6533b855fe1ef96bd12b02d5

RESEARCH PRODUCT

DAUDZZIEDU AIRENES RAIBUMA VĪRUSA SERĪNA PROTEĀZES STRUKTURĀLIE PĒTĪJUM

subject

description

Bakalaura darbs tika izstrādāts no 2019. gada septembra līdz 2020. gada maijam Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā, Augu virusoloģijas laboratorijā Dr. biol. Andra Zeltiņa un Dr. biol. Inas Baļķes vadībā. Pētījuma objekts ir daudzziedu airenes raibuma vīrusa serīna proteāze. Sobemovīrusu serīna proteāzes veic poliproteīnu 2a un 2ab šķelšanu pa specifiskiem šķelšanas saitiem funkcionālajos domēnos. Proteāžu katalītiskā centra triādes aminoskābes ir D-H-S, kuru nomaiņa samazina vai inaktivē to katalītisko darbību. 3D struktūra ir publicēta tikai Sesbānijas mozaīkas vīrusam. To veido divas β mucas, kas savienotas ar garu starpdomēnu cilpu. Proteāzes pieder pie glutamil-peptidāzēm, kas ir serīna proteāzes, kas šķel peptīdsaiti aiz glutamīnskābes. Gutamīnskābes saitošo saitu (S1-saistošā kabata) SeMV veido H298, T279 un N308. Kursa darbā tika izveidoti ekspresijas konstrukciju vektori pET-Δ117Procm-N6H (nesatur transmembranālo domēnu) un pET-Δ50Procm-N6H (ar transmembranālo domēna daļu bez pirmajām 50 aminoskābēm un tā šķelšanas saitu E/A), kuriem katalītiskā centra aminoskābe S159 tika nomainīta uz A. Bakalaura darbā šie konstrukti tika ekspresēti E. coli sistēmā C2566 un attīrīti. Δ117Procm tika veikta arī kristalizācija ar un bez sintētiskā peptīda, kā arī ar rentgenstaru difrakcijas metodi noteikta 3D struktūra Δ117Procm ar sintētisko peptīdu, taču Δ50Procm agregējās attīrīšanas procesā.