Search results for "iPBS"
showing 10 items of 13 documents
Genetic Structure of the Limecola Balthica Population in the Gulf of Riga, Baltic Sea
2020
Abstract Samples of Limecola balthica with normal and deformed shells were collected from ten sites throughout the Gulf of Riga. Genetic diversity was evaluated by the retrotransposon-based iPBS method. Samples had close mutual genetic distances, which showed that all of them belong to one wider population of the Gulf of Rīga. No direct relationship between the activity of retrotransposons and deformation of shells was found.
Baltā āboliņa Trifolium repens L. ģenētiskās daudzveidības noteikšana Eiropas populācijās
2017
Maģistra darba mērķis ir baltā āboliņa (Trifolium repens L.) ģenētiskās daudzveidības izpēte Eiropas populācijās, izmantojot iPBS (inter primer binding site) metodi un plūsmas citometrijas metodi (nosakot relatīvo kodola DNS daudzumu lapās). Iegūtie rezultāti salīdzināti starp 176 baltā āboliņa lapu paraugiem 6 dažādās populācijās - Latvijas, Polijas, Čehijas, Austrijas, Šveices un Grieķijas. Ģenētiskā līdzība starp populācijām ir salīdzinoši augsta, tā ir robežās no 86% līdz 97%, kas norāda uz dažādu Eiropas populāciju savstarpēju līdzību un zināmām ģenētiskām atšķirībām starp tām, kas skaidrojams ar ārējas vides ietekmēm katras populācijas izplatības arealā. Relatīvā kodola DNS daudzuma v…
Augu audu kultūru izmantošana retās piekrastes sugas Eryngium maritimum bioloģijas pētījumos
2022
Jūrmalas zilpodze (Eryngium maritimum L.) ir Latvijā reti sastopama un apdraudēta augu suga. Pēdējās desmitgadēs sugas izplatības areāla ziemeļaustrumu daļā zilpodzes indivīdu skaits un izplatība ir samazinājies. Par galveno iemeslu tam uzskata problēmas ar ģeneratīvo vairošanos. Ar anatomiskās izpētes palīdzību secināja, ka zilpodzes saknes satur veģetatīvās vairošanās struktūras. Audu kultūru eksperimentos noskaidroja, ka zilpodzes sakņu ievadīšanai piemērotākā apstrāde ir ar HgCl2, bet zilpodzes pavairošanai un apsakņošanai piemērotākā ir Murashige & Skoog barotnes modifikācija ar pievienotu 6-benzilaminopurīnu. Lai pārliecinātos par audu kultūrā ilgstoši uzglabāta zilpodzes materiāla ģe…
Ložņu āboliņa (Trifolium repens L.) Eiropas populāciju ģenētiskās daudzveidības salīdzinājums
2021
Ložņu āboliņam ir plašs izplatības areāls – no arktiskiem reģioniem līdz augstkalnu (6000 m) reģioniem. Tas ir plaši izplatīts arī vietās ar augstu vides piesārņojuma līmeni. Maģistra darba mērķis ir noteikt ložņu āboliņa Eiropas populāciju ģenētisko daudzveidību atkarībā no dažādiem augšanas apstākļiem. Ģenētiskās daudzveidības noteikšanai tika izmantota iPBS metode un izstrādāta metode UV-B starojuma izraisītas retrotranspozonu pārvietošanās noteikšanai. Rezultāti liecina, ka analizētā Eiropas populācija iedalās divos lielos klāsteros, atsevišķi izdaloties augstkalnu apgabalam. Secināts, ka augstkalnu reģionos izplatītās populācijas ģenētiski ir atšķirīgas no zemienēs izplatītājām. Analiz…
Ložņu āboliņa (Trifolium repens L.) Karpatu kalnu un Latvijas populāciju ģenētiskās daudzveidības salīdzinājums
2019
Sandra Dombrovska (2019): Ložņu āboliņa (Trifolium repens L.) Karpatu kalnu un Latvijas populāciju ģenētiskās daudzveidības salīdzinājums. Ložņu āboliņš (Trifolium repens L.) ir viens no plaši izmantotajiem lopbarības augiem visā pasaulē. Izmantots kā modeļobjekts. Bakalaura darba mērķis ir salīdzināt Karpatu kalnu savvaļas populāciju un šķirnes “Daile” materiālu daudzveidību un retrotranspozonu kustību pēc UV gaismas stresora ietekmes. Bakalaura darba izstrādes laikā tika izdalīts DNS no 117 izkaltētiem paraugiem. Tika veikta iPBS analīze, klasteru analīze, UV-B starojuma ietekmes analīze. Rezultāti liecina, ka šķirnes "Daile" populācija iedalās divās atsevišķās grupās un Slovākijas genoti…
Baltijas plakangliemenes Macoma balthica populācijas ģenētiskās daudzveidības analīze Rīgas jūras līča piekrastē
2015
Bakalaura darbā pētīta baltijas plakangliemeņu (Macoma balthica) populācijas ģenētiskā daudzveidība Rīgas jūras līča piekrastes zonā. Izmantojot iPBS (inter - Primer Binding Sequences) metodi veikta 12 dažādu atradņu gliemeņu ģenētiskās daudzveidības analīze. PCR amplifikācijas produkti, pēc reakcijas ar diviem praimeriem (2232 un 2394), tika analizēti agarozes gēlā. Kopā tika konstatēti 38lokusi. Darbā analizētajiem paraugiem konstatēts augsts polimorfisma līmenis. Salīdzinot atradnes savā starpā, polimorfu lokusu skaits - 22 (59 %). Ģenētiskā līdzība visām populācijām ir augstāka par 88 %. Iegūtie dati tika matemātiski apstrādāti ar POPGENE un NTSYS programmnodrošinājumu.
Latvijā ligzdojošo ziemeļu gulbju populācijas ģenētiksā daudzveidība
2018
Ziemeļu gulbis ir Latvijā ligzdojoša putnu suga, kas pasaulē ir sastopama plašā diapazonā lielākoties Eiropā un Eirāzijas ziemeļos. Darbā tika veikta polimorfo uz retrotranspozoniem balstītu iPBS praimeru atlase, lai noteiktu Ziemeļu gulbju ģenētisko daudzveidību. Darbā izmantoti Ziemeļu gulbju paraugi tika ievākti Kurzemes reģionā. Polimerāzes ķēdes reakcijas (PCR) produkti tika vizualizēti agarozes gēla elektroforēzē. Atlasītajam praimerim 2075 kopumā tika konstatēti 31 lokusi ar 28 polimorfiem lokusiem (90.32 %) Darbā apskatītās 22 ligzdu ģenētiskā līdzība ir augstāka par 77%. Veicot analīzi vienas ligzdas ietvaros visaugstāko polimorfo lokusu skaitu uzrādīja ligzda Nr.1 ar 16 polimorfie…
Liepu (Tilia sp.) ārstnieciskās īpašības un ģenētiskā daudzveidība
2016
Liepa tiek plaši izmantota apstādījumos gan Latvijā, gan citur pasaulē. To drogas plaši izmanto farmācijā pateicoties savu daudzo medicīnisko īpašību dēļ. Liepu ķīmiskais sastāvs arī ir daudzveidīgs, bet vislielākais akcents tiek likts uz liepās esošajiem flavonoīdiem, kuriem piemīt kardiotoniskas un baktericīdas īpašības. Šī darba mērķis ir izvērtēt liepas bioloģiski aktīvo vielu īpašības un to izmantošanu farmācijā, noteikt liepas ģenētisko daudzveidību un ploiditāti. Tika veikta liepas ģenētiskās daudzveidības pētījums balstīts uz liepu ploiditātes noteikšanu un iPBS metodi. Tika noskaidrotas trīs lielākas ģenētiski līdzīgās grupas. Liepu ploiditāte tika noteikta ar plūsmas citometru. Ti…
Genetic Diversity of White Clover (Trifolium Repens L.) from the Urban Area of Rīga Baltā Āboliņa (Trifolium Repens L.) Ģenētiskā Daudzveidība Rīgas …
2015
Baltais āboliņš (Trifolium repens L.) ir tauriņziežu dzimtas augs, plaši izplatīts gan pilsētvidē, gan ārpus tās. Tas tiek izmantots kā lauksaimniecības augs biomasas iegūšanai, un tā ir arī populāra daudzgadīgos zālienus veidojošā suga - pilsētvidē balto āboliņu sēj zālājos. Baltais āboliņš plaši pārstāvēts dažādos biotopos ar mainīgu ārējo faktoru ietekmi, tai skaitā pilsētvidē. Tādēļ tas ir piemērots modeļobjekts antropogēnās ietekmes pētīšanai. Darba mērķis bija noteikt baltā āboliņa Latvijas populācijas ģenētisko daudzveidību, izmantojot iPBS (inter primer binding sites) - uz retrotranspazoniem balstītu metodi. Iegūtie rezultāti salīdzināti starp trim augu paraugkopām: pilsētvidē augoš…
Genetic diversity of two perch Perca fluviatilis populations of the Latgale region
2015
Molecular markers based on retrotransposons possibility of integration into genomes of many organisms are commonly used for genetic analysis of different species. The aim of this study was to test possibility of use those markers in perch and detect genetic diversity of populations of two lakes of the Latgale region of Latvia: Cirišs and Sventes. The distance between the lakes is nearly 60 km, they belong to the same Daugava river basin but are different from ecological point of view. Forty two blood samples of <em>Perca fluviatilis </em>were collected altogether. Extracted DNA was analyzed using inter-PBS amplification technique with specifically selected retrotransposon-based …