Search results for "Sekvencēšana"
showing 7 items of 7 documents
Amoksicilīna un klaritromicīna kombinētās terapijas ilgtermiņa ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu
2018
Helicobacter pylori ir viens no pirmajiem identificētajiem bakteriālajiem karcinogēniem un Eiropas medicīnas pārstāvju izstrādātās vadlīnijas iekļauj eradikācijas shēmu, kurā ietilpst kombinēta plaša spektra antibiotiku pielietošana. Antibakteriālā terapija, it īpaši plaša spektra antibiotiku pielietošana rada risku īstermiņa un ilgtermiņa zarnu trakta mikrobioma disbiozes attīstībai. Maģistra darba mērķis bija noskaidrot Helicobacter pylori kombinētās antibakteriālās terapijas izraisītās ilgtermiņa izmaiņas zarnu trakta mikrobiomā. Pētījuma gaitā tika veikta 45 pacientu 16s rRNS amplikonu analīze, salīdzinot pirms un pēc terapijas iegūtos fēču paraugus. Ilgtermiņa antibakteriālās terapijas…
Metodes un programmatūra genoma datu analīzei
2017
Maģistra darba tēma “Metodes un programmatūra genoma datu analīzei” Maģistra darbā apkopota informācija par nozīmīgākajām genoma datu analīzes metodēm. Izpētītas praksē biežāk lietotās metodes SNP (single nucleotide polymorphisms) identifikācijai jaunās paaudzes sekvencēšanas (NGS) datos, pieejamā programmatūra, kurā šīs metodes ir implementētas, un veiktas dažādu metožu un programmu darbības salīdzināšana uz simulētām NGS datu kopām. Salīdzinātas programmas genoma datu analīzei - GemSIM, Bowtie2, Samtools, Bfctools, Gatk. Iegūtie rezultāti pārbaudīti ar un salīdzināti ar simulētām datu kopām. Darbā aprakstīta četru genotipēšanas algoritmu darbība: GenoSNP, Illuminus, CRLMM, un GenCall. Tie…
Farmaceitisko vielu ekotoksiskuma riska novērtējums uz mikroorganismiem notekūdeņos
2017
Vides piesārņojums ar AFV šobrīd ir aktuāla problēma un ir nepieciešamas zināšanas par iespējamajām šī piesārņojuma sekām. Darba mērķis bija pētīt baktēriju P.fluorescens AM 11 un M.luteus fizioloģiskās atbildes reakciju uz dažādu farmaceitisko vielu klātbūtni, kā arī novērtēt kā paaugstinātas ibuprofēna koncentrācijas ietekmē aktīvo dūņu baktēriju sabiedrības daudzveidību un antibiotiku rezistences veidošanos. Antibiotika ciprofloksacīns uzrāda visspēcīgāko inhibējošo efektu uz P.fluorescens AM 11 un M.luteus baktēriju kultūrām periodiskā kultūrā mikroplatēs. Augstas ibuprofēna koncentrācijas aktīvajāss dūņās veicina Sphingomonadales un Enterobacteriales kārtas baktēriju attīstību un uzrād…
Specifisku aptamēru atlasīšana izmantojot šūnu - SELEX metodi
2018
Aptamēri pēdējo gadu laikā ir ieguvuši augstāku uzmanību, jo to specifisko saistīšanos pie mērķa var izmantot dažādu slimību diagnostikā un terapijā. Nieru karcinomas ārstēšanas terapijā izmantotie līdzekļi ir toksiski pacientam un nav pietiekami efektīvi. Aizvien vairāk tiek meklētas jaunas pieejas terapijai. Šajā pētījumā izmantojām aptamērus, tos atlasot pret nieru karcinomas šūnām, ar šūnu-SELEX metodi. Pēc 11 atlases cikliem tika veikta aptamēru sekvencēšana, izmantojot otrās paaudzes sekvencēšanu, un iegūto datu analīze. Pēc datu analīzes varēja novērot 15 unikālas aptamēru sekvences, kas specifiski saistās tikai pie RCC-MF šūnām un 4 sekvences, kas saistās ar RC-124 un RCC-MF šūnām, …
"15 Latvijas pilsētu notekūdeņu metagenoma taksonomiskais un funkcionālais raksturojums"
2021
Neattīrīti notekūdeņi ir ķīmiski un bioloģiski kompleksa vide, taču tā mikrobioloģiskais sastāvs līdz šim ir maz pētīts. Izmantojot šobrīd pieejamās sekvencēšanas un bioinformātikas tehnoloģijas, ir iespējams raksturot notekūdeņu mikroorganismu kopienas sastāvu dažādos līmeņos. Bakalaura darba mērķis bija taksonomiski un funkcionāli raksturot 15 Latvijas pilsētu notekūdeņu metagenomus. DNS tika izdalīta no neattīrītu, 24 h periodā ievāktu koncentrētu notekūdeņu paraugiem, un tai, izmantojot lielapjoma paralēlo sekvencēšanu, tika veikta visa metagenoma analīze. Datu analīzes rezultātā tika noskaidrots, ka pilsētu notekūdeņu metagenomos ir saskatāmas līdzības sugu, ģints, tipa un gēnu līmeņos…
Metiljasmonāta ietekme uz Pinus sylvestris L. gēnu ekspresijas profilu
2016
Šajā pētījumā noskaidrojām metiljasmonāta ietekmi uz parastās priedes gēnu ekspresijas profilu ar mērķi pārbaudīt tā potenciālu inducētas rezistences veidošanā. Divgadīgus viena klona parastās priedes stādus apstrādājām ar 10 mM metiljasmonāta un pēc divām nedēļām ievācām skuju paraugus. No iegūtajiem paraugiem izdalījām RNS un veicām nāk paaudzes sekvencēšanu ar Ion Torrent PGM platformu, kā arī RT-PCR ekspresijas pārbaudi atsevišķiem gēniem. Sekvencēšanā iegūtos datus analizējām ar RNA-Seq iegūstot paraugos ekspresēto gēnu profilu. Šos rezultātus apkopojām, veidojot gēnu tīklu un iegūstot funkcionalitātes anotācijas. Noskaidrojām, ka apstrāde novirza metabolisma orientāciju no augšanas un…
Hormonus nesekretējošo hipofīzes neiroendokrīno audzēju klasifikācijas izstrāde, izmantojot transkriptomu de novo pielīdzināšanu un datu dimensiju re…
2021
Īso nolasījumu RNS sekvencēšana ir metode, kuru bieži pielieto diferenciāli ekspresēto gēnu noteikšanai. Hipofīzes neiroendokrīnie audzēji jeb PitNET ir galvenokārt labdabīgi audzēji ar dažādu molekulāro izcelsmi un klīniskajā izpausmēm. Līdz šim noteiktas vairākas somatiskās mutācijas (GNAS, USP48, BRAF, USP8) un dažas pārmantojamās (AIP, MEN1, PRKAR1A, GPR101), kas asociētas PitNET veidošanos dažādos klīniskajos kontekstus, taču rezultātus bieži neizdodas replicēt dažādās it kā fenotipiski līdzīgās paraugkopās, kas varētu būt saistīts ar sarežģīto PitNET klasifikāciju. Darbā izmantoti 58 hormonus nesekretējošu PitNET paraugi, kuru RNS sekvencēšanas nolasījumi iegūti no Valsts Iedzīvotāju …