Search results for "Séquençage"
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Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes riboso…
2013
Depuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol (bactériennes et fongiques) sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN (commerciales ou non) des sols sont disponibles et utilisées. Il est cependant difficile de comparer les résultats d’études ayant utilisés différents protocoles d’extraction. L’emploi d’une méthode d’extraction standardisée est donc devenu indispensable pour comparer les résultats de différents laboratoires, comme la norme “ISO-11063: Soil quality – Method to directly extract DNA from soil” développé…
Identification et développement de marqueurs microsatellites polymorphes chez Tuber aestivum (syn. uncinatum) par une approche de pyroséquençage
2012
Evolution de la résistance aux herbicides chez l’Ambroisie (Ambrosia artemisiifolia) : recherche des déterminismes génétiques et application au diagn…
2019
National audience; Ce projet de thèse considère une plante adventice particulièrement problématique : l’Ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia), une espèce impactant à la fois la production agricole et la santé publique (pollen très allergisant et allergénique). Les inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS), une famille d’herbicides, représentent aujourd’hui le levier le plus efficace pour le contrôle de cette adventice dans les parcelles agricoles. Cependant, des résistances à ces herbicides ont été identifiées chez l’Ambroisie, entrainant des échecs de traitements. Les données disponibles montrent la présence de résistance liée à la cible (mutations structurales de l’A…
Optimisation du pyroséquençage haut-débit pour caractériser la diversité taxonomique des communautés bactériennes des sols
2011
Affiche, résumé; International audience; La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime entre 100 000 et 1 000 000 d’espèces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Toutefois, d’importantes avancées en biologie moléculaire, comme le développement du pyroséquençage, ont permis d'obtenir plusieurs centaines de milliers de séquences à partir d’un ADN méta-génomique. Ces nouveaux développements permettent maintenant de caractériser la diversité des communautés microbiennes du sol en se basant sur un marqueur phylogénétique comme l'ADNr 16S, aussi appelée MetaTaxogénomique (Maron et coll., 2011). Toutefois, dans un contexte ou l’écologie microbienne du sol commence à s’a…
Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol
2014
EA SPE GenoSol EcolDur; National audience; Les microorganismes (bactéries, archées et champignons) sont les organismes les plus abondants et les plus diversifiés de la matrice sol. Ils représentent un réservoir encore largement méconnu et presque infini de ressources génétiques, fortement impliqué dans le fonctionnement biologique du sol et plus largement dans la plupart des services écosystémiques fournis par ce sol. Malgré ce rôle central dans le fonctionnement des écosystèmes, nos connaissances sur la diversité génétique, taxonomique et fonctionnelle de ces microorganismes restent limitées à ce jour. Ceci s’explique essentiellement par des difficultés techniques pour accéder à ces organi…
Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols
2013
Le sol, après avoir longtemps été considéré comme un support de construction et de production, est maintenant légitimé comme un des derniers remparts pour la biodiversité terrestre. Parmi les organismes indigènes du sol, les microorganismes et notamment les bactéries sont les plus abondants et diversifiés avec plusieurs milliards d’individus représentant plusieurs millions d’espèces différentes par gramme de sol. De plus, ces microorganismes ont un rôle dans les cycles biogéochimiques des éléments majeurs (C, N, P…) et donc dans les services écosystèmiques que peut rendre le sol (recyclage éléments minéraux, qualité de l’atmosphère et de l’eau, production primaire…). Par conséquent, afin d’…
Caractérisation moléculaire des populations microbiennes des sols de la réserve de Sancy par extraction d'ADN et PCR quantitative
2014
Rapport de stage de 2ème année de BTS EA (Plateforme) SPE (Mélanie) GenoSol
Évolution de la résistance aux herbicides chez l’Ambroisie (Ambrosia artemisiifolia) : recherche des déterminismes génétiques et application au diagn…
2021
National audience; L’ambroisie à feuilles d’armoise impacte à la fois la production agricole (plante adventice) etla santé publique (pollen allergisant et allergénique). Les inhibiteurs de l’acétolactate synthase(ALS), une famille d’herbicides, représentent aujourd’hui le levier le plus efficace pour lacontrôler. Cependant, des résistances à ces herbicides ont été identifiées chez l’ambroisie,entrainant des échecs de traitements. Les données disponibles montrent la présence derésistance liée à la cible (RLC, mutations structurales de l’ALS), mais l’essentiel de larésistance est lié à des mécanismes non liés à la cible (RNLC, modifications de la régulation oudes effecteurs du métabolisme sec…
Evaluation de l’homogénéité de mélanges de produits PCR destinés au séquençage massif
2018
Ce stage avait pour but d’évaluer d’où vient le déséquilibre équimolaire retrouvé après séquençage de librairies de type amplicons 18s et de trouver une solution pour mieux équilibrer les mélanges. Trois hypothèses ont été émises et testées à l’aide de différents kits de purification de produits PCR et plusieurs méthodes de dosage de produits.
Augmentation de la capacité de multiplexage d'amplicons destinés au séquençage Illumina. mémoire de stage BTS 1ère année en Bio-Analyses et Contrôles
2018
Ce stage avait pour but de valider des nouveaux MID (Multiplex Identifier) pour la réalisation des analyses de séquençage sur amplicons issus d’ADN de sol pour les gènes ARNr 16S et 18S. La validation de MID est stratégique et financière pour mieux exploiter la profondeur de séquençage fournie par la technologie Illumina. Il s’agit de valider des combinaisons de MID n’ayant pas d’impact sur le résultat en terme de diversité microbienne. Pour ce faire, toutes les combinaisons de MIDs seront envoyées accrochées à un seul échantillon unique.