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AUTHOR
Pierre Plassart
Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure
Three soil DNA extraction procedures (homemade protocols and commercial kit) varying in their practicability were applied to contrasting soils to evaluate their efficiency in recovering: (i) soil DNA and (ii) bacterial diversity estimated by 16S rDNA pyrosequencing. Significant differences in DNA yield were systematically observed between tested procedures. For certain soils, 10 times more DNA was recovered with one protocol than with the others. About 15,000 sequences of 16S rDNA were obtained for each sample which were clustered to draw rarefaction curves. These curves, as well as the PCA ordination of community composition based on OTU clustering, did not reveal any significant differenc…
Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques
Depuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol (bactériennes et fongiques) sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN (commerciales ou non) des sols sont disponibles et utilisées. Il est cependant difficile de comparer les résultats d’études ayant utilisés différents protocoles d’extraction. L’emploi d’une méthode d’extraction standardisée est donc devenu indispensable pour comparer les résultats de différents laboratoires, comme la norme “ISO-11063: Soil quality – Method to directly extract DNA from soil” développé…
Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols
Affiche, résumé; International audience; La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime entre 100 000 et 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Toutefois, d’importantes avancées en biologie moléculaire, comme le développement du pyroséquençage, ont permis d'obtenir plusieurs centaines de milliers de séquences à partir d’un ADN méta-génomique. Ces nouveaux développements permettent maintenant de caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol en se basant sur un marqueur phylogénétique comme l'ADNr 16S, aussi appelée MetaTaxogénomique (Maron et coll., 2011). Toutefois, dans un contexte ou l’écologie microbienne du sol commence à s’a…
Shifts in microbial diversity through land use intensity as drivers of carbon mineralization in soil
10 pages; International audience; Land use practices alter the biomass and structure of soil microbial communities. However, the impact of land management intensity on soil microbial diversity (i.e. richness and evenness) and consequences for functioning is still poorly understood. Here, we addressed this question by coupling molecular characterization of microbial diversity with measurements of carbon (C) mineralization in soils obtained from three locations across Europe, each representing a gradient of land management intensity under different soil and environmental conditions. Bacterial and fungal diversity were characterized by high throughput sequencing of ribosomal genes. Carbon cycl…
Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes
National audience
Ecological network analysis reveals the inter-connection between soil biodiversity and ecosystem function as affected by land use across Europe
Soil organisms are considered drivers of soil ecosystem services (primary productivity, nutrient cycling, carbon cycling, water regulation) associated with sustainable agricultural production. Soil biodiversity was highlighted in the soil thematic strategy as a key component of soil quality. The lack of quantitative standardised data at a large scale has resulted in poor understanding of how soil biodiversity could be incorporated into legislation for the protection of soil quality. In 2011, the EcoFINDERS (FP7) project sampled 76 sites across 11 European countries, covering five biogeographical zones (Alpine, Atlantic, Boreal, Continental and Mediterranean) and three land-uses (arable, gra…
Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols
La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime à 100000 à 1000000 d’espè ces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Toutefois, d’importantes avancé es en biologie moléculaire (comme le développement du pyrosé quençage), ont permis d'obtenir plusieurs centaines de milliers de sé quences à partir d’un ADN métagénomique, permettant une meilleure caracté risation de la diversité des communautés microbiennes du sol. Toutefois, dans un contexte ou l’écologie microbienne du sol commence à s’accaparer les é chantillonnages de grande envergure (spatial et temporelle) afin de mieux hié rarchiser les processus et paramètres impliqués dans la diversification de ces communauté …
Effects of land use intensity on european soil bacterial, fungal and archaeal communities
Whilst the importance of soils and their contribution to ecosystem services provision are well recognised, there is a paucity of knowledge on how particular land-use practices affect different types of soil organisms, and subsequently whether this affects soil functioning. The seventh framework programme EcoFINDERS project (Ecological Function and Biodiversity Indicators in European Soils) aims to “Decipher the links between soil biodiversity, activities, functioning and ecosystem services”. Through this project we have examined soil microbes at a number of European locations ranging from Iberian grassland to boreal forest. At each field site a gradient of land-use intensification has been …
Qu’attendre des recherches en microbiologie du sol ?
SPE EA EcolDur GenoSol MERS IPM Résumé du livre : La fertilité des sols est au carrefour des enjeux de sécurité alimentaire, de protection de l’environnement et de rentabilité économique de l’activité agricole. Cet ouvrage présente les résultats d’une réflexion prospective sur le contexte de la fertilisation dans les 5-10 ans à venir. Il définit les besoins en termes de méthodes et d'outils pour la gestion des cycles biogéochimiques et le raisonnement de la fertilisation en agriculture. Mots clés du livre : agriculture - agronomie - eau - effluent - engrais - environnement - fertilisation - pollution - prévention - production végétale - prospective - sol Description du chapitre 10 (partie 3…
Monitoring microbial diversity in European soils: ongoing projects and challenges
SPEEcolDurGenoSolCT3communication orale invitée, résumé et slides; According to the Convention of Biological Diversity (Rio de Janeiro, 1992), biodiversity is the variation in life from genes to species, communities, ecosystems, and landscapes. Soils represent a huge reservoir of biodiversity which varies in terms of taxonomic richness, relative abundance and distribution according to soil types, climatic conditions, vegetation and land uses. The key functions supporting ecosystem services as identified in the Millennium Ecosystem Assessment (MEA, 2005) largely depend upon organisms that inhabit the soil. Thus, the design and implementation of a sustainable soil management strategy requires…