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Bridging microbial community ecology and ecosystem functioning

2014

Microbial communities have a central role in many ecosystem functions such as biogeochemical cycling. Large variation in N-fluxes has been widely documented, mirroring the complexity of the underlying mechanisms. However, application of molecular biology approaches during the last decade has given the opportunity to look beyond these fluxes and to study the genetic and the ecology of the microorganisms involved in N-cycling. In this talk, I will give examples of a trait-centered approach for bridging microbial community ecology, microbial processes and ecosystem functioning.

Is co-inoculation with plant growth promoting bacteria and arbuscular mycorrhizal fungi increasing strawberry production yields ?

2014

Comparaison de l'arisa et du séquençage haut débit pour l'étude des processus de diversification des communautés microbiennes du sol

2013

EA SPE EcolDur GenoSol; National audience

Etude du système AGR par caractérisation de mutants de Listeria monocytogènes

2012

EA MERS CT3 (vu DM) EJ3; Master; L’adaptation des bactéries à leur environnement fait intervenir différents mécanismes dont la communication cellulaire. Chez Listeria monocytogenes, le système agr est le seul système de communication cellulaire actuellement décrit. L’implication du système agr dans l’adaptation de L. monocytogenes aux changements de conditions environnementales a été étudiée au travers la caractérisation de deux mutants DG342M et DG343M. L’analyse des séquences et des transcrits par RTqPCR a montré que l’insertion du mariner avait un effet polaire sur l’expression du gène codant une phosphodiestérase (lmo2642), enzyme responsable de l’hydrolyse de l’AMPc. L’analyse a égalem…

Recherche des meilleurs couples pois-rhizobia. Premiers résultats et perspective

2019

Prod 2019-83g BAP GEAPSI INRA; National audience; La culture de légumineuses, et en particulier du pois, présente le double intérêt de permettre une production de graines à haute valeur nutritionnelle sans nécessité d’un apport d’engrais azoté. Cependant, la nutrition azotée du pois, et en particulier la fixation symbiotique de l’azote atmosphérique, peut être insuffisante dans certains environnements et limiter ainsi le rendement de la culture. L’établissement de la symbiose entre pois et rhizobium nécessite une reconnaissance mutuelle spécifique entre les deux partenaires, et une coordination de l'expression de nombreux gènes, indispensable à la mise en place des importantes modifications…

Les particules biotiques (pathogènes ou non)

2017

National audience

Changing agricultural practices modifies the species and trait composition of the weed flora. A simulation study using a model of cropping system eff…

2012

International audience; Cropping systems change to adapt to socio-economical and environmental constraints (e.g. simplified tillage) and to profit from technological innovations (e.g. genetically-modified crops). These changes can result in unexpected side-effects which are difficult to determine in fields. The objective of the present study was to use a model, FLORSYS, to evaluate such impacts ex ante on weeds. FLORSYS quantifies the effects of crop succession, management techniques and climate on multi-specific weed dynamics over the years; it was parameterized with functional relationships predicting model parameters (e.g. seed mortality) from species traits (e.g. seed coat thickness). C…

Ex ante evaluation of gene flow in oilseed rape with cropping sytem models

2009

International audience

Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil

2013

National audience; Microbial communities have a central role in ecosystem processes by driving the Earth’s biogeochemical cycles. However, the importance of microbial diversity for ecosystem functioning is still debated. Here, we experimentally manipulated the soil microbial community using a dilution approach to analyze the functional consequences of diversity loss. A trait-centered approach was embraced using the denitrifiers as model guild due to their role in nitrogen cycling, a major ecosystem service. How various diversity metrics related to richness, eveness and phylogenetic diversity of the soil denitrifier community were affected by the removal experiment was assessed by 454 sequen…

Résistances aux herbicides: cible et non-cible, une menace pour le désherbage d’automne des céréales ?

2019

La résistance aux herbicides peut évoluer via deux mécanismes: d’une part une résistance « liée à la cible », causée par une mutation et spécifique d’une famille herbicide, et, d’autre part, une résistance « non liée à la cible », moins spécifique, permettant par exemple une détoxication de diverses molécules. Des simulations montrent que l’évolution de résistance non-cible en réponse aux applications d’herbicides est très probable mais peut rester longtemps inaperçue car lente. En céréales d’hiver, le désherbage chimique des graminées est rendu problématique par l’évolution de résistance à la fois cible et non-cible aux herbicides de sortie d’hiver, ce qui impose un recours accru aux appli…