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Genome-wide divergence patterns support fine-scaled genetic structuring associated with migration tendency in brown trout

2018

Brown trout (Salmo trutta) exhibit highly diverse life histories varying from resident, slow-growing, and early maturing to migratory, fast-growing, and late maturing, even within single watersheds. We sampled 11 locations within the transboundary Finnish–Russian River Koutajoki watershed to evaluate genomic differences among mainstem and headwater sites, of which some are isolated by migration barriers. Restriction site associated sequencing (RADSeq) revealed that the most headwater localities supported unique, isolated populations with generally lower heterozygosity compared with the mainstem populations. The sampled migratory adults in the three main stems showed signals of admixture de…

WITHDRAWN: Nouvelles stratégies innovantes en immunothérapie

2018

An in vitro cyclic fatigue resistance comparison of conventional and new generation nickel-titanium rotary files

2018

Background New designs and processing of Niquel-Titanium (NiTi) have been introduced to increase resistance to cyclic fatigue. The purpose of this study was to compare the cyclic fatigue resistance of 3 NiTi rotary instruments, ProTaper Next (PTN; Dentsply Maillefer, Ballaigues, Switzerland), Profile Vortex Blue (PVB; Dentsply Tulsa Dental, Tulsa, OK, USA) and ProTaper Universal (PTU; Dentsply Maillefer, Ballaigues, Switzerland). Material and Methods A cyclic fatigue test was conducted operating instruments from ProTaper Next X2, Profile Vortex Blue 25.06 and ProTaper F2. A total of 234 instruments were rotated in 2 simulated stainless steel curved canals with different angles of curvature …

Cancers du côlon : prise en charge moléculaire

2018

Resume Le demembrement moleculaire des cancers et en particulier des cancers colorectaux conduit a des prises en charge de plus en plus adaptees et de plus en plus complexes. Ce demembrement a abouti a de nombreuses classifications et finalement a une classification moleculaire consensuelle en 2015. Cette classification consensuelle reste pour l’instant non utilisable au quotidien. Plusieurs facteurs moleculaires (statut MSS/MSI, statut BRAF, statut RAS) sont desormais indispensables a la prise en charge du cancer colorectal que ce soit en situation adjuvante ou metastatique. D’autres facteurs tels que le statut HER2 et l’expression de mir-31-3p sont regulierement pris en compte au cas par …

SPECTR

2018

Modern high throughput sequencing platforms can produce large amounts of short read DNA data at low cost. Error correction is an important but time-consuming initial step when processing this data in order to improve the quality of downstream analyses. In this paper, we present a Scalable Parallel Error CorrecToR designed to improve the throughput of DNA error correction for Illumina reads on various parallel platforms. Our design is based on a k-spectrum approach where a Bloom filter is frequently probed as a key operation and is optimized towards AVX-512-based multi-core CPUs, Xeon Phi many-cores (both KNC and KNL), and heterogeneous compute clusters. A number of architecture-specific opt…

2016

AbstractMulticellular tumor spheroids (MCTSs) embedded in a matrix are re-emerging as a powerful alternative to monolayer-based cultures. The primary information gained from a three-dimensional model is the invasiveness of treatment-exposed MCTSs through the acquisition of light microscopy images. The amount and complexity of the acquired data and the bias arisen by their manual analysis are disadvantages calling for an automated, high-throughput analysis. We present a universal algorithm we developed with the scope of being robust enough to handle images of various qualities and various invasion profiles. The novelty and strength of our algorithm lie in: the introduction of a multi-step se…

Zilienabhängige RPE-Zellentwicklung und der WNT-Signalweg

2020

ZusammenfassungDas retinale Pigmentepithel (RPE) ist eine hochpolarisierte Einzelschicht quaderförmiger Epithelzellen, die dicht mit Melanin gepackt sind. Sie liegt zwischen den lichtempfindlichen Außensegmenten der Photorezeptoren und der Aderhaut (Choroidea), spielt eine essenzielle Rolle bei der Entwicklung der Photorezeptoren und übernimmt wichtige Funktionen in Bezug auf Nährstoffversorgung und Erhaltung, im Retinalstoffwechsel und bei der Abschirmung von der Blutversorgung der Aderhaut. Die Photorezeptoren durchlaufen täglich einen Erneuerungsprozess, bei dem 10% der äußeren Segmente durch das retinale Pigmentepithel phagozytiert werden. Dies erfordert eine enge Wechselwirkung zwische…

Sistemas genéticos para un nuevo abordaje del riesgo de progresión de la retinopatía diabética

2016

Resumen Objetivo Evaluar el riesgo de progresion de la retinopatia diabetica (RD) utilizando nuevas estrategias para obtener informacion genetica en diabeticos tipo 2 (DT2) basadas en interferencia por acido ribonucleico (ARN). Material y metodos Estudio multicentrico, prospectivo de casos-controles en 132 participantes divididos en: grupo DT2 (GDT2) con RD (+RD) y sin RD (−RD) (n = 77) y grupo control (GC) (n = 55). Tras entrevista personal y examen oftalmologico, se extrajeron lagrimas para analisis molecular (expresion de micro-ARN [miARN] [miRCURY™ ARN Isolation Kit, Qiagen]). En 18 muestras (GDT2+RD = 6; GDT2–RD = 6; GC = 6) obtuvimos librerias de 137 vs. 140 pares de bases (GeneMapper…

Determinación de mediadores de la respuesta inmune e inflamación en lágrimas: cambios en ojo seco y glaucoma frente a población sana

2017

Resumen Objetivo Determinar el perfil de expresion de las moleculas mediadoras de inflamacion y respuesta inmune (IRI) en lagrimas de pacientes con ojo seco (OS) y pacientes en tratamiento medico por sospecha o diagnostico de glaucoma primario de angulo abierto (GPAA) para compararlos con sujetos sanos. Metodo Estudio prospectivo observacional de cohortes de 107 participantes subdivididos en: pacientes con OS (GOS; n = 30), pacientes con sospecha o diagnostico de GPAA con tratamiento hipotensor ocular (GGPAA; n = 41) y controles sanos (GC; n = 36). Se obtuvieron muestras de lagrimas mediante capilaridad para analizarlas mediante sistema de multiinmunoanalisis basado en citometria de flujo (…

Identificación de nuevos genes candidatos para la retinopatía en diabéticos tipo 2. Estudio Valencia sobre Retinopatía Diabética (EVRD). Informe n.° 3

2018

Resumen Objetivo Identificar genes implicados en los mecanismos patogenicos de la retinopatia diabetica no proliferante, como estres oxidativo, alteracion de la matriz extracelular y/o apoptosis, para valorar el riesgo de desarrollo de la misma en una poblacion de diabeticos tipo 2 (DM2). Material y metodos Estudio de casos y controles en 81 participantes del Estudio Valencia sobre Retinopatia Diabetica (EVRD), de ambos sexos y con edades comprendidas entre los 25 y 85 anos, clasificados en: 1) grupo DM2 (n = 49), con RD (+RD; n = 14) y sin RD (−RD; n = 35), y 2) grupo control (GC; n = 32). Se realizo entrevista personal, examen oftalmologico estandarizado y extraccion de sangre que se proc…