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Transcriptome analysis of the Populus trichocarpa–Rhizophagus irregularis Mycorrhizal Symbiosis: Regulation of Plant and Fungal Transportomes under N…
2017
Nutrient transfer is a key feature of the arbuscular mycorrhizal (AM) symbiosis. Valuable mineral nutrients are transferred from the AM fungus to the plant, increasing its fitness and productivity, and, in exchange, the AM fungus receives carbohydrates as an energy source from the plant. Here, we analyzed the transcriptome of the Populus trichocarpa-Rhizophagus irregularis symbiosis using RNA-sequencing of non-mycorrhizal or mycorrhizal fine roots, with a focus on the effect of nitrogen (N) starvation. In R. irregularis, we identified 1,015 differentially expressed genes, whereby N starvation led to a general induction of gene expression. Genes of the functional classes of cell growth, memb…
Spatial monitoring of gene activity in extraradical and intraradical developmental stages of arbuscular mycorrhizal fungi by direct fluorescent in si…
2008
International audience; Gene expression profiling based on tissue extracts gives only limited information about genes associated with complex developmental processes such as those implicated in fungal interactions with plant roots during arbuscular mycorrhiza development and function. To overcome this drawback, a direct fluorescent in situ RT-PCR methodology was developed for spatial mapping of gene expression in different presymbiotic and symbiotic structures of an arbuscular mycorrhizal fungus. Transcript detection was optimized by targeting the LSU rRNA gene of Glomus intraradices and monitoring expression of a stearoyl-CoA-desaturase gene that is consistently expressed at high levels in…
Regional-scale analysis of arbuscular mycorrhizal fungi: the case of Burgundy vineyards
2016
SPE IPM INRA UB; Aim : To improve knowledge of arbuscular fungal communities for a sustainable management in vineyards. Methods and results : In 16 plots across Burgundy under contrasted soil properties and agricultural practices, we assessed arbuscular mycorrhizal fungal (AMF) diversity in vine roots, using pyrosequencing of ribosomal Internal Transcribed Spacers (ITS). AMF sequences could be retrieved from all plots across Burgundy, both in organic and in conventional vineyards with high chemical inputs. Sequences from the survey were almost exclusively affiliated to molecular taxa in the Glomerales, including six “core species” found in all plots, corresponding to 77% of all sequences, s…
Influence du court noué sur la diversité fonctionnelle des champignons mycorhiziens à arbuscules dans des racines et du sol de vigne
2022
Le court-noué (CN) correspond à un dépérissement infectieux (népovirus) qui apparaît par taches au sein des parcelles. Cette maladie entraîne une dégénérescence progressive de la vigne qui conduit in fine à la mort des ceps. A l’heure actuelle, environ 60% du vignoble national serait touché, dont 30% de façon importante. Seize népovirus sont responsables de dégénérescence ou de dépérissement de la vigne. Cependant, le Grapevine FanLeaf Virus (GFLV) est le principal agent responsable. Il est transmis spécifiquement de plante à plante par un nématode ectoparasite du sol, Xiphinema index. Les nématodes, en piquant successivement deux ceps voisins dont les racines sont proches, inoculent le vir…
Evaluation of viticultural practices on arbuscular mycorrhizal fungi associated with grapevine
2021
Arbuscular mycorrhiza, a mutualistic symbiosis established between plants and arbuscular mycorrhizal fungi (AMF), provides many ecosystem services such as improved soil structure, increased plant growth and nutrition, and improved tolerance to biotic and abiotic stresses. However, intensive agricultural practices and the use of phytosanitary products as for example herbicide and fungicides, have a strong impact on communities of soil microorganisms, including arbuscular mycorrhizal fungi, as well as on biological mechanisms within the ecosystem. This thesis wotk is part of the European Biovine project supported by the European Commission through the CORE Organic Cofund. The aim of this rese…
Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study
2012
Arbuscular mycorrhizas (AM) are widespread symbiotic associations between plant roots and AM fungi. Deep membrane alterations are the foremost morphological changes occurring in the host plant in response to AM symbiosis. Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) is the workhorse method in AM proteomics. Membrane proteins are under-represented in 2-DE because of their hydrophobicity, low abundance, and precipitation at their isoelectric point, thereby few are the identified membrane proteins involved in sustaining the AM symbiosis. Membrane proteomics is still challenging due to 2-DE related shortcomings, however latest trends and advancements in mass spectrometry (MS)-based quantitative p…
Influence of type III bacterial secretion system on the interactions between plant and non pathogenic fluorescent Pseudomonads spp.
2010
No abstract
Influence of type III bacterial secretion system on the interactions between plant and non pathogenic fluorescent Pseudomonads spp.
2010
No abstract
Les couverts végétaux. Un atout majeur pour réduire les intrants de synthèse et augmenter les services écosystémiques au vignoble
2020
International audience; De manière générale, un couvert végétal se définit par une espèce ou une communauté d’espèces végétales recouvrant le sol de manière permanente ou temporaire. L’agriculteur a la possibilité de semer ces couverts, selon un choix raisonné, ou bien de laisser la végétation spontanée se développer. Il existe 3 types de couverts semés avec des objectifs différents pour l’exploitant : le couvert hivernal, installé pour faire face au phénomène d’érosion du sol important pendant cette période de repos végétatif ; les engrais verts, installés avec l’objectif d’amender naturellement la parcelle, en détruisant et en enfouissant les résidus du couvert qui libèrent ainsi de la ma…
Les couverts végétaux. Partie 1/2 : Une pratique agroécologique au service de la vigne
2021
National audience; Les couverts végétaux sont couramment utilisés en tant que cultures intermédiaires, intégrant pleinement les plans de rotation en tant qu’interculture des cultures annuelles (ex. : céréales) et en tant que cultures intercalaires dans le cadre des cultures pérennes (ex. : vergers, vigne). Ce type de culture a fait l’objet de dénominations différentes au cours des dernières décennies comme « engrais vert », en référence à sa contribution à la fertilité des sols, ou « CIPAN » (Culture intermédiaire piège à nitrate) , et dernièrement « CIMS » (Cultures intermédiaires/intercalaires multiservices) (Justes et Richard, 2017). Les plantes de couvert sont cultivées, non pas dans un…