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Aurélien Cottin
Mise en place d'une base de données d'assignation taxonomique dédiée au logiciel GnS-PIPE et automatisation de sa mise à jour
Rapport de stage de fin d'études de DUT, Spécialité Génie Biologique option Bio-Informatique EA GenoSol CT?; DEUG; Dans un contexte où l'agriculture doit pouvoir produire toujours plus pour faire face à la croissance mondiale tout en étant respectueuse de l'environnement, l'agroécologie apparaît comme un domaine d'étude déterminant. Dans ce domaine, la plateforme GénoSol s'est fixé comme objectif de caractériser les microorganismes des sols agricoles en utilisant les techniques de séquençage à haut-débit. Possédant son propre pipeline d'analyse, GénoSol s'est intéressé à l'ajout de bases de données d'ADNr 16S pour l'étape d'assignation taxonomique, afin d'augmenter la fiabilité des résultat…
SOIL MICROBIOLOGICAL QUALITY: STATE OF THE ART AND IMPORTANCE OF MICROBIAL COMMUNITIES FOR FRENCH AGRICULTURAL SOILS
Soils are one of the major reservoirs of biological diversity on our planet, hosting a huge diversity of microorganisms. Numerous studies have demonstrated the role of microbial diversity in soil functions, such as nutrient cycling or pathogen management. Given the key role of soil microorganisms in the regulation of soil ecosystem functions, the environmental factors driving soil microbial diversity need to be understood. In France, we have the opportunity to benefit from a national soil survey (called the French Soil Quality Monitoring Network), which represents one of the most extensive and without a priori soil sampling survey available to date. Through several funded projects, we were …