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AUTHOR
Joos Aschenbrenner
Engineering of a DNA Polymerase for Direct m6A Sequencing
Methods for the detection of RNA modifications are of fundamental importance for advancing epitranscriptomics. N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant RNA modification in mammalian mRNA and is involved in the regulation of gene expression. Current detection techniques are laborious and rely on antibody-based enrichment of m6A-containing RNA prior to sequencing, since m6A modifications are generally "erased" during reverse transcription (RT). To overcome the drawbacks associated with indirect detection, we aimed to generate novel DNA polymerase variants for direct m6A sequencing. Therefore, we developed a screen to evolve an RT-active KlenTaq DNA polymerase variant that sets a mark for…
Entwicklung einer DNA-Polymerase für die direkte m6A-Sequenzierung
Methoden zur Analyse von RNA-Modifikationen sind essenziell fur das Forschungsfeld der Epitranskriptomik. N6-Methyladenosin (m6A) ist die haufigste Modifikation in der mRNA von Saugetieren und erfullt Funktionen in der Regulation der Genexpression. Techniken zur Detektion dieser Modifikation basieren derzeit auf der Anreicherung von m6A-haltigen RNA-Fragmenten durch Antikorper. Dieser m6A-spezifische Schritt vor der Sequenzierung ist notig, da die Information uber die Modifikation wahrend der reversen Transkription (RT) geloscht wird. Um die Nachteile einer solchen indirekten Detektion zu uberwinden, haben wir uns zum Ziel gesetzt, neue DNA-Polymerasen zu entwickeln, die eine direkte m6A-Se…