Search results for "genotipēšana"
showing 4 items of 4 documents
Latvijas teritorijā sastopamās Q-drudža ierosinātājas baktērijas Coxiella burnetii genotipu noteikšana slaucamo govju saimniecībās
2020
Coxiella burnetii ir obligāta intracelulāra Coxiellaceae dzimtas baktērija, kas spēj izraisīt Q drudža slimību. Izplatīta visā pasaulē, iekļauta obligāti ziņojamo slimību sarakstā 25 Eiropas Savienības dalībvalstīs. Darba mērķis ir noteikt Latvijas teritorijā sastopamās Q-drudža ierosinātājas baktērijas Coxiella burnetii genotipus un to izplatību slaucamo govju saimniecībās. Maģistra darbs izstrādāts projekta “Zoonozes Q-drudža ietekme uz slaucamo govju reprodukciju un risinājumi slimības sastopamības samazināšanai un dzīvnieku ilgtspējīgai izmantošanai” ietvaros, Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskajā institūtā “BIOR”. Darba ietvaros veikts visaptverošs projektā iegūt…
Metodes un programmatūra genoma datu analīzei
2017
Maģistra darba tēma “Metodes un programmatūra genoma datu analīzei” Maģistra darbā apkopota informācija par nozīmīgākajām genoma datu analīzes metodēm. Izpētītas praksē biežāk lietotās metodes SNP (single nucleotide polymorphisms) identifikācijai jaunās paaudzes sekvencēšanas (NGS) datos, pieejamā programmatūra, kurā šīs metodes ir implementētas, un veiktas dažādu metožu un programmu darbības salīdzināšana uz simulētām NGS datu kopām. Salīdzinātas programmas genoma datu analīzei - GemSIM, Bowtie2, Samtools, Bfctools, Gatk. Iegūtie rezultāti pārbaudīti ar un salīdzināti ar simulētām datu kopām. Darbā aprakstīta četru genotipēšanas algoritmu darbība: GenoSNP, Illuminus, CRLMM, un GenCall. Tie…
MODY ģenētisko riska faktoru analīze Latvijas populācijā
2019
MODY sastāda 1-5 % no visiem cukura diabēta gadījumiem, taču diagnoze nereti tiek uzstādīta kļūdaini. Izmantojot uz NGS balstītu MODY gēnu sekvencēšanu, patogēnus alēliskos variantus identificēja 21 no 78 testētajiem, MODY fenotipam atbilstošiem pacientiem. Identificētie varianti atbilst MODY2/GCK (n=15), MODY3/HNF1α (n=5) un MODY8/CEL (n=1) tipiem, turklāt patogēno variantu pārmantošana tika apstiprināta septiņās ģimenēs. MODY kandidātgēnu lokusu analīze atklāja 22 biežo variantu asociāciju ar 2. tipa cukura diabēta attīstību, 201 varianta saistību ar 2. tipa cukura diabēta saslimšanas vecumu, 17 variantu saistību ar 1. tipa cukura diabēta saslimšanas vecumu un 41 varianta saistību ar 1. t…
Staphylococcus epidermidis virulences faktori un epidemioloģiskā nozīme
2016
Staphylococcus epidermidis svarīgākais virule nces faktors ir biofilmas veidošana. Lai diferencētu komensālos celmus no kolonizējošiem un invazīviem celmiem, pētījumā tika izmantotas fenotipiskās metodes, nosakot biofilmas veidošanu, antibiogrammu, un molekulārās bioloģijas metodes, nosakot virulences gēnus aap / ica A un mec A. Rezultāti liecina, ka biofilmu veidošana raksturīga klīniskajiem celmiem, statistiski ticami biežāk gēni aap/ica A bija noteikti klīniskajos S.epidermidis celmos, tie vis biežāk bija rezistenti pret meticilīnu (97,8%). S.epidermidis tipēšanai pirmo reizi tika pielietota MLST (multilokusu sekvenču tipēšana) metode. Pētījuma rezultāti ļauj secināt par S.epidermidis ge…