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RESEARCH PRODUCT

Mise en place d'une base de données d'assignation taxonomique dédiée au logiciel GnS-PIPE et automatisation de sa mise à jour

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description

Rapport de stage de fin d'études de DUT, Spécialité Génie Biologique option Bio-Informatique EA GenoSol CT?; DEUG; Dans un contexte où l'agriculture doit pouvoir produire toujours plus pour faire face à la croissance mondiale tout en étant respectueuse de l'environnement, l'agroécologie apparaît comme un domaine d'étude déterminant. Dans ce domaine, la plateforme GénoSol s'est fixé comme objectif de caractériser les microorganismes des sols agricoles en utilisant les techniques de séquençage à haut-débit. Possédant son propre pipeline d'analyse, GénoSol s'est intéressé à l'ajout de bases de données d'ADNr 16S pour l'étape d'assignation taxonomique, afin d'augmenter la fiabilité des résultats obtenus. La base de données SILVA a été choisie dans le cadre de ce stage. Elle a tout d'abord été évaluée, puis nettoyée. Une base de données d'informations taxonomiques a ensuite été développée à partir de NCBI et d'EzTaxon, et a servi à améliorer la base SILVA « propre ». La comparaison entre l'ancienne et la nouvelle base confirme sa qualité et sa richesse supérieure. Enfin, les différents scripts utilisés lors du développement de la base ont été intégrés à un Workflow pour permettre une mise à jour automatique de la base SILVA. Ce Workflow permettra, à chaque nouvelle mise à jour de SILVA, d'obtenir rapidement une base de données d'ADNr 16S de qualité.