Search results for "GTE"
showing 10 items of 59 documents
CUDASW++ 3.0: accelerating Smith-Waterman protein database search by coupling CPU and GPU SIMD instructions
2013
Background The maximal sensitivity for local alignments makes the Smith-Waterman algorithm a popular choice for protein sequence database search based on pairwise alignment. However, the algorithm is compute-intensive due to a quadratic time complexity. Corresponding runtimes are further compounded by the rapid growth of sequence databases. Results We present CUDASW++ 3.0, a fast Smith-Waterman protein database search algorithm, which couples CPU and GPU SIMD instructions and carries out concurrent CPU and GPU computations. For the CPU computation, this algorithm employs SSE-based vector execution units as accelerators. For the GPU computation, we have investigated for the first time a GPU …
Atturēšana Baltijas valstu ilgtermiņa aizsardzības politikā
2022
Darba nosaukums: Atturēšana Baltijas valstu ilgtermiņa aizsardzības politikā. Darba mērķis: noskaidrot, kā Baltijas valstis realizē ilgtermiņa atturēšanu, un sniegt ieteikumus par to, kas Baltijas valstīm būtu jādara, lai realizētu veiksmīgu atturēšanas politiku ilgtermiņā. Izpētes jautājums: Kādi ir Baltijas valstu vājie punkti ilgtermiņa atturēšanā? Darba struktūra: Teorētiskā daļa: Veikt ieskatu atturēšanas politikas koncepta un atturēšanas kā rituāla darbībā, veiksmīgas atturēšanas priekšnoteikumos un definēt atturēšanas politiku ilgtermiņā. Empīriskā daļa: Analizēt Krievijas militārās spējas un nodomus, izpētīt Baltijas valstu atturēšanu no trim dimensijām un caurlūkot ilgtermiņa progn…
Unified Parallel C++
2018
Abstract Although MPI is commonly used for parallel programming on distributed-memory systems, Partitioned Global Address Space (PGAS) approaches are gaining attention for programming modern multi-core CPU clusters. They feature a hybrid memory abstraction: distributed memory is viewed as a shared memory that is partitioned among nodes in order to simplify programming. In this chapter you will learn about Unified Parallel C++ (UPC++), a library-based extension of C++ that gathers the advantages of both PGAS and Object Oriented paradigms. The examples included in this chapter will help you to understand the main features of PGAS languages and how they can simplify the task of programming par…
Increased serum miR-193a-5p during non-alcoholic fatty liver disease progression: Diagnostic and mechanistic relevance
2022
Background & Aims Serum microRNA (miRNA) levels are known to change in non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) and may serve as useful biomarkers. This study aimed to profile miRNAs comprehensively at all NAFLD stages. Methods We profiled 2,083 serum miRNAs in a discovery cohort (183 cases with NAFLD representing the complete NAFLD spectrum and 10 population controls). miRNA libraries generated by HTG EdgeSeq were sequenced by Illumina NextSeq. Selected serum miRNAs were profiled in 372 additional cases with NAFLD and 15 population controls by quantitative reverse transcriptase PCR. Results Levels of 275 miRNAs differed between cases and population controls. Fewer differences were seen wi…
Large-scale genome-wide association studies on a GPU cluster using a CUDA-accelerated PGAS programming model
2015
[Abstract] Detecting epistasis, such as 2-SNP interactions, in genome-wide association studies (GWAS) is an important but time consuming operation. Consequently, GPUs have already been used to accelerate these studies, reducing the runtime for moderately-sized datasets to less than 1 hour. However, single-GPU approaches cannot perform large-scale GWAS in reasonable time. In this work we present multiEpistSearch, a tool to detect epistasis that works on GPU clusters. While CUDA is used for parallelization within each GPU, the workload distribution among GPUs is performed with Unified Parallel C++ (UPC++), a novel extension of C++ that follows the Partitioned Global Address Space (PGAS) model…
Faster GPU-Accelerated Smith-Waterman Algorithm with Alignment Backtracking for Short DNA Sequences
2014
In this paper, we present a GPU-accelerated Smith-Waterman (SW) algorithm with Alignment Backtracking, called GSWAB, for short DNA sequences. This algorithm performs all-to-all pairwise alignments and retrieves optimal local alignments on CUDA-enabled GPUs. To facilitate fast alignment backtracking, we have investigated a tile-based SW implementation using the CUDA programming model. This tiled computing pattern enables us to more deeply explore the powerful compute capability of GPUs. We have evaluated the performance of GSWAB on a Kepler-based GeForce GTX Titan graphics card. The results show that GSWAB can achieve a performance of up to 56.8 GCUPS on large-scale datasets. Furthermore, ou…
Anweisung zum frohen und glücklichen Leben, 1. Teil
1781
Inhalt: Predigt I. bis VII. Ueber die menschliche Glückfäligkeit ; Predigt VIII. Die Erkenntniß Gottes des Menschen Ehre und Glück ; Predigt IX. bis XI. Die Größe Gottes ; Predigt XII. Die liebenswürdigkeit Gottes ; Predigt XIII. Gott will geliebt und nicht gefürchtet seyn ; Predigt XIV. Gott richtet nicht, wie Menschen richten ; Predigt XV. Gott zürnet nicht, wie Menschen zürnen ; Predigt XVI. XVII. Wir stehen unter der allergenauesten Aufsicht und Fürsorge Gottes ; Predigt XVIII. XIX. Die Erde eine Wohnung der Freude ; Predigt XX. bis XXIII. Es ist nichts Böses in der Welt ;Predigt XXIV. Der Tod ist kein Uebel ; Predigt XXV. Der Tod ist der größeste Beförderer unsers Glücks ; Predigt XXVI…
Ietekmes uz vidi samazināšanas iespējas elektromontāžas uzņēmumā SIA "ARKO EL".
2018
Bakalaura darbā apskatīta elektroenerģijas ražošanas ietekmes uz vidi problemātika pasaulē, veikta datu analīze, pētīta enerģijas ražošanas alternatīvas no atjaunojamajiem resursiem un analizēta citu valstu pieredze, pakāpeniski atsakoties no fosilā kurināmā elektroenerģijas ražošanā. Izpētīts Eiropas Savienības un Latvijas elektroenerģētikas nozares regulējums, atbalsta programmas un iespējamais-prognozētais ietekmes uz vidi samazinājums līdz 2030.gadam. Veikta ekspertu aptauja, kuras rezultātā noskaidroti četri energoefektīvākie risinājumi uzņēmuma “ARKO EL” ilgtspējīgas, videi draudzīgākas saimniekošanas nodrošināšanai. Rezultāti liecina, ka ieviešot apskatītās, pēc ekspertu atzinuma ene…
Valsts ceļu pārvaldības daļējas decentralizācijas iespēju izvērtējums
2018
Maģistra darba „Valsts ceļu pārvaldības daļējas decentralizācijas iespēju izvērtējums” mērķis ir balstoties uz teorētiskām atziņām par valsts autoceļu pārvaldīšanas modeli, tam pieejamiem finanšu līdzekļiem, veikto izpēti izvēlētajās ārvalstīs un šajā pētījumā gūtajiem datiem, identificēt pašreizējo situāciju uz valsts vietējiem autoceļiem Latvijā, izpētīt līdzšinējās autoceļu pārvaldības problēmas un piedāvāt sociāli ekonomisku pamatojumu valsts vietējo autoceļu pārvaldīšanas iespējamajai modeļu maiņai mūsu valstī. Izpētes darbā sagatavotos priekšlikumus varētu piedāvāt Satiksmes ministrijai, plānošanas reģioniem un pašvaldībām, argumentācijā par pārvaldības un finansējuma modeļa izmaiņām,…
Latvijas publiskās lietošanas sauszemes transporta infrastruktūras problēmjautājumu analīze
2016
Maģistra darba "Latvijas publiskās lietošanas sauszemes transporta infrastruktūras problēmjautājumu analīze" mērķis ir izanalizēt nozīmīgākās publiskās lietošanas sauszemes transporta infrastruktūras problēmas Latvijā, kā arī izstrādāt priekšlikumus to novēršanai. Maģistra darbā pētīti ar publisko sektoru un sauszemes transporta infrastruktūru saistītie jēdzieni, publiskās lietošanas sauszemes transporta infrastruktūras institucionālā vide, infrastruktūras finansēšanas mehānismi, Latvijas un Eiropas Savienības, uz Latviju attiecināmi tiesību akti un politikas plānošanas dokumenti. Pētījuma ietvaros veiktas ekspertu intervijas, iedzīvotāju un pašvaldību pārstāvju aptaujas. Pētījuma gaitā ide…