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RESEARCH PRODUCT

Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques

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Depuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol (bactériennes et fongiques) sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN (commerciales ou non) des sols sont disponibles et utilisées. Il est cependant difficile de comparer les résultats d’études ayant utilisés différents protocoles d’extraction. L’emploi d’une méthode d’extraction standardisée est donc devenu indispensable pour comparer les résultats de différents laboratoires, comme la norme “ISO-11063: Soil quality – Method to directly extract DNA from soil” développée pour extraire l’ADN bactérien des sols. Or, le développement récent des techniques de séquençage massif parallèle (comme le pyroséquençage), qui permettent d’aborder des inventaires taxonomiques précis et représentatifs, nous conduit à revisiter les biais associés à ces procédures d’extraction d’ADN. L’objectif de cette étude a donc été de définir le protocole d’extraction d’ADN du sol le plus approprié pour accéder au maximum de diversité microbienne (bactérienne et fongique) tellurique. Dans ce contexte, trois procédures ont été testées (dont la norme ISO) sur cinq sols différents de par leurs propriétés physicochimiques et leur mode d’usage. La qualité des ADN extraits a été évaluée en termes de rendement d’extraction, d’abondance (biomasse moléculaire et densité par qPCR) et de diversité (pyroséquençage 454 des gènes ribosomiques 16S et 18S) des communautés bactériennes et fongiques. L’analyse de ces résultats nous a permis de définir le protocole le plus adapté pour caractériser au mieux la diversité taxonomique des microorganismes telluriques.