly controlled in agricultural fields using ALS inhibitor herbicides. Recent cases of herbicide resistance have been reported in France and are jeopardising the efficacy of this mode of action. Both target site resistance (TSR, structural mutation in ALS gene) and non target site resistance (NTSR, regulatory and/or structural mutations in secondary metabolism) are involved. The fundamental aim of this work was to identify the genetic determinisms of resistance to ALS inhibitors that have evolved in common ragweed populations in France. As an applied objective, this work also aimed to prepare t…