Search results for "Pyroséquençage"
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La sensibilité des communautés microbiennes à une augmentation de la température augmente quand la biodégradabilité de la ressource organique baisse
2014
La sensibilité des communautés microbiennes à une augmentation de la température augmente quand la biodégradabilité de la ressource organique baisse. 12. Journées d'Etude des Sols
Microbial diversity and structure are drivers of the biological barrier effect against Listeria monocytogenes in soil
2013
International audience; Understanding the ecology of pathogenic organisms is important in order to monitor their transmission in the environment and the related health hazards. We investigated the relationship between soil microbial diversity and the barrier effect against Listeria monocytogenes invasion. By using a dilution-to-extinction approach, we analysed the consequence of eroding microbial diversity on L. monocytogenes population dynamics under standardised conditions of abiotic parameters and microbial abundance in soil microcosms. We demonstrated that highly diverse soil microbial communities act as a biological barrier against L. monocytogenes invasion and that phylogenetic compos…
Response of soil bacterial communities to the incorporation of crop residues : influence of agricultural practices and link with the soil biological …
2010
The effect of the location of wheat residues (soil surface vs. incorporated in soil) on their decomposition and on soil bacterial communities was investigated by the means of a field experiment. Bacterial-Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (B-ARISA) of DNA extracts from residues, detritusphere (soil adjacent to residues), and bulk soil evidenced that residues constitute the zone of maximal changes in bacterial composition. However, the location of the residues influenced greatly their decomposition and the dynamics of the colonizing bacterial communities. Sequencing of 16S rRNA gene in DNA extracts from the residues at the early, middle, and late stages of degradation confirmed …
Response of soil bacterial communities to the incorporation of crop residues : influence of agricultural practices and link with the soil biological …
2010
The effect of the location of wheat residues (soil surface vs. incorporated in soil) on their decomposition and on soil bacterial communities was investigated by the means of a field experiment. Bacterial-Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (B-ARISA) of DNA extracts from residues, detritusphere (soil adjacent to residues), and bulk soil evidenced that residues constitute the zone of maximal changes in bacterial composition. However, the location of the residues influenced greatly their decomposition and the dynamics of the colonizing bacterial communities. Sequencing of 16S rRNA gene in DNA extracts from the residues at the early, middle, and late stages of degradation confirmed …
Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-inform…
2012
National audience
Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes riboso…
2013
Depuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol (bactériennes et fongiques) sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN (commerciales ou non) des sols sont disponibles et utilisées. Il est cependant difficile de comparer les résultats d’études ayant utilisés différents protocoles d’extraction. L’emploi d’une méthode d’extraction standardisée est donc devenu indispensable pour comparer les résultats de différents laboratoires, comme la norme “ISO-11063: Soil quality – Method to directly extract DNA from soil” développé…
Identification et développement de marqueurs microsatellites polymorphes chez Tuber aestivum (syn. uncinatum) par une approche de pyroséquençage
2012
Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols
2011
Affiche, résumé; International audience; La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime entre 100 000 et 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Toutefois, d’importantes avancées en biologie moléculaire, comme le développement du pyroséquençage, ont permis d'obtenir plusieurs centaines de milliers de séquences à partir d’un ADN méta-génomique. Ces nouveaux développements permettent maintenant de caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol en se basant sur un marqueur phylogénétique comme l'ADNr 16S, aussi appelée MetaTaxogénomique (Maron et coll., 2011). Toutefois, dans un contexte ou l’écologie microbienne du sol commence à s’a…
Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol
2014
EA SPE GenoSol EcolDur; National audience; Les microorganismes (bactéries, archées et champignons) sont les organismes les plus abondants et les plus diversifiés de la matrice sol. Ils représentent un réservoir encore largement méconnu et presque infini de ressources génétiques, fortement impliqué dans le fonctionnement biologique du sol et plus largement dans la plupart des services écosystémiques fournis par ce sol. Malgré ce rôle central dans le fonctionnement des écosystèmes, nos connaissances sur la diversité génétique, taxonomique et fonctionnelle de ces microorganismes restent limitées à ce jour. Ceci s’explique essentiellement par des difficultés techniques pour accéder à ces organi…
Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols
2013
Le sol, après avoir longtemps été considéré comme un support de construction et de production, est maintenant légitimé comme un des derniers remparts pour la biodiversité terrestre. Parmi les organismes indigènes du sol, les microorganismes et notamment les bactéries sont les plus abondants et diversifiés avec plusieurs milliards d’individus représentant plusieurs millions d’espèces différentes par gramme de sol. De plus, ces microorganismes ont un rôle dans les cycles biogéochimiques des éléments majeurs (C, N, P…) et donc dans les services écosystèmiques que peut rendre le sol (recyclage éléments minéraux, qualité de l’atmosphère et de l’eau, production primaire…). Par conséquent, afin d’…