Search results for "bakteriofāgi"
showing 7 items of 7 documents
No ssRNS bakteriofāgiem atvasināto vīrusveidīgo daļiņu platformas pielietojums Laimas slimības vakcīnas prototipa izstrādē
2021
ssRNS bakteriofāgu apvalka proteīnu veidotās vīrusveidīgās daļiņas tiek veiksmīgi izmantotas vakcīnu dizainā savu imunogēno īpašību un spējas prezentēt patogēnu epitopus. Bakalaura darbā tika pētīta trīs jaunu ssRNS bakteriofāgu apvalka proteīnu kovalento dimēru spēja pašsavākties imunogēnās himērās VLP. Jau iepriekš izveidoto apvalka proteīnu kovalento dimēru sekvenču N- vai C- galam ģenētiski pievienoja Laimas slimības izraisītājas Borrelia burgdorferi proteīna BB0689 sekvenci. Iegūtajiem sešiem konstruktiem tika pārbaudīta himērā proteīna producēšanās un šķīdība. Šķīstošus proteīnus attīrīja ar gelfiltrāciju. VLP izveidošanos pārbaudīja elektronu mikroskopā. Iegūtās VLP, kur antigēns pie…
Bakteriofāga Enc34 replikācijas moduļa proteīnu ekspresija, attīrīšana un raksturošana
2016
Darbā tika veikta bakteriofāga Enc34 replikācijas moduļa proteīnu sekvenču analīze un hipotētisko proteīnu ORF3, ORF4, ORF5 un ORF6 eksperimentāla izpēte ar mērķi identificēt to funkcijas. Pētījumu rezultātā praimāzei ORF1 tika atklāts iepriekš neidentificēts helikāzes domēns un ORF8 tika re-anotēts kā resolvāze. Rekombinanti producēts ORF4 bija nešķīstošs, savukārt ORF3 un ORF5 – šķīstoši, un to sekmīga attīrīšana ļauj darbu turpināt ar proteīnu kristalizāciju. ORF6 un delēcijas variantam ORF6Δ21 tika noteiktas kristālstruktūras, kuru analīze kopā ar in vitro eksperimentiem parādīja, ka ORF6 ir ssDNS saistošais proteīns (SSB). Pētījumā pirmoreiz tika atklāta SSB C-terminālā reģiona nozīme …
NO LATVIJAS NOTEKŪDEŅIEM JAUNIZDALĪTO AEROMONAS SALMONICIDA BAKTERIOFĀGU RAKSTUROŠANA
2022
Darbā aprakstīta no Jelgavas pilsētas notekūdeņiem izolētas un pēc 16S rRNS gēna sekvenēšanas identificētas baktērijas Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida celma JK jaunizdalīto bakteriofāgu raksturošana. Īpaša uzmanība tiek pievērsta no tās pašas pilsētas notekūdeņu parauga izolētam Aeromonas fāgam JELG-KS1, kas potenciāli reprezentē ne tikai jaunu fāgu sugu, bet arī ģinti. Izvelētā fāga padziļinātai raksturošanai tika veikta fāga dzīvescikla, morfoloģijas un saimnieka inficētspējas aprakstīšana, virionu stabilitātes noteikšana mainīgos vides apstākļos, fāgu pilna genoma sekvenēšana un funkcionālā anotēšana, kā arī citas eksperimentālās darbības. Fāga JELG-KS1 anotētais pilnais genoms …
JAUNIZDALĪTO CEDECEA DAVISAE INFICĒJOŠO BAKTERIOFĀGU IZOLĒŠANA UN RAKSTUROŠANA
2022
Darbā izolētas baktērijas no dažādu rožu dzimtas augļkopības kultūru augu lapām, kuras identificētas ar 16S rRNS gēna sekvenēšanas metodi. Izmantojot šīs baktērijas kā saimniekkultūras, tika izolēti 10 jauni dsDNS bakteriofāgi. Vēlāk ar Cedecea davisae baktēriju izolātu kā saimnieku no notekūdeņu paraugiem tika izolēti vēl 13 fāgi. Tālākai izpētei tika izvēlēts jaunizdalītais Cedecea fāgs Yanou. Fāgs Yanou ir Autographiviridae dzimtai, Teseptimavirus ģintij piederošs lītisks podovīruss ar 40865 bp garu genomu. Tas ir otrs līdz šim zināmais Cedecea ģints fāgs un pirmais raksturotais Cedecea lītiskais podovīruss. Bakteriofāga Yanou pilnais anotētais genoms deponēts GenBank brīvpieejas datubāz…
Trīs no antarktiskās ledus-brīvas augsnes jaunizdalīto Caudovirales kārtas bakteriofāgu raksturošana
2020
Darbā raksturoti trīs no antarktiskās ledus-brīvās augsnes paraugiem izolēti Caudovirales kārtas bakteriofāgi. Papildus tradicionālo mikro- un molekulārās bioloģijas metožu izmantošanai uzsvars tika likts uz in silico analīzēm. No Latvijas pirmās antarktiskās ekspedīcijas ietvaros ievāktajiem augsnes paraugiem tika izolētas raksturīgas baktērijas. Bakteriālie izolāti tika identificēti ar 16s rRNS gēna sekvenēšanas rezultātiem un bakteriofāgi tika atlasīti uz tādām identificētām baktēriju ģintīm, kurām vēl nebija aprakstīti to inficējošie vīrusi. Darba gaitā tika izolēti pirmie zināmie Sporosarcina sp. un Psychrobacillus sp. inficējošie bakteriofāgi. Izolētie bakteriofāgi tika morfoloģiski a…
Bakteriofāgu terapijas iespējas
2016
Pārmērīga antibakteriālu līdzekļu lietošana veicina epidēmijas mēroga bakteriālās rezistences pieaugumu attīstītajās un attīstības valstīs. Bakteriālās rezistences pieaugums atdzīvina interesi par alternatīvām antibakteriālām terapijām. Viena no tām iesaista bakteriofāgus – vīrusus, kuriem piemīt spējas inficēt un vairoties baktēriju saimniekšūnās veicinot to lizēšanu. Ir plaši dokumentēta fāgu veikta vairāku rezistentu baktēriju izskaušana, tomēr nav skaidrs, caur kādiem mehānismiem tā tiek panākta. Tas apgrūtina regulējošo iestāžu atļauju izsniegšanu, lai ieviestu bakteriofāgu terapiju klīniskajā praksē. Bakalaura darba mērķis bija noskaidrot veselības aprūpes speciālistu (ārstu) viedokli…
Trīs jaunu Siphoviridae dzimtai piederošu bakteriofāgu genoma un proteoma raksturošana
2018
Darbā pētīti trīs Siphoviridae bakteriofāgi no BMC DNS-fāgu kolekcijas. Papildus molekulārās bioloģijas metodēm darbā plaši lietotas in silico metodes. Iegūtās fāgu genomu consensus sekvences tika validētas ar atbilstošiem eksperimentāliem datiem. Fāgu genomi tika anotēti un tie uzrādīja augstu oriģinalitātes pakāpi. Tika konstatēts, ka jauniegūto fāgu proteomos atrodami daudzi evolucionāri konservatīvi ORF produkti, kuru homologi sastopami dažādos organismos, bet kuru funkcija paliek nezināma, līdz ar to tie kalpo par kandidātiem turpmākiem proteīnu strukturāli-funkcionāliem pētījumiem. in silico modulēšana ļāva izvēlēties turpmākās in vitro darbības genomu fizisko galu un DNS pakošanas st…