6533b831fe1ef96bd12992ee

RESEARCH PRODUCT

Trīs no antarktiskās ledus-brīvas augsnes jaunizdalīto Caudovirales kārtas bakteriofāgu raksturošana

subject

description

Darbā raksturoti trīs no antarktiskās ledus-brīvās augsnes paraugiem izolēti Caudovirales kārtas bakteriofāgi. Papildus tradicionālo mikro- un molekulārās bioloģijas metožu izmantošanai uzsvars tika likts uz in silico analīzēm. No Latvijas pirmās antarktiskās ekspedīcijas ietvaros ievāktajiem augsnes paraugiem tika izolētas raksturīgas baktērijas. Bakteriālie izolāti tika identificēti ar 16s rRNS gēna sekvenēšanas rezultātiem un bakteriofāgi tika atlasīti uz tādām identificētām baktēriju ģintīm, kurām vēl nebija aprakstīti to inficējošie vīrusi. Darba gaitā tika izolēti pirmie zināmie Sporosarcina sp. un Psychrobacillus sp. inficējošie bakteriofāgi. Izolētie bakteriofāgi tika morfoloģiski aprakstīti, kā arī to genomi tika pilnībā nosekvenēti un anotēti, izmantojot salīdzinošās genomikas pieejas. Vairāku šo fāgu gēnu produktiem nebija iespējams droši paredzēt to funkcijas. Fāgu sekvenču unikalitāte izradījās par šķērsli arī to precīzās evolucionārās izcelsmes noskaidrošanai. Bakteriofāgu anotētie pilnie genomi deponēti GenBank brīvpieejas sekvenču datubāzē ar nosaukumiem “Sporosarcina phage Lietuvens”, “Psychrobacillus phage Spoks” un “Psychrobacillus phage Perkons”, ar piekļuves numuriem attiecīgi MT104122.1, MT410774.1 un MT325768.1.