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AUTHOR
Christophe Djemiel
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Biogeographical design of soil microbial habitats
2019
International audience; Since the beginning of 21th century, soil microbial diversity is intensively studied gathering ahuge knowledge at local and global scales. Nevertheless, the microbial habitats have beenpoorly investigated, limiting our ability to link biodiversity description and regulation. In our study,we used a pyrosequencing approach targeting 16S rRNA genes directly amplified from soil DNAto have a comprehensive view of soil bacterial and archaeal community composition across thelargest spatially explicit soil sampling available in France (2173 soils, area covered = 5.5x105km2). Based on the multivariate regression tree (MRT) method, we designed 16 distinctterrestrial microbial …
Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français
2020
International audience; L'écologie microbienne des sols a longtemps été reconnue comme souffrant d'un certain manque de généricité car les études ont souvent été menées à l'échelle de parcelles voire de petits territoires et avec peu de sites investigués. Il en résulte un manque de connaissances sur les processus de distribution des populations et de la régulation de la diversité microbienne à grande échelle face à des modifications environnementales dues aux usages des terres ou au changement climatique. Dans les années 2000, le RMQS, avec 2 240 sites échantillonnés sur toute la France, a représenté une opportunité unique pour étudier les micro-organismes du sol sur de grandes échelles spa…
Explorer les fonctions microbiennes à partir d'informations taxonomiques : un état de l'art des outils et des méthodes
2019
National audience; À l'ère des Big Data, d’énormes quantités de données sont disponibles et constituent uneoccasion unique de développer des algorithmes de prédiction performants. En écologiemicrobienne, ce phénomène a joué un rôle majeur dans la façon dont nous abordons labiodiversité depuis l’apparition des NGS. L’étude des microbiomes environnementaux par lesoutils les méta-omiques a conduit à la découverte de nouveaux organismes, fournissant ainsiune source importante d’informations taxonomiques et fonctionnelles. L’un des futurs défis, estde réussir à associer une fonction à une diversité microbienne pour améliorer notrecompréhension des fonctions du microbiome (British Ecological Soci…
Re-Clustering tool using an Open-Reference method that improves OTU definition
2019
International audience; 1.Environmental microbial communities are now widely studied using metabarcoding approaches, thanks to the democratization of high‐throughput DNA sequencing technologies. The massive number of reads produced with these technologies requires bioinformatic solutions to be treated. A key step in the analysis is to cluster reads into Operational Taxonomic Units (or OTUs) and thus reduce the amount of data for downstream analyses. Due to the important impact of the clustering method on the quantity and quality of OTUs, finding an equilibrium between the reliability and time‐consuming nature of the chosen strategy is a real challenge. The present article proposes a new pos…
Valorisation des effluents dans les élevages mixtes bovins-porcins du Massif Central
2020
National audience
Améliorer la valorisation des effluents d’élevage porcin dans un environnement herbager à forte biodiversité
2021
Impact des pratiques de gestion des effluents d’élevage sur la qualité microbiologique des sols (Sophie Bourgeteau)Gestion des effluents dans les exploitations mixtes « Porcin – Bovin » (Sylvie Mugnier)
Nouvelles techniques de méta-omiques pour le diagnostic de la qualité microbiologique des sols
2019
National audience; Les nouvelles techniques de méta-omiques ont bouleversé le domaine de l’écologie microbienne, notamment grâce à l’apport des nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Cette révolution a aussi été bénéfique en proposant des outils afin de mesurer et de réaliser des diagnostics de la qualité microbiologique des sols. Quels sont les bio-indicateurs utilisés ? Comment sont-ils étudiés et appliqués à grande échelle ? Dans cet article, seront présentées les différentes techniques de méta-omiques illustrées par des exemples validés ou en cours de validation ainsi que les développements futurs afin de répondre à l’enjeu essentiel d’une meilleure compréhension et préservati…
Atlas français des champignons du sol
2023
Un seul gramme de sol peut contenir plusieurs millions de champignons microscopiques !Depuis un milliard d’années d’évolution et d’adaptations, le règne des champignons est un acteur incontournable de la biodiversité de notre planète. Les champignons sont souvent observés grâce à leurs sporophores qui se développent au-dessus du sol. Ces derniers représentent pourtant seulement la pointe de l’iceberg de leur diversité car les champignons sont en réalité majoritairement présents sous forme microscopique dans nos sols. Dans cet atlas, les auteurs, qui sont des chercheurs INRAE spécialistes en écologie microbienne et en sciences du sol, dévoilent une nouvelle vision des champignons. Ils ont ré…
SOIL MICROBIOLOGICAL QUALITY: STATE OF THE ART AND IMPORTANCE OF MICROBIAL COMMUNITIES FOR FRENCH AGRICULTURAL SOILS
2022
Soils are one of the major reservoirs of biological diversity on our planet, hosting a huge diversity of microorganisms. Numerous studies have demonstrated the role of microbial diversity in soil functions, such as nutrient cycling or pathogen management. Given the key role of soil microorganisms in the regulation of soil ecosystem functions, the environmental factors driving soil microbial diversity need to be understood. In France, we have the opportunity to benefit from a national soil survey (called the French Soil Quality Monitoring Network), which represents one of the most extensive and without a priori soil sampling survey available to date. Through several funded projects, we were …
Quel est l’impact des pratiques d’épandage des effluents d’élevages mixtes « Porcin-Bovin » en zone herbagère du Massif Central sur la microbiologie …
2021
National audience; L’élevage porcin du Massif Central concerne 1 000 éleveurs répartis sur le territoire. Le maintien ou le renouvellement des ateliersest de moins en moins assuré pour des raisons sociales, économique et, environnementales. Dans le Massif Central, l’élevage porcinest souvent associé à l’élevage bovin. Les effluents porcins issus de ces systèmes mixtes peuvent être un réel atout pour la fertilisationorganique des prairies, étant elles-mêmes en retour une ressource alimentaire essentielle pour l’élevage bovin. Cependant, l’impactdu retour au sol des effluents d’élevage issus de ces systèmes mixtes sur la qualité biologique des sols est actuellement peu ou pasétudié. La présen…
Comment les éleveurs des exploitations mixtes “Porcins – Bovins” du Massif Central gèrent-ils leurs effluents porcins ?
2021
National audience