0000000000490321
AUTHOR
Gints Kalniņš
Potent SARS-CoV-2 mRNA Cap Methyltransferase Inhibitors by Bioisosteric Replacement of Methionine in SAM Cosubstrate
Viral mRNA cap methyltransferases (MTases) are emerging targets for the development of broad-spectrum antiviral agents. In this work, we designed potential SARS-CoV-2 MTase Nsp14 and Nsp16 inhibitors by using bioisosteric substitution of the sulfonium and amino acid substructures of the cosubstrate S-adenosylmethionine (SAM), which serves as the methyl donor in the enzymatic reaction. The synthetically accessible target structures were prioritized using molecular docking. Testing of the inhibitory activity of the synthesized compounds showed nanomolar to submicromolar IC50 values for five compounds. To evaluate selectivity, enzymatic inhibition of the human glycine N-methyltransferase invol…
Vīrusiem līdzīgo daļiņu piegāde uz eikariotu šūnām
Šī darba mērķis bija pētīt vīrusiem līdzīgo daļiņu (VLD) piegādāšanas iespējas uz šūnām, izmantojot preS1 sekvenci un tās fragmentus. Otrs uzdevums bija Latvijas Organiskā Sintēzes Institūtā (LOSI) sintezētu transfekcijas līdzekļu izpēte proteīnu un to kompleksu virzīšanai uz šūnām. Varēja secināt, ka preS1 sekvences adresējošais efekts uz HepG2 šūnām nav liels. Pilna garuma preS1 sekvencei piemita spēja nodrošināt VLD uzņemšanu atsevišķās HepG2 un Hek 293 šūnās, kamēr preS1 sekvences imunodominantais 10-36 aminoskābju fragments to nenodrošināja pie tiem pašiem apstākļiem. Proteīnu ransfekcijas līdzekļu efektivitāte tika raksturota kvantitatīvi un kvalitatīvi salīdzinājumā ar komerciāliem l…
Adreses nesošu vīrusiem līdzīgo daļiņu mijiedarbība ar eikariotu šūnām
Šī darba mērķis bija pētīt ar preS1 sekvences fragmentiem dekorēto AP 205 bakteriofāga apvalka proteīna un hepatīta B vīrusa core proteīna veidoto vīrusiem līdzīgo daļiņu (VLD) mijiedarbību ar dažādu eikariotu šūnu līnijām –HepG2, Hek293, Jurkat, Namalva un BHK. Tika izstrādātas metodes VLD iezīmēšanai ar fluorescento iezīmi un to saistības pētīšanai ar eikariotu šūnām, izmantojot fluorimetrijas, šūnu citometrijas, fluorescences mikroskopijas un lāzerskenējošās konfokālās mikroskopijas metodes. Varēja secināt, ka no HBV core proteīna atvasināto VLD mijiedarbības rezultātu ietekmē DNS saistošais domēns. Savukārt uz VLD virsmas eksponēti preS1 sekvences fragmenti pētītajās konstrukcijās nenod…
Large-Scale Recombinant Production of the SARS-CoV-2 Proteome for High-Throughput and Structural Biology Applications
The highly infectious disease COVID-19 caused by the Betacoronavirus SARS-CoV-2 poses a severe threat to humanity and demands the redirection of scientific efforts and criteria to organized research projects. The international COVID19-NMR consortium seeks to provide such new approaches by gathering scientific expertise worldwide. In particular, making available viral proteins and RNAs will pave the way to understanding the SARS-CoV-2 molecular components in detail. The research in COVID19-NMR and the resources provided through the consortium are fully disclosed to accelerate access and exploitation. NMR investigations of the viral molecular components are designated to provide the essential…
Bakteriālo trimetilamīnu producējošo enzīmu strukturālie un funkcionālie pētījumi
Elektroniskā versija nesatur pielikumus
N‐Terminal Modification of Gly‐His‐Tagged Proteins with Azidogluconolactone
Site-specific protein modifications are vital for biopharmaceutical drug development. Gluconoylation is a non-enzymatic, post-translational modification of N-terminal HisTags. We report high-yield, site-selective inâ vitro α-aminoacylation of peptides, glycoproteins, antibodies, and virus-like particles (VLPs) with azidogluconolactone at pHâ 7.5 in 1â h. Conjugates slowly hydrolyse, but diol-masking with borate esters inhibits reversibility. In an example, we multimerise azidogluconoylated SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) onto VLPs via click-chemistry, to give a COVID-19 vaccine. Compared to yeast antigen, HEK-derived RBD was immunologically superior, likely due to observed diffe…