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RESEARCH PRODUCT

Génotypage d’ Exophiala dermatitidis par polymorphisme des microsatellites et suivi de la colonisation des patients atteints de mucoviscidose

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De nombreux micromycetes peuvent coloniser et infecter les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose. Les « levures noires » du genre Exophiala sont retrouvees chez 2 a 20 % de ces patients et des cas d’infections pulmonaires prouvees ont ete decrits. L’espece Exophiala dermatitidis represente plus de 90 % des souches isolees de ces patients. L’objectif de ce travail a ete de developper une technique de genotypage d’E. dermatitidis par analyse du polymorphisme de microsatellites, et de l’appliquer aux souches de patients atteints de mucoviscidose suivis au CHRU de Besancon colonises par E. dermatitidis . Treize marqueurs microsatellites ont ete identifies et testes sur un panel de cinq souches d’ E. dermatitidis sans lien epidemiologique. Les fragments obtenus apres PCR ont ete analyses en analyse de fragments (polymorphisme de la taille des amplicons). Quatre cibles ont ete selectionnees et evaluees sur 25 souches d’ E. dermatitidis sans lien epidemiologique (isolats cliniques et environnementaux), permettant la determination du pouvoir discriminant de la methode par le calcul de l’indice de Hunter D. La specificite des PCR a ete evaluee avec un panel de 11 souches d’especes proches ( Exophiala phaeomuriformis , Exophiala jeanselmei , Rhinocladiella similis ). Le pouvoir discriminant D du panel associant les 4 microsatellites selectionnes a ete de 0,94. Les cibles se sont revelees specifiques d’ E. dermatitidis , sans amplification des autres especes. L’etude sur une cohorte de 13 patients atteints de mucoviscidose avec 71 isolats d’ E. dermatitidis (1 a 21 isolats par patient sur une periode de 70 mois) a montre que chaque patient etait colonise par un seul clone d’ E. dermatitidis . Un meme clone a ete identifie chez 7 patients sur 13. La methode de genotypage d’ E. dermatitidis par polymorphisme des microsatellites s’est revelee discriminante et a permis la caracterisation des souches colonisant les patients atteints de mucoviscidose. L’existence d’un clone dominant commun parmi les souches isolees de patients et les souches environnementales de Franche-Comte appelle a une meilleure connaissance de l’environnement domestique de ces patients, afin d’identifier les sources environnementales a l’origine de leur colonisation pulmonaire par E. dermatitidis .