Impact of the use of wastewater for irrigation of cultivated plots on the soil microbiological quality in semi-arid zone (Tunisia): approaches at the plot and catchment area scales

Affiche, résumé. Session AS: Agricultural Soils: Biodiversity and Functioning; International audience

Integrating microbial diversity in soil carbon dynamic models parameters

International audience

La sensibilité des communautés microbiennes à une augmentation de la température augmente quand la biodégradabilité de la ressource organique baisse

La sensibilité des communautés microbiennes à une augmentation de la température augmente quand la biodégradabilité de la ressource organique baisse. 12. Journées d'Etude des Sols

Plateforme GenoSol : une structure logistique d'appui à la recherche sur la microbiologie des sols et de l'environnement

EA SPE GenoSol EcolDur CT3; Les communautés microbiennes du sol sont difficiles à caractériser. Ceci s’explique par une accessibilité plus ou moins importante des populations au sein d’une matrice hétérogène et structurée mais aussi par leur densité et diversité très importante qui rend difficile à résoudre l’information obtenue. Toutefois, grâce aux avancées méthodologiques qui ont eu lieu depuis une quinzaine d’années, les études d’écologie microbienne bénéficient maintenant d’une automatisation des outils moléculaires (extraction d’ADN, caractérisation du polymorphisme de l’ADN, séquençage haut débit, métagénomique, métaprotéomique…) permettant la caractérisation des ressources génétique…

Evaluation of the addition of fertilizing component on microbial communities and decomposition of organic matter in soil

Organic matter (OM) influences many of the soil functions and occupies a central position in the global carbon cycle. At the scale of the agro-ecosystem, primary productivity is dependent on the recycling of soil organic matter (SOM) by the action of decomposers (mainly bacteria and fungi), which mineralize organic compounds, releasing the nutrients needed for plant growth. At a global scale, the recycling of the SOM determines the carbon flux between soil and atmosphere, with major consequences in terms of environmental quality. In this context, the management of SOM stocks in agro-ecosystems is a major issue from which depend the maintenance of the productivity and sustainability of agric…

Bacterial social networks across the French National territory

EA SPE BIOME GENOSOL UB Agrosup EA SPE BIOME GENOSOL UB AgrosupEASPEBIOMEGENOSOL UB Agrosup; New generation sequencing evidenced that soil houses a huge microbial biodiversity. Based on these observations, it is now possible to better describe the spatial distribution of soil microbial communities, to study the ecological processes involved (environmental selection, dispersal limitations), and to compute the data to define the ecological attributes of soil microbial taxa. These huge datasets also offer the opportunity to study how soil microbial populations are interrelated. With this study, we revealed the first soil bacterial "social" network across French national territory based on 2,20…

La biodiversité des sols est-elle impactée par l’apport de cuivre ou son accumulation dans les sols vignes ? Synthèse des connaissances scientifiques

Pendant 150 ans, le sulfate de cuivre a été utilisé de façon intensive comme fongicide pour lutter contre les maladies de la vigne. De ce fait, le cuivre s’est fortement accumulé dans les solsviticoles, atteignant des concentrations potentiellement nocives pour les organismes des sols.Bien que les doses de cuivre appliquées aujourd’hui soient 10 fois plus faibles qu’il y a 50 ans,son utilisation dans le contexte de la transition agroécologique est encore soumise à débat caril est un des rares pesticides autorisés en agriculture biologique. Dans ce travail, nous avonsconduit une méta-analyse de la littérature académique internationale pour objectiver l’impactdu cuivre sur la qualité biologiq…

Les techniques et référentiels disponibles pour le diagnostic microbiologique des sols : offre de service, application terrain, futurs outils

Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure

Three soil DNA extraction procedures (homemade protocols and commercial kit) varying in their practicability were applied to contrasting soils to evaluate their efficiency in recovering: (i) soil DNA and (ii) bacterial diversity estimated by 16S rDNA pyrosequencing. Significant differences in DNA yield were systematically observed between tested procedures. For certain soils, 10 times more DNA was recovered with one protocol than with the others. About 15,000 sequences of 16S rDNA were obtained for each sample which were clustered to draw rarefaction curves. These curves, as well as the PCA ordination of community composition based on OTU clustering, did not reveal any significant differenc…

How optical density measurements on artificially reconstituted soil ecosystems show the validity of the competitive exclusion principle

aeres : C-COM; International audience

Diversité microbienne des sols : stratégie méthodologique, distribution spatiale et traduction en fonctionnement biologique

International audience; Since the development of industrialization, urbanization and agriculture, soils have been subjected to numerous variations in environmental conditions, which have resulted in modifications of the taxonomic diversity and functioning of the indigenous microbial communities. As a consequence, the functional significance of these losses/modifications of biodiversity, in terms of the capacity of ecosystems to maintain the functions and services on which humanity depends, is now of pivotal importance. In this context, one of the main challenges in soil microbial ecology is to better understand and predict the processes that drive soil microbial diversity and the link betwe…

Soil microbial diversity effects on primary production and symbiotic interactions

SPEEAEcolDurGenoSolGEAPSI; The importance of telluric microorganisms linked together by trophic exchanges with plants, that sustain all ecosystems through primary production, is known. However, the role of soil microbial diversity for primary production remains controversial. A diversity decreasing was achieved, by inoculating a sterilized soil with serial dilutions of a suspension from the same non-sterilized soil, to determine the consequences of microbial diversity erosion on the growth and fitness of three plant species more or less dependent on symbionts, Medicago truncatula, Brachypodium distachyon and Arabidopsis thaliana. The results showed that the impact of microbial diversity dec…

Traduction de la métagenomique des agrosystemes en services écologiques

International audience; En affectant les communautés microbiennes présentes dans le sol, les pratiques agricoles mettent en péril la biodiversité des agrosystèmes. La génomique environnementale est un nouveau moyen d’améliorer nos connaissances sur ces derniers et ce faisant, de concevoir des systèmes agricoles plus respectueux de l’environnement.

Dynamique, diversité et régulation des communautés microbiennes impliquées dans les cycles du carbone et de l'azote dans le sol

Which benefits in the use of a modeling platform : the VSoil example

In the environmental community the need for coupling the models and the associated knowledges emerged recently. The development of a coupling tool or of a modeling platform is mainly driven by the necessity to reate models accounting for multiple processes and to take into account the feed back between these processes. Models focusing on a restricted number of processes exist and thus the coupling of these numerical tools appeared as an efficient and rapid mean to fill up the identified gaps. Several tools have been proposed : OMS3 (David et al. 2013) ; CSDMS framework (Peckham et al. 2013) ; the Open MI project developed within the frame of European Community (Open MI, 2011). However, what…

Short-term impact of biogas digestates on soils microbial communities

International audience; Anaerobic digestion of organic waste is considered a key process to produce renewable energy to meet the growing sustainable energy demand. Digestates can be used in agriculture as soil amendments and improve crop yields. However, their use at large scale in agricultural fields still requires to prove their innocuity on soil biota, especially on microorganisms that play important roles in soil ecosystem. Here, we designed a microcosm experiment to compare the short-term (42-days) effects of four different digestates (derived from cattle manure, energy crop, food residues or slurry with bio-waste) on the soil microbial communities. Each digestate was applied on three …

Diagnostic et pilotage de la qualité des sols viticoles : une nouvelle génération d'indicateurs microbiologiques moléculaires

prod 2018-253c EA BIOmE INRA; National audience

Evaluation of the effect of an additional fertilizer on the dynamics of microbial community and the decomposition of organic matter in soil

Organic matter (OM) influences many of the soil functions and occupies a central position in the global carbon cycle. At the scale of the agro-ecosystem, primary productivity is dependent on the recycling of soil organic matter (SOM) by the action of decomposers (mainly bacteria and fungi), which mineralize organic compounds, releasing the nutrients needed for plant growth. At a global scale, the recycling of the SOM determines the carbon flux between soil and atmosphere, with major consequences in terms of environmental quality. In this context, the management of SOM stocks in agro-ecosystems is a major issue from which depend the maintenance of the productivity and sustainability of agric…

Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques

Depuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol (bactériennes et fongiques) sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN (commerciales ou non) des sols sont disponibles et utilisées. Il est cependant difficile de comparer les résultats d’études ayant utilisés différents protocoles d’extraction. L’emploi d’une méthode d’extraction standardisée est donc devenu indispensable pour comparer les résultats de différents laboratoires, comme la norme “ISO-11063: Soil quality – Method to directly extract DNA from soil” développé…

Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

EA SPE BIOME GENOSOL UB Agrosup EA SPE BIOME GENOSOL UB AgrosupEASPEBIOMEGENOSOL UB Agrosup; New generation sequencing evidenced that soil houses a huge microbial biodiversity. Based on these observations, it is now possible to better describe the spatial distribution of soil microbial communities, to study the ecological processes lying behind (environmental selection, dispersal limitations), and to mine the data to define the ecological attributes of soil microbial taxa. These huge datasets also offer the opportunity to study how soil microbial populations are interrelated. The objective of this study was to design the first bacterial "social" network in french soils to characterize how b…

Etude et gestion des processus biogéochimiques couplant les cycles du carbone et de l'azote à l'origine de la libération de composés polluants, du sol vers les compartiments eau et air de l'environnement

Vous travaillez sur les communautés microbiennes du sol. Mais de quoi parle-t-on, exactement ?

Dans un hectare de sol cultivé, un entrelacs de racines abrite 1,5 tonnes de bactéries et 3,5 tonnes de champignons microscopiques. Sans compter les vers de terre, insectes, acariens… et toute une faune qui peut peser de 1 à 5 tonnes ! Cette biodiversité très riche fait la valeur de nos sols, participe à leur fertilité et contribue donc à la qualité de notre alimentation. Élément clé du bon fonctionnement de notre environnement, elle favorise la régulation du climat, le stockage du carbone, la qualité de l’eau… Interviews vidéos. Le sol est au carrefour du bon fonctionnement de notre agriculture, de notre alimentation et de notre environnement… S’il a longtemps été vu comme un support inert…

Explorer les fonctions microbiennes à partir d'informations taxonomiques : un état de l'art des outils et des méthodes

National audience; À l'ère des Big Data, d’énormes quantités de données sont disponibles et constituent uneoccasion unique de développer des algorithmes de prédiction performants. En écologiemicrobienne, ce phénomène a joué un rôle majeur dans la façon dont nous abordons labiodiversité depuis l’apparition des NGS. L’étude des microbiomes environnementaux par lesoutils les méta-omiques a conduit à la découverte de nouveaux organismes, fournissant ainsiune source importante d’informations taxonomiques et fonctionnelles. L’un des futurs défis, estde réussir à associer une fonction à une diversité microbienne pour améliorer notrecompréhension des fonctions du microbiome (British Ecological Soci…

Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols

Affiche, résumé; International audience; La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime entre 100 000 et 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Toutefois, d’importantes avancées en biologie moléculaire, comme le développement du pyroséquençage, ont permis d'obtenir plusieurs centaines de milliers de séquences à partir d’un ADN méta-génomique. Ces nouveaux développements permettent maintenant de caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol en se basant sur un marqueur phylogénétique comme l'ADNr 16S, aussi appelée MetaTaxogénomique (Maron et coll., 2011). Toutefois, dans un contexte ou l’écologie microbienne du sol commence à s’a…

La métaprotéomique pour l'analyse fonctionnelle des communautés bactéreinnes indigènes

Innovative tools to diagnose the impact of land use practices on soil microbial communities

International audience; Preservation and sustainable use of soil biological communities represent major challenges in the current agroecological context. Indeed, most of soil ecosystem services results from biological functions particularly driven by taxonomic and functional assemblages of microbiological communities (i.e. nutrient cycling, soil aggregation, depollution, etc.). Consequently, soil microbial communities are logical candidates as effective indicators of soil quality and sustainability. But, good biological indicators must be associated with references that encompass an operating range of measured values that allow performing the desired diagnosis. Even if numerous studies have…

Les microalgues et cyanobactéries des sols : quels apports pour l’écotoxicologie terrestre

Les microorganismes photosynthétiques (cyanobactéries et microalgues) des sols pourraient constituer des bioindicateurs pertinents à l’égard des pressions phytosanitaires, à l’instar des milieux aquatiques. Néanmoins, les connaissances disponibles sur leur écologie dans les sols et leurs réponses aux stress sont limitées. Des développements méthodologiques (biochimiques et moléculaires) ont été réalisés afin d’identifier des marqueurs biochimiques et moléculaires pertinents pour décrire les effets de phytosanitaires sur la biomasse et la diversité des communautés microalgales. Des études en microcosmes contrôlés au laboratoire, complétés par des suivis au champ (systèmes de culture Biologiq…

Soil as a Support of Biodiversity and Functions

The soil is a major reservoir of biological diversity on our planet. It also shelters numerous biological and ecological processes and therefore contributes to the production of a considerable number of ecosystem services. Among the ecological, social and economic services identified, the role of soil as a reservoir of diversity has now been well established, along with its role in nutrient cycling, supporting primary productivity, pollution removal and storing carbon. Since the development of industrialization, urbanization and agriculture, soils have been subjected to numerous variations in environmental conditions, which have resulted in modifications of the diversity of the indigenous m…

Soil DNA evidence for altered microbial diversity after long-term application of municipal wastewater

International audience; Water resources constitute a social, agricultural and economic problem in most countries of the southern Mediterranean Basin. Alternative strategies have been developed such as the reuse of municipal wastewater for irrigation in agriculture. Despite numerous advantages for soil fertility and crop productivity, recycling wastewater in soils also has several ecotoxicological and sanitary problems. Few investigations have assessed the risk by evaluating the impact of wastewater irrigation on soil microbes. Here, we report for the first time the short- and long-term effects of treated municipal wastewater irrigation on the density and genetic structure of bacterial and f…

Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale

International audience; Soil microorganisms are essential to agroecosystem functioning and services. Yet, we still lack information on which farming practices can effectively shape the soil microbial communities. The aim of this study was to identify the farming practices, which are most effective at positively or negatively modifying bacterial and fungal diversity while considering the soil environmental variation at a landscape scale. A long-term research study catchment (12 km2 ) representative of intensive mixed farming (livestock and crop) in Western Europe was investigated using a regular grid for soil sampling (n = 186). Farming systems on this landscape scale were described in terms…

Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental »

INRA EA BIOmEINRAEABIOmE; Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental ». Journée d’Animation Scientifique et Technique sur "La Microbiologie Moléculaire au Service du Diagnostic Environnemental". ADEME, L’Observatoire Français des Sols Vivants et le GDR Génomique Environnemental

La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental

Ouvrage de vulgarisation professionnelle INRA EA BIOmE; National audience; Dans une société où il devient urgent de réduire l'empreinte environnementale des activités humaines, la première étape est de pouvoir faire un diagnostic de la qualité de notre environnement et des différentes matrices le constituant (eau, sol, atmosphère, déchets). Les microorganismes, de par leur petite taille, leur énorme diversité taxonomique et génétique, leur réactivité aux perturbations ainsi que par leur forte implication dans les cycles biogéochimiques gérant les flux de matière et d'énergie, sont des candidats incontournables pour élaborer ce diagnostic. Ceci est d'autant plus vrai que depuis une vingtaine…

Maîtrise et gestion de la biodiversité dans les sols: quelles perspectives ?

National audience

Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes

Communication orale, résuméCommunication orale, résumé; La diversité microbienne d’un sol est difficile à caractériser. Ceci s’explique par une accessibilité plus ou moins importante des populations au sein d’une matrice hétérogène et structurée, mais aussi par l’incapacité à résoudre une information constituée de 100 000 à 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol. Toutefois, récemment, d’importantes avancées en biologie moléculaire ont permis de mieux caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol in situ et ce sans a priori. Ainsi, la puissance des nouvelles générations de séquençage comme le pyroséquençage permettent de travailler en haut-débit afin d’obtenir plus…

Diversité microbienne du sol : rôle fonctionnel et régulation

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

International audience; Microbial biogeography is the study of the distribution of microbial diversity on large scales of space and time. This science aims at understanding biodiversity regulation and its link with ecosystem biological functioning, goods and services such as maintenance of productivity, of soil and atmospheric quality, and of soil health. Although the initial concept dates from the early 20th century (Beijerinck (1913) De infusies en de ontdekking der backterien, in: Jaarboek van de Knoniklijke Akademie van Wetenschappen, Muller, Amsterdam), only recently have an increasing number of studies have investigated the biogeographical patterns of soil microbial diversity. A such …

Shifts in microbial diversity through land use intensity as drivers of carbon mineralization in soil

10 pages; International audience; Land use practices alter the biomass and structure of soil microbial communities. However, the impact of land management intensity on soil microbial diversity (i.e. richness and evenness) and consequences for functioning is still poorly understood. Here, we addressed this question by coupling molecular characterization of microbial diversity with measurements of carbon (C) mineralization in soils obtained from three locations across Europe, each representing a gradient of land management intensity under different soil and environmental conditions. Bacterial and fungal diversity were characterized by high throughput sequencing of ribosomal genes. Carbon cycl…

Journées Nationales de l'Innovation Agricole (JIAG 2015) 1ère édition colloque OFSV, Angers, France, 2-3 novembre 2015

Dynamics and identification of soil microbial populations actively assimilating carbon from 13C-labelled wheat residue as estimated by DNA- and RNA-SIP techniques.

International audience; This work is the first report on the use of DNA-, RNA-SIP approaches to elucidate the dynamics and the diversity of bacterial populations actively assimilating C derived from plant residues labelled at more than 90% (13)C. Wheat-residues, were incorporated and incubated into soil microcosms for 28 days. At the end of the incubation time, no more than 55% of the total CO(2) released was (13)C-labelled, suggesting the occurrence of an important priming effect process. After 7 days, more than 30% of the whole DNA extracted were labelled, allowing an efficient separation of labelled from unlabelled DNA using density gradient centrifugation. The genetic structure of bacte…

La qualité microbiologique des sols: bilan et intérêt pour les productions agricoles

National audience

Ecological networks as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystems

Soil ecosystem is one of major reservoirs of microbial diversity on our planet. Many biological processes and interactions take place in soil, contributing to a considerable number of ecosystem services. Recent methodological advances, e.g. high throughput sequencing, provide an extensive knowledge on soil microbial communities in terms of diversity and composition. Thanks to these technological advances, numerous studies have investigated the variation of diversity indices and taxonomic composition of microbial communities according to changes in environmental conditions. However, estimates of microbial diversity through diversity metrics calculation such as Shannon, richness, evenness ind…

Dynamics of changes in the soil organic matter, functional diversity and C and N fluxes after shift in agricultural practices of an annual crops rotation under conventional agriculture

International audience; Introduction and objectives Agricultural practices (e.g. crop rotation, tillage) lead to profound changes in soil properties, ecosystem structure (e.g. biodiversity) and functioning (e.g. ecosystem services). Whereas this has been very often characterized in the medium and long terms, little is known so far about how fast soil properties respond to changing practices at the time scale (year to several years) in which farmers take their decision in the management of their crops. In agricultural systems, increasing consideration is given to soil biodiversity, whose role has long been overlooked by agronomists, but whose preservation in now recognized as key for maintai…

Relationship between microbial diversity and soil organic matter turnover

International audience

Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing

EA SPE BIOME GENOSOL; International audience

L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.

Étude de la résilience du pois et de la Féverole au stress hydrique

Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes

National audience

Response of soil bacterial community structure to successive perturbations of different types and intensities

SummaryIn soil, genetic structure modifications of indigenousbacterial community consecutively to a severe stress(mercury contamination) were delayed when thecommunity was pre-exposed to various minor per-turbations (heat, copper and atrazine). Such minorperturbations induced transitory community struc-ture modifications leading to an increase of commu-nity stability towards a severe mercury stress. Theseresults illustrated well the short-term pre-adaptationprocess for bacterial community hypothesizing thatcommunity submitted to perturbations become moreresistant to withstand another stress. Compared with other environmental matrices of the bio-sphere, soils are considered as the main reservo…

Treated waste water reuse impact on soil microbial community structure as assessed by Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (ARISA) fingerprint technique

International audience

High microbial diversity promotes soil ecosystem functioning

ABSTRACT In soil, the link between microbial diversity and carbon transformations is challenged by the concept of functional redundancy. Here, we hypothesized that functional redundancy may decrease with increasing carbon source recalcitrance and that coupling of diversity with C cycling may change accordingly. We manipulated microbial diversity to examine how diversity decrease affects the decomposition of easily degradable (i.e., allochthonous plant residues) versus recalcitrant (i.e., autochthonous organic matter) C sources. We found that a decrease in microbial diversity (i) affected the decomposition of both autochthonous and allochthonous carbon sources, thereby reducing global CO 2 e…

Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil

International audience; Microbial communities have a central role in ecosystem processes by driving the Earth's biogeochemical cycles. However, the importance of microbial diversity for ecosystem functioning is still debated. Here, we experimentally manipulated the soil microbial community using a dilution approach to analyze the functional consequences of diversity loss. A trait-centered approach was embraced using the denitrifiers as model guild due to their role in nitrogen cycling, a major ecosystem service. How various diversity metrics related to richness, eveness and phylogenetic diversity of the soil denitrifier community were affected by the removal experiment was assessed by 454 s…

How do microbial communities in top-and subsoil respond to root litter addition under field conditions?

Abstract Contrasting microbial community composition and activity at different soil depths may affect root litter decomposition. These effects have up to now been investigated mainly in laboratory studies, which may not be able to take into account complex in situ conditions. Our study aimed to analyze the composition and activity of microbial communities after addition of 13 C labeled wheat root litter to a loamy soil under grassland at 30, 60 and 90 cm depths, during a three-year field experiment. We investigated the dynamics of bacterial and fungal abundances and community structures by DNA genotyping and pyrosequencing of 16S and 18S rDNAs. The genetic structures of bacterial and fungal…

Les communautés microbiennes présentes dans différents types de sols ont une réponse variable à l’apport de produits résiduaires organiques

National audience

La métaprotéomique au service du diagnostic environnemental

Que sait-on vraiment de l’impact des digestats de méthanisation sur la qualité biologique des sols agricoles ?

National audience; Pas de résumé

Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

International audience; L'écologie microbienne des sols a longtemps été reconnue comme souffrant d'un certain manque de généricité car les études ont souvent été menées à l'échelle de parcelles voire de petits territoires et avec peu de sites investigués. Il en résulte un manque de connaissances sur les processus de distribution des populations et de la régulation de la diversité microbienne à grande échelle face à des modifications environnementales dues aux usages des terres ou au changement climatique. Dans les années 2000, le RMQS, avec 2 240 sites échantillonnés sur toute la France, a représenté une opportunité unique pour étudier les micro-organismes du sol sur de grandes échelles spa…

Biofilm biodiversity in French and Swiss show caves using the metabarcoding approach: First data.

International audience; In recent decades, show caves have begun to suffer from microorganism proliferation due to artificial lighting installations for touristic activity. In addition to the aesthetic problem, light encourages microorganisms that are responsible for physical and chemical degradation of limestone walls, speleothems and prehistoric paintings of cultural value. Microorganisms have previously been described by microscopy or culture-dependent methods, but data provided by new generation sequencing are rare. The authors identified, for the first time, microorganisms proliferating in one Swiss and in four French show caves using three different primers. The results showed that bo…

Mapping, understanding and predicting soil microbial diversity across France

International audience; Microorganisms are extremely abundant and diverse in soils. Their huge diversity is central in soil functioning regarding the diversity of functions it supports (mineralization, detoxification, stability of soil…) and is more and more studied, especially in a context of increasing pressure on soil resources. Conversely to macroorganisms whose distribution on a wide scale has been studied for over a century, spatial scaling and determinism distribution of soil microorganisms on nationwide scale still needs to be documented, notably to decipher the environmental filters shaping these communities. communities were investigated at the scale of France to characterize thei…

La Biologie des Sols : outils de mesure et intérêt pour les productions agricoles

Les organismes du sol comme indicateurs du fonctionnement des sols en grandes cultures

International audience

Metaproteomics: a new approach for studying functional microbial ecology

Establishing the link between microbial diversity and ecosystem functioning constitutes one of the fundamental questions in microbial ecology. However, microbial biodiversity cannot be resolved in a single manner and the question arises about which of the genetic and/or taxonomic and/or functional components of biodiversity are the most relevant in such a problematic. To date, most researches in this field has focused on genetic diversity and few investigations have examined functional diversity, resulting in a poor understanding of the manner in which genetic and taxonomic diversity affect functional diversity or ecosystem properties. This can be explained by paucity of methods allowing an…

Erosion of biodiversity affects the stability of soil microbial communities

Anthropogenic activities have led to a significant modification/reduction of biodiversity. By observing this erosion, the understanding of the relationship between biodiversity and ecosystem functioning has emerged as a central issue in ecological and environmental sciences during the last decade. This relationship between diversity-stability-function has been extensively studied by plant ecologists, but remains largely unexplored for soil microorganisms. In this context, we studied the impact of an erosion of biodiversity on the stability of soil microbial communities (i.e. resistance and resilience) in response to two perturbations: a residual metallic stress (mercury input at 20 ppm) and…

Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

International audience

Soil bacterial interaction networks on a wide scale

EA BIOME INRA AGROSUP UB; International audience

Soil as support of biodiversity and functions

Chapitre 11 Section 3 EA SPE EcolDur GenoSol; The soil is a major reservoir of biological diversity on our planet. It also shelters numerous biological and ecological processes and therefore contributes to the production of a considerable number of ecosystem services. Among the ecological, social and economic services identified, the role of soil as a reservoir of diversity has now been well established, along with its role in nutrient cycling, supporting primary productivity, pollution removal and storing carbon. Since the development of industrialization, urbanization and agriculture, soils have been subjected to numerous variations in environmental conditions, which have resulted in modi…

Atlas français des champignons du sol

Un seul gramme de sol peut contenir plusieurs millions de champignons microscopiques !Depuis un milliard d’années d’évolution et d’adaptations, le règne des champignons est un acteur incontournable de la biodiversité de notre planète. Les champignons sont souvent observés grâce à leurs sporophores qui se développent au-dessus du sol. Ces derniers représentent pourtant seulement la pointe de l’iceberg de leur diversité car les champignons sont en réalité majoritairement présents sous forme microscopique dans nos sols. Dans cet atlas, les auteurs, qui sont des chercheurs INRAE spécialistes en écologie microbienne et en sciences du sol, dévoilent une nouvelle vision des champignons. Ils ont ré…

Influence of microbial diversity on soil organic carbon dynamics highlighted by a 13C-labelling technique

Soil organic matter (SOM) represents the main pool of carbon within the biosphere, estimated at roughly twice that in atmospheric CO2. In agrosystems, organic amendments are common to maintain soil C stocks. However, recent studies have revealed that these practices can lead to a priming effect, corresponding to enhanced release of CO2 into the atmosphere, due to over-mineralisation of soil organic carbon. Therefore, appropriate decisions regarding organic input management require better understanding of the biogeochemical cycles related to SOM dynamics. As soil microorganisms are major actors in SOM turnover, their diversity is likely to influence SOM dynamics. In this context, the relatio…

Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols

Le sol, après avoir longtemps été considéré comme un support de construction et de production, est maintenant légitimé comme un des derniers remparts pour la biodiversité terrestre. Parmi les organismes indigènes du sol, les microorganismes et notamment les bactéries sont les plus abondants et diversifiés avec plusieurs milliards d’individus représentant plusieurs millions d’espèces différentes par gramme de sol. De plus, ces microorganismes ont un rôle dans les cycles biogéochimiques des éléments majeurs (C, N, P…) et donc dans les services écosystèmiques que peut rendre le sol (recyclage éléments minéraux, qualité de l’atmosphère et de l’eau, production primaire…). Par conséquent, afin d’…

Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

International audience

Stability of soil microbial structure and activity depends on microbial diversity

Despite the central role of microbes in soil processes, empirical evidence concerning the effect of their diversity on soil stability remains controversial. Here, we addressed the ecological insurance hypothesis by examining the stability of microbial communities along a gradient of soil microbial diversity in response to mercury pollution and heat stress. Diversity was manipulated by dilution extinction approach. Structural and functional stabilities of microbial communities were assessed from patterns of genetic structure and soil respiration after the stress. Dilution led to the establishment of a consistent diversity gradient, as revealed by 454 sequencing of ribosomal genes. Diversity …

Assessing genetic structure and diversity of airborne bacterial communities by DNA fingerprinting and 16S rDNA clone library

Abstract The density, genetic structure and diversity of airborne bacterial communities were assessed in the outdoor atmosphere. Two air samples were collected on the same location (north of France) at two dates (March 2003 (sample1) and May 2003 (sample 2)). Molecular culture-independent methods were used to characterise airborne bacterial communities regardless of the cell culturability. The automated-ribosomal intergenic spacer analysis (A-RISA) was performed to characterise the community structure in each sample. For both sampling dates, complex A-RISA patterns were observed suggesting a highly diverse community structure, comparable to those found in soil, water or sediment environment…

Microbial diversity and structure are drivers of the biological barrier effect against Listeria monocytogenes in soil

International audience; Understanding the ecology of pathogenic organisms is important in order to monitor their transmission in the environment and the related health hazards. We investigated the relationship between soil microbial diversity and the barrier effect against Listeria monocytogenes invasion. By using a dilution-to-extinction approach, we analysed the consequence of eroding microbial diversity on L. monocytogenes population dynamics under standardised conditions of abiotic parameters and microbial abundance in soil microcosms. We demonstrated that highly diverse soil microbial communities act as a biological barrier against L. monocytogenes invasion and that phylogenetic compos…

Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol

EA SPE GenoSol EcolDur; National audience; Les microorganismes (bactéries, archées et champignons) sont les organismes les plus abondants et les plus diversifiés de la matrice sol. Ils représentent un réservoir encore largement méconnu et presque infini de ressources génétiques, fortement impliqué dans le fonctionnement biologique du sol et plus largement dans la plupart des services écosystémiques fournis par ce sol. Malgré ce rôle central dans le fonctionnement des écosystèmes, nos connaissances sur la diversité génétique, taxonomique et fonctionnelle de ces microorganismes restent limitées à ce jour. Ceci s’explique essentiellement par des difficultés techniques pour accéder à ces organi…

A comparison of extraction procedures for water-extractable organic matter in soils

The characteristics of dissolved organic matter (DOM) in soils are often determined through laboratory experiments. Many different protocols can be used to extract organic matter from soil. In this study, we used five air-dried soils to compare three extraction methods for water-extractable organic matter (WEOM) as follows: (i) pressurised hot-water-extractable organic carbon (PH-WEOC), a percolation at high pressure and temperature; (ii) water-extractable organic carbon (WEOC), a 1-hour end-over shaking; and (iii) leaching-extractable organic carbon (LEOC), a leaching of soil columns at ambient conditions. We quantified the extraction yield of organic carbon; the quality of WEOM was charac…

SOIL MICROBIOLOGICAL QUALITY: STATE OF THE ART AND IMPORTANCE OF MICROBIAL COMMUNITIES FOR FRENCH AGRICULTURAL SOILS

Soils are one of the major reservoirs of biological diversity on our planet, hosting a huge diversity of microorganisms. Numerous studies have demonstrated the role of microbial diversity in soil functions, such as nutrient cycling or pathogen management. Given the key role of soil microorganisms in the regulation of soil ecosystem functions, the environmental factors driving soil microbial diversity need to be understood. In France, we have the opportunity to benefit from a national soil survey (called the French Soil Quality Monitoring Network), which represents one of the most extensive and without a priori soil sampling survey available to date. Through several funded projects, we were …

Élaboration du premier référentiel territorial de la qualité microbiologique des sols afin de promouvoir la transition agroécologique

National audience; Le sujet de thèse fait partie d’un projet de développement territorial, porté par Dijon Métropole,dont l’objectif est de développer un système alimentaire durable d’ici 2030 sur l’aire urbainede Dijon Métropole (3000 km2). Il s’inscrit dans l’une des actions du projet : l’action Sol Expertdont l’objectif est de développer un référentiel territorial de la qualité des sols afin de validerun diagnostic opérationnel pour accompagner la transition agroécologique. La question derecherche du sujet de thèse porte sur l’étude de l’effet des modes d’usage et des pratiquesassociées sur les communautés microbiennes telluriques et les services qu’elles fournissent.Des objectifs fondam…

Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?

National audience; Bien que les microorganismes soient les organismes les plus diversifiés et les plus abondants de notre planète, le déterminisme de leur diversification et de leur distribution spatiale à petite, comme à grande échelle, est très peu documenté. Ce manque d’intégration de l’échelle spatiale en écologie microbienne limite l’application des concepts développés en biogéographie pour les macro-organismes tels que la bêta-diversité (comment la composition des communautés change à l’échelle du paysage), qui est centrale pour la compréhension de la régulation et de l’évolution de la biodiversité en fonction des paramètres du milieu. Par conséquent, il est impossible à ce jour de dé…

Identifier les fonctionnalités des communautés bactériennes du sol. En direct des labos

 ; Les chercheurs ont mis au point une méthode d’extraction et d’analyse des protéines générées par le métabolisme cellulaire des bactéries du sol (metaprotéome) pour caractériser in situ et sans a priori la structure fonctionnelle et la fonctionnalité des communautés microbiennes indigènes.

Proteomics for the functional analysis of microorganisms

International audience; Dans l’ère post-génomique, la protéomique est une approche en pleine expansion qui bénéficie des avancées de méthodologies de pointe pour la séparation et l’identification des produits des gènes et de leurs fonctions. Dans ce contexte, elle apparaît un outil de choix pour étudier les réponses des micro-organismes aux perturbations de leur environnement.

Biogeographical patterns of soil bacterial communities.

International audience; This study provides the first maps of variations in bacterial community structure on a broad scale based on genotyping of DNA extracts from 593 soils from four different regions of France (North, Brittany, South-East and Landes). Soils were obtained from the soil library of RMQS (Réseau de Mesures de la Qualité des Sols = French soil quality monitoring network). The relevance of a biogeographic approach for studying bacterial communities was demonstrated by the great variability in community structure and specific geographical patterns within and between the four regions. The data indicated that the distribution of bacterial community composition might be more relate…

Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols

La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime à 100000 à 1000000 d’espè ces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Toutefois, d’importantes avancé es en biologie moléculaire (comme le développement du pyrosé quençage), ont permis d'obtenir plusieurs centaines de milliers de sé quences à partir d’un ADN métagénomique, permettant une meilleure caracté risation de la diversité des communautés microbiennes du sol. Toutefois, dans un contexte ou l’écologie microbienne du sol commence à s’accaparer les é chantillonnages de grande envergure (spatial et temporelle) afin de mieux hié rarchiser les processus et paramètres impliqués dans la diversification de ces communauté …

Écologie microbienne du cycle du carbone

Intérêt de la qualité microbiologique (bactéries et champignons) des sols pour les productions viticoles

Prod 2018-253d EA BIOmE INRA; National audience

La perte de diversité affecte la stabilité structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes du sol

Les activités anthropiques impactent fortement la diversité des communautés microbiennes du sol. La question se pose de savoir dans quelle mesure ces modifications de diversité peuvent remettre en cause la capacité des sols à assurer les services dont dépendent les sociétés humaines. Pour répondre à cette question, une meilleure compréhension de la relation diversité-stabilité-fonction est indispensable. En 1999, Yachi et Loreau développent le concept d'assurance écologique selon laquelle une forte diversité d'espèces dans un écosystème permet une meilleure stabilité de son fonctionnement. Cette relation a largement été étudié chez les végétaux mais reste encore inconnue chez les microorgan…

Translation of metagenomics agroecosystems in ecological services

National audience

Utilization of microbial abundance and diversity as indicators of the origin of soil aggregates produced by earthworms

This study aimed at testing the capability of microbial community structure and abundance to be used as bioindicators of the origin of earthworm cast aggregates. Compact surface casts produced by Amynthas khami and surrounding aggregates lacking visible signs of biological activity (control) were left to disaggregate by natural rainfall and separated into four size classes (5-2, 2-0.5, 0.5-0.25 and <0.25 mm). The genetic structure and the abundance of the bacterial and fungal communities were characterized using B- and F-ARISA fingerprinting approach and quantitative PCR directly from DNA extracted from soil. Bacteria and to a lesser extent fungi were more abundant in casts than in control …

Identification des fonctions microbiennes associées à la dégradation du soufre organique dans les sols par une approche de métaprotéomique

National audience

GnS-PIPE: an optimized bionformatic pipeline to efficiently assess microbial taxonomic diversity of complex environments using high throughput sequencing technologies

International audience; The rRNA genes (16S, 18S, ITS) are widely used to study microbial communities in soils, as they can be easily amplified from metagenomic DNA. Moreover, the recent development of high-throughput sequencing technologies allows the assessment of millions of sequences from a single metagenomic DNA. Some pipelines are already available (e.g. QIIME or Mothur) to efficiently treat such data. However, the development of bioinformatic tools must now be validated by various biological tests. This was particularly true for key steps to appraise microbial diversity and richness. Here, we present a new pipeline named GnS-PIPE, a software application performing bacterial, archaeal…

Contamination of soil by copper affects the dynamics, diversity, and activity of soil bacterial communities involved in wheat decomposition and carbon storage.

ABSTRACT A soil microcosm experiment was conducted to evaluate the influence of copper contamination on the dynamics and diversity of bacterial communities actively involved in wheat residue decomposition. In the presence of copper, a higher level of CO 2 release was observed, which did not arise from greater wheat decomposition but from a higher level of stimulation of soil organic matter mineralization (known as the priming effect). Such functional modifications may be related to significant modifications in the diversity of active bacterial populations characterized using the DNA stable-isotope probing approach.

Application de la métaprotéomique microbienne aux sols et l’eau

Apport de l'isotopie couplée aux outils de biologie moléculaire (DNA/RNA-SIP) pour caractériser la dynamique des communautés impliquées dans la dégradation de résidus de blé et la minéralisation des matières organiques du sol

Role of plant residues in determining temporal patterns of the activity, size and structure of nitrate reducer communities in soil

ABSTRACT The incorporation of plant residues into soil not only represents an opportunity to limit soil organic matter depletion resulting from cultivation but also provides a valuable source of nutrients such as nitrogen. However, the consequences of plant residue addition on soil microbial communities involved in biochemical cycles other than the carbon cycle are poorly understood. In this study, we investigated the responses of one N-cycling microbial community, the nitrate reducers, to wheat, rape, and alfalfa residues for 11 months after incorporation into soil in a field experiment. A 20- to 27-fold increase in potential nitrate reduction activity was observed for residue-amended plot…

Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises

aeres : C-ACTN; National audience; no abstract

Impact assessment of irrigation by treated wastewater on soil bacterial genetic structure diversity of Nabeul-Tunisia irrigated areas

Affiche, résumé. Session AS: Agricullural Soils: Biodiverslly and Functloning; International audience

The significance of soil algae and cyanobacteria in agricultural soils, as a model of soil microbial communities, for the pesticide risk assessment

The significance of soil algae and cyanobacteria in agricultural soils, as a model of soil microbial communities, for the pesticide risk assessment. 7ème Conference on Pesticide Behaviour in Soils, Water and Air

Animation scientifique et technique sur "La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental"

INRA EA BIOmEINRAEABIOmE; Dans une société où il devient urgent de réduire l’empreinte environnementale des activités humaines, l’établissement d’un diagnostic fiable de la qualité des divers écosystèmes (terrestres, aquatiques, atmosphériques) est une priorité absolue. Les microorganismes, de par leur petite taille, leur énorme diversité taxonomique et fonctionnelle, leurs capacités d’adaptations aux perturbations et leur forte implication dans les cycles biogéochimiques sont des candidats incontournables pour élaborer ce diagnostic

Les besoins opérationnels et les premiers retours d’expérience d’utilisateurs (animation de table-ronde)

National audience

Exposition grand public : "Nature Incognito, la face cachée des villes", Jardin des Sciences, Dijon, France, 5 avril au 17 novembre 2019

Une expo dédiée à la biodiversité en ville.Du 5 avril au 17 novembre 2019, le Jardin des Sciences de Dijon accueille l’exposition "Nature Incognito, la face cachée des villes". La séquence dédiée à la biodiversité des sols urbains a bénéficié de l’expertise scientifique de Pierre-Alain Maron (UMR Agroécologie).La ville y est évoquée en tant que milieu "naturel", avec ses caractéristiques propres, la diversité des espèces qui y vivent, les adaptations au milieu urbain, etc. à partir d'études précises sur la faune et la flore menées dans les agglomérations. Immeubles, trottoirs, parcs et jardins... Venez découvrir une vie grouillante constituée de millions d’espèces sauvages, animales ou végé…

Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

EA SPE BIOME GENOSOL UB UB Agrosup EA SPE BIOME GENOSOL UB UB AgrosupEASPEBIOMEGENOSOLUB UB Agrosup; Even though recent studies have clarified the influence of environmental filters on bacterial community diversity, those constraining bacterial populations variations remain unclear. In consequence, our ability to understand the ecological attributes of soil bacteria and to predict microbial community response to environmental stress is therefore limited. Here, we characterized the bacterial community composition and the various bacterial taxonomic groups constituting the community across the French country, by using a 16x16 km systematic grid representing 1825 sites to precisely decipher th…

Le semis direct sous couverture végétale favorise les microbes du sol

Les pratiques agricoles modifient les propriétés physiques et chimiques des sols, qui à leur tour peuvent affecter les micro-organismes qui y vivent avec des conséquences sur le fonctionnement biologique et la qualité de ces sols. Nous connaissons cependant peu de choses sur les interactions entre les pratiques agricoles, les propriétés physico-chimiques et les communautés microbiennes des sols. Peu d'études ont notamment été conduites dans les savanes herbacées des zones tropicales, fortement acides et lessivées, alors que ces espaces représentent des réservoirs importants de terres agricoles, aujourd’hui peu mis en valeur, alors qu’ils pourraient répondre, dans de bonnes conditions d’expl…

Lasting effect of solid waste composts on soil microbial communities

EABIOME; Lasting effect of solid waste composts on soil microbial communities. 16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16

Diversité et dynamique des communautés microbiennes impliquées dans la dégradation des résidus de culture : influence du type de résidu et des pratiques agricoles

National audience

Qu’attendre des recherches en microbiologie du sol ?

SPE EA EcolDur GenoSol MERS IPM Résumé du livre : La fertilité des sols est au carrefour des enjeux de sécurité alimentaire, de protection de l’environnement et de rentabilité économique de l’activité agricole. Cet ouvrage présente les résultats d’une réflexion prospective sur le contexte de la fertilisation dans les 5-10 ans à venir. Il définit les besoins en termes de méthodes et d'outils pour la gestion des cycles biogéochimiques et le raisonnement de la fertilisation en agriculture. Mots clés du livre : agriculture - agronomie - eau - effluent - engrais - environnement - fertilisation - pollution - prévention - production végétale - prospective - sol Description du chapitre 10 (partie 3…

Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France

EA SPE BIOME GENOSOLEASPEBIOMEGENOSOL; Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France. 16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16

GnS-PIPE: an optimized bionformatic pipeline to efficiently assess microbial taxonomic diversity of complex environments using high throughput sequencing technologies

International audience; The rRNA genes (16S, 18S, ITS) are widely used to study microbial communities in soils, as they can be easily amplified from metagenomic DNA. Moreover, the recent development of high-throughput sequencing technologies allows the assessment of millions of sequences from a single metagenomic DNA. Some pipelines are already available (e.g. QIIME or Mothur) to efficiently treat such data. However, the development of bioinformatic tools must now be validated by various biological tests. This was particularly true for key steps to appraise microbial diversity and richness. Here, we present a new pipeline named GnS-PIPE, a software application performing bacterial, archaeal…

Insolite : la nuit, ils carottent les sols des couloirs de tram

National audience; L’opération a duré de 23 heures à 2 h 30, dans la nuit de mercredi à jeudi. Des chercheurs de l’Institut national de recherches agronomiques de Dijon ont prélevé des sols pour analyser et découvrir les organismes qu’ils abritent. Le référentiel, en cours d’élaboration, est une première à l’échelle européenne.

Relation entre mode d’usage agronomique, diversité microbienne et turn-over des matières organiques dans le sol

Affiche, résumé; International audience

Organic waste effect in VOCs soil emissions

International audience

Ecomic - RMQs : Cartographie de la diversité microbienne des sols à l'échelle de la France

aeres : C-AFF; National audience; no abstract

Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil

National audience; Microbial communities have a central role in ecosystem processes by driving the Earth’s biogeochemical cycles. However, the importance of microbial diversity for ecosystem functioning is still debated. Here, we experimentally manipulated the soil microbial community using a dilution approach to analyze the functional consequences of diversity loss. A trait-centered approach was embraced using the denitrifiers as model guild due to their role in nitrogen cycling, a major ecosystem service. How various diversity metrics related to richness, eveness and phylogenetic diversity of the soil denitrifier community were affected by the removal experiment was assessed by 454 sequen…

How do drought and rain events impact soil microbial communities greenhouse gas production?

Affiche, résumé. Session GC: Microbes in the Changing Environmenl: Global Climate Change and Soil under Human Impact; International audience

Communautés microbiennes sur les toits végétalisés parisiens

National audience

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

International audience; Soil microbial communities play an important role in soil carbon functioning, particularly in forest ecosystems. Their variation in response to climate change may affect soil carbon processes, highlighting the importance of understanding how environmental factors affect microbial communities. This study aimed to determine to what extent an increase in the quantity of fresh litter may affect heterotrophic mineralization of organic carbon and bacterial community structure in soil and litter. A litter manipulation experiment was performed in situ in a temperate deciduous forest. Three treatments of fresh litter inputs were considered: litter exclusion, natural condition…

Modèles prédictifs de l'abondance et de la diversité microbienne tellurique

Le sol représente avant tout pour l’homme un support de construction et de production agricole. Sa surexploitation depuis le développement de l’agriculture intensive et de l’industrialisation a menée à une érosion significative de sa biodiversité microbienne et par la même des fonctions et services remplis par cette biodiversité. Dans ce contexte, il devient donc urgent de fournir aux utilisateurs des sols les moyens d’évaluer l’état microbiologique de leur support de production et l’impact des pratiques associées (agricoles, industriels). Toutefois, face à la demande croissante des utilisateurs des sols pour caractériser l’état biologique de leur milieu de production il devient urgent d’am…

Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national

aeres : C-COM; National audience; no abstract

Towards a more explicit representation of soil microbial community in sol carbon and nitrogen models: a review

International audience

Influence de la qualité biochimique des résidus végétaux sur les processus de minéralisation et les communautés bactériennes impliquées

On the need to establish an international soil modelling consortium

La microbiologie moléculaire environnementale : historique, limites et potentialités

prod 2017-237c INRA EA BIOmE; Résumé de la brochure : Dans une société où il devient urgent de réduire l'empreinte environnementale des activités humaines, la première étape est de pouvoir faire un diagnostic de la qualité de notre environnement et des différentes matrices le constituant (eau, sol, atmosphère, déchets). Les microorganismes, de par leur petite taille, leur énorme diversité taxonomique et génétique, leur réactivité aux perturbations ainsi que par leur forte implication dans les cycles biogéochimiques gérant les flux de matière et d'énergie, sont des candidats incontournables pour élaborer ce diagnostic. Ceci est d'autant plus vrai que depuis une vingtaine d'années les fortes …

The Soil Virtuel modeling platform

National audience

Protein and DNA fingerprinting of a soil bacterial community inoculated into three different sterile soils

The functional and genetic structures of a soil bacterial community were characterized after inoculation into three different sterile soils using a protein and DNA fingerprinting method, respectively. Principal component analysis (PCA) of profiles revealed that, depending on soil characteristics, bacterial communities with similar genetic structures harbored different functional structures and thus could potentially be of differing ecological significance for soil functioning. Co-inertia analysis between protein fingerprinting data and the corresponding sets of soil physicochemical characteristics demonstrated the correlation between the functional structure of the bacterial community and s…

Agro-Eco Sol, un outil de diagnostic des fonctions du sol basé sur des bioindicateurs ; structure et règles générales d’interprétation

National audience