Search results for "PBS"
showing 10 items of 31 documents
Baltā āboliņa Trifolium repens L. ģenētiskās daudzveidības noteikšana Eiropas populācijās
2017
Maģistra darba mērķis ir baltā āboliņa (Trifolium repens L.) ģenētiskās daudzveidības izpēte Eiropas populācijās, izmantojot iPBS (inter primer binding site) metodi un plūsmas citometrijas metodi (nosakot relatīvo kodola DNS daudzumu lapās). Iegūtie rezultāti salīdzināti starp 176 baltā āboliņa lapu paraugiem 6 dažādās populācijās - Latvijas, Polijas, Čehijas, Austrijas, Šveices un Grieķijas. Ģenētiskā līdzība starp populācijām ir salīdzinoši augsta, tā ir robežās no 86% līdz 97%, kas norāda uz dažādu Eiropas populāciju savstarpēju līdzību un zināmām ģenētiskām atšķirībām starp tām, kas skaidrojams ar ārējas vides ietekmēm katras populācijas izplatības arealā. Relatīvā kodola DNS daudzuma v…
Genetic Diversity of White Clover (Trifolium Repens L.) from the Urban Area of Rīga Baltā Āboliņa (Trifolium Repens L.) Ģenētiskā Daudzveidība Rīgas …
2015
Baltais āboliņš (Trifolium repens L.) ir tauriņziežu dzimtas augs, plaši izplatīts gan pilsētvidē, gan ārpus tās. Tas tiek izmantots kā lauksaimniecības augs biomasas iegūšanai, un tā ir arī populāra daudzgadīgos zālienus veidojošā suga - pilsētvidē balto āboliņu sēj zālājos. Baltais āboliņš plaši pārstāvēts dažādos biotopos ar mainīgu ārējo faktoru ietekmi, tai skaitā pilsētvidē. Tādēļ tas ir piemērots modeļobjekts antropogēnās ietekmes pētīšanai. Darba mērķis bija noteikt baltā āboliņa Latvijas populācijas ģenētisko daudzveidību, izmantojot iPBS (inter primer binding sites) - uz retrotranspazoniem balstītu metodi. Iegūtie rezultāti salīdzināti starp trim augu paraugkopām: pilsētvidē augoš…
Innovative and Applied Research in Biology: Proceedings, Vol. 3/2021
2021
The collection contains SCIENTIFIC articles on the topics of the LU 79 conference reports. The main focus is on innovative and applied research in biology and interdisciplinary fields.
Augu audu kultūru izmantošana retās piekrastes sugas Eryngium maritimum bioloģijas pētījumos
2022
Jūrmalas zilpodze (Eryngium maritimum L.) ir Latvijā reti sastopama un apdraudēta augu suga. Pēdējās desmitgadēs sugas izplatības areāla ziemeļaustrumu daļā zilpodzes indivīdu skaits un izplatība ir samazinājies. Par galveno iemeslu tam uzskata problēmas ar ģeneratīvo vairošanos. Ar anatomiskās izpētes palīdzību secināja, ka zilpodzes saknes satur veģetatīvās vairošanās struktūras. Audu kultūru eksperimentos noskaidroja, ka zilpodzes sakņu ievadīšanai piemērotākā apstrāde ir ar HgCl2, bet zilpodzes pavairošanai un apsakņošanai piemērotākā ir Murashige & Skoog barotnes modifikācija ar pievienotu 6-benzilaminopurīnu. Lai pārliecinātos par audu kultūrā ilgstoši uzglabāta zilpodzes materiāla ģe…
Dažādu škīdinātāju mijiedarbība ar kolorimetrisko testu reaģentiem
2020
Veicot dažādus eksperimentos var būt nepieciešams izmantot vielas ar dažādu šķīdību ūdenī un organiskos šķīdinātājos. Nereti precīzai eksperimenta norisei nepieciešams noteikts pH līmenis, ko nākas izmainīt oriģinālajā šķīdumā. In vitro eksperimentos vielu šķīdībai ir ļoti liela nozīme, jo ir virkne priekšnosacījumu eksperimenta veikšanai, kas izriet no pašu eksperimentu būtības. Piemēram, eksperimentos ar šūnu līnijām jāizmanto barotnes un piedevas ar pH 7,4 un tām jābūt šķīdumiem ūdenī, jo organiskie šķīdinātāji dažādās koncentrācijās nonāvē šūnas. Eksperimentos ar izolētiem enzīmiem vai audu membrānām arī vienmēr šķīdinātāju kontroles ir obligātas. Eksperimentos in vitro visbiežāk izmant…
Liepu (Tilia sp.) ārstnieciskās īpašības un ģenētiskā daudzveidība
2016
Liepa tiek plaši izmantota apstādījumos gan Latvijā, gan citur pasaulē. To drogas plaši izmanto farmācijā pateicoties savu daudzo medicīnisko īpašību dēļ. Liepu ķīmiskais sastāvs arī ir daudzveidīgs, bet vislielākais akcents tiek likts uz liepās esošajiem flavonoīdiem, kuriem piemīt kardiotoniskas un baktericīdas īpašības. Šī darba mērķis ir izvērtēt liepas bioloģiski aktīvo vielu īpašības un to izmantošanu farmācijā, noteikt liepas ģenētisko daudzveidību un ploiditāti. Tika veikta liepas ģenētiskās daudzveidības pētījums balstīts uz liepu ploiditātes noteikšanu un iPBS metodi. Tika noskaidrotas trīs lielākas ģenētiski līdzīgās grupas. Liepu ploiditāte tika noteikta ar plūsmas citometru. Ti…
Case-specific performance of MM-PBSA, MM-GBSA, and SIE in virtual screening.
2015
In drug discovery the reliable prediction of binding free energies is of crucial importance. Methods that combine molecular mechanics force fields with continuum solvent models have become popular because of their high accuracy and relatively good computational efficiency. In this research we studied the performance of molecular mechanics generalized Born surface area (MM-GBSA), molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA), and solvated interaction energy (SIE) both in their virtual screening efficiency and their ability to predict experimentally determined binding affinities for five different protein targets. The protein-ligand complexes were derived with two different app…
Genetic Diversity of Liparis loeselii in Latvia
2018
Abstract According to the Global Strategy for Plant Conservation, 75% of endangered species should be preserved in ex situ collections till 2020. The genus Liparis has a lot of recognised taxons, but only one species, Liparis loeselii (L.) Rich., grows in Europe. L. loeselii is a rare and endangered orchid species occurring in Europe. In Latvia L. loeselii is classified as the third category of endangered and protected species. To develop the best conservation strategy, the knowledge concerning the genetic differences of protected plants in a particular area is crucial. For this purpose, the genetic diversity of L. loeselii populations from different Latvian habitats was tested. The inter-r…
Latvijā ligzdojošo ziemeļu gulbju populācijas ģenētiksā daudzveidība
2018
Ziemeļu gulbis ir Latvijā ligzdojoša putnu suga, kas pasaulē ir sastopama plašā diapazonā lielākoties Eiropā un Eirāzijas ziemeļos. Darbā tika veikta polimorfo uz retrotranspozoniem balstītu iPBS praimeru atlase, lai noteiktu Ziemeļu gulbju ģenētisko daudzveidību. Darbā izmantoti Ziemeļu gulbju paraugi tika ievākti Kurzemes reģionā. Polimerāzes ķēdes reakcijas (PCR) produkti tika vizualizēti agarozes gēla elektroforēzē. Atlasītajam praimerim 2075 kopumā tika konstatēti 31 lokusi ar 28 polimorfiem lokusiem (90.32 %) Darbā apskatītās 22 ligzdu ģenētiskā līdzība ir augstāka par 77%. Veicot analīzi vienas ligzdas ietvaros visaugstāko polimorfo lokusu skaitu uzrādīja ligzda Nr.1 ar 16 polimorfie…
Ložņu āboliņa (Trifolium repens L.) Karpatu kalnu un Latvijas populāciju ģenētiskās daudzveidības salīdzinājums
2019
Sandra Dombrovska (2019): Ložņu āboliņa (Trifolium repens L.) Karpatu kalnu un Latvijas populāciju ģenētiskās daudzveidības salīdzinājums. Ložņu āboliņš (Trifolium repens L.) ir viens no plaši izmantotajiem lopbarības augiem visā pasaulē. Izmantots kā modeļobjekts. Bakalaura darba mērķis ir salīdzināt Karpatu kalnu savvaļas populāciju un šķirnes “Daile” materiālu daudzveidību un retrotranspozonu kustību pēc UV gaismas stresora ietekmes. Bakalaura darba izstrādes laikā tika izdalīts DNS no 117 izkaltētiem paraugiem. Tika veikta iPBS analīze, klasteru analīze, UV-B starojuma ietekmes analīze. Rezultāti liecina, ka šķirnes "Daile" populācija iedalās divās atsevišķās grupās un Slovākijas genoti…