0000000000775788
AUTHOR
ŅIkita Zrelovs
showing 2 related works from this author
Trīs no antarktiskās ledus-brīvas augsnes jaunizdalīto Caudovirales kārtas bakteriofāgu raksturošana
2020
Darbā raksturoti trīs no antarktiskās ledus-brīvās augsnes paraugiem izolēti Caudovirales kārtas bakteriofāgi. Papildus tradicionālo mikro- un molekulārās bioloģijas metožu izmantošanai uzsvars tika likts uz in silico analīzēm. No Latvijas pirmās antarktiskās ekspedīcijas ietvaros ievāktajiem augsnes paraugiem tika izolētas raksturīgas baktērijas. Bakteriālie izolāti tika identificēti ar 16s rRNS gēna sekvenēšanas rezultātiem un bakteriofāgi tika atlasīti uz tādām identificētām baktēriju ģintīm, kurām vēl nebija aprakstīti to inficējošie vīrusi. Darba gaitā tika izolēti pirmie zināmie Sporosarcina sp. un Psychrobacillus sp. inficējošie bakteriofāgi. Izolētie bakteriofāgi tika morfoloģiski a…
Trīs jaunu Siphoviridae dzimtai piederošu bakteriofāgu genoma un proteoma raksturošana
2018
Darbā pētīti trīs Siphoviridae bakteriofāgi no BMC DNS-fāgu kolekcijas. Papildus molekulārās bioloģijas metodēm darbā plaši lietotas in silico metodes. Iegūtās fāgu genomu consensus sekvences tika validētas ar atbilstošiem eksperimentāliem datiem. Fāgu genomi tika anotēti un tie uzrādīja augstu oriģinalitātes pakāpi. Tika konstatēts, ka jauniegūto fāgu proteomos atrodami daudzi evolucionāri konservatīvi ORF produkti, kuru homologi sastopami dažādos organismos, bet kuru funkcija paliek nezināma, līdz ar to tie kalpo par kandidātiem turpmākiem proteīnu strukturāli-funkcionāliem pētījumiem. in silico modulēšana ļāva izvēlēties turpmākās in vitro darbības genomu fizisko galu un DNS pakošanas st…