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Mise en place d'une base de données d'assignation taxonomique dédiée au logiciel GnS-PIPE et automatisation de sa mise à jour

2013

Rapport de stage de fin d'études de DUT, Spécialité Génie Biologique option Bio-Informatique EA GenoSol CT?; DEUG; Dans un contexte où l'agriculture doit pouvoir produire toujours plus pour faire face à la croissance mondiale tout en étant respectueuse de l'environnement, l'agroécologie apparaît comme un domaine d'étude déterminant. Dans ce domaine, la plateforme GénoSol s'est fixé comme objectif de caractériser les microorganismes des sols agricoles en utilisant les techniques de séquençage à haut-débit. Possédant son propre pipeline d'analyse, GénoSol s'est intéressé à l'ajout de bases de données d'ADNr 16S pour l'étape d'assignation taxonomique, afin d'augmenter la fiabilité des résultat…