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Getting Docking into Shape Using Negative Image-Based Rescoring

2019

The failure of default scoring functions to ensure virtual screening enrichment is a persistent problem for the molecular docking algorithms used in the structure-based drug discovery. To remedy this problem, elaborate rescoring and post-processing schemes have been developed with a varying degree of success, specificity, and cost. The negative imagebased rescoring (R-NiB) has been shown to improve the flexible docking performance markedly with a variety of drug targets.The yield improvement is achieved by comparing the alternative docking poses against the negative image of the target protein’s ligand-binding cavity. In other words, the shape and electrostatics of the binding pocket is dir…

Protein ConformationComputer scienceGeneral Chemical EngineeringDrug Evaluation PreclinicalBinding pocketLibrary and Information SciencesCrystallography X-RayMachine learningcomputer.software_genre01 natural sciencesArticledrugsAutodock vinaUser-Computer InterfaceDOCK0103 physical sciencesVirtual screening010304 chemical physicsbusiness.industryDrug discoveryGeneral Chemistrymolecular dockingPANTHER/ShaEP-based R-NiB methodologyAutoDock0104 chemical sciencesComputer Science ApplicationsMolecular Docking SimulationBenchmarking010404 medicinal & biomolecular chemistryDocking (molecular)Artificial intelligencebusinesscomputer
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Targeting SARS-CoV-2 RBD Interface: a Supervised Computational Data-Driven Approach to Identify Potential Modulators

2020

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) has spread out as a pandemic threat affecting over 2 million people. The infectious process initiates via binding of SARS-CoV-2 Spike (S) glycoprotein to host angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). The interaction is mediated by the receptor-binding domain (RBD) of S glycoprotein, promoting host receptor recognition and binding to ACE2 peptidase domain (PD), thus representing a promising target for therapeutic intervention. Herein, we present a computational study aimed at identifying small molecules potentially able to target RBD. Although targeting PPI remains a challenge in drug discovery, our investigation highlights that interaction between SARS-CoV…

Protein domainPneumonia ViralDruggabilityDrug Evaluation Preclinicalprotein-protein interactionsComputational biologyBiologyMolecular Dynamics SimulationPeptidyl-Dipeptidase AMolecular dynamics01 natural sciencesBiochemistryMolecular Docking SimulationAntiviral Agentsdockingmolecular dynamicProtein–protein interactionSmall Molecule LibrariesBetacoronavirusProtein DomainsDrug DiscoveryHumansGeneral Pharmacology Toxicology and PharmaceuticsPandemicsPharmacologyFull Paperpharmacophore010405 organic chemistryDrug discoverySARS-CoV-2Organic ChemistryCOVID-19Small molecule0104 chemical sciencesProtein-Protein InteractionMolecular Docking Simulation010404 medicinal & biomolecular chemistryDocking (molecular)Spike Glycoprotein CoronavirusdockingMolecular MedicineAngiotensin-Converting Enzyme 2PharmacophoreCoronavirus InfectionsProtein Binding
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Bioassays to monitor taspase1 function for the identification of pharmacogenetic inhibitors

2011

Background Threonine Aspartase 1 (Taspase1) mediates cleavage of the mixed lineage leukemia (MLL) protein and leukemia provoking MLL-fusions. In contrast to other proteases, the understanding of Taspase1's (patho)biological relevance and function is limited, since neither small molecule inhibitors nor cell based functional assays for Taspase1 are currently available. Methodology/Findings Efficient cell-based assays to probe Taspase1 function in vivo are presented here. These are composed of glutathione S-transferase, autofluorescent protein variants, Taspase1 cleavage sites and rational combinations of nuclear import and export signals. The biosensors localize predominantly to the cytoplasm…

ProteomicsCytoplasmHydrolasesmedicine.medical_treatmentThreonine Aspartase 1Drug Evaluation Preclinicallcsh:MedicineBiosensing TechniquesBiochemistryMiceMolecular Cell BiologyBasic Cancer Researchlcsh:ScienceMultidisciplinaryEnzyme ClassesProteomic Databases3T3 CellsSmall moleculeCellular StructuresEnzymesBiochemistryOncologyMedicineBiological AssayBiologieResearch ArticleProteasesCell SurvivalIn silicoBiologyCleavage (embryo)In vivoGenetic Mutationddc:570EndopeptidasesChemical BiologyConsensus sequencemedicineGeneticsAnimalsHumansProtease InhibitorsBiologyCell NucleusProteaselcsh:RProteinsPharmacogeneticsSmall MoleculesMutagenesislcsh:Q
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Review of current and “omics” methods for assessing the toxicity (genotoxicity, teratogenicity and nephrotoxicity) of herbal medicines and mushrooms

2012

Ethnopharmacological relevance: The increasing use of traditional herbal medicines around the world requires more scientific evidence for their putative harmlessness. To this end, a plethora of methods exist, more or less satisfying. In this post-genome era, recent reviews are however scarce, not only on the use of new "omics" methods (transcriptomics, proteomics, metabonomics) for genotoxicity, teratogenicity, and nephrotoxicity assessment, but also on conventional ones. Methods: The present work aims (i) to review conventional methods used to assess genotoxicity, teratogenicity and nephrotoxicity of medicinal plants and mushrooms; (ii) to report recent progress in the use of "omics" techn…

Proteomicsmedicine.medical_specialtyDrug-Related Side Effects and Adverse ReactionsHerbal MedicineOmicsBiologymedicine.disease_causeKidneyToxicologyNephrotoxicity03 medical and health sciences0302 clinical medicineTeratogenicityDrug DiscoverymedicineMethodsHumansTechnology PharmaceuticalIntensive care medicineEvaluationNephrotoxicity030304 developmental biologyPharmacology0303 health sciencesPlants Medicinalbusiness.industrySciences bio-médicales et agricolesOmics3. Good healthBiotechnologyTeratogens030220 oncology & carcinogenesisMedicine TraditionalGenotoxicitybusinessAgaricalesTranscriptomeGenotoxicityPredictive methodsMutagensPhytotherapyJournal of Ethnopharmacology
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Alignment between standardized assessments and academic standards : the case of the Saber Mathematics Test in Colombia

2013

Resumen basado en el de la publicación Título, resumen y palabras clave en español e inglés Disponible la versión en inglés Análisis del concepto de alineación presentando los resultados de un estudio que examina el grado de alineación entre una evaluación estandarizada de matemáticas y unos estándares académicos. La alineación se examina usando el modelo de Webb y los resultados sugieren que el grado de alineación entre las evaluaciones estandarizadas y los estándares académicos no es el más adecuado y por lo tanto los resultados se deben interpretar con mucha cautela y se debe poner mucho cuidado con el tipo de decisiones que se toman con base en los resultados. ESP

Pruebas estandarizadasbusiness.industryWelfare economicsLearning standardsaprendizajeEvaluación del aprendizajeStandardized testMathematics assessmentColombiacalidad de la enseñanzaevaluaciónAcademic standardsmatemáticaslcsh:LB5-3640Educationlcsh:Theory and practice of educationvalidezValidez.Alineación Pruebas estandarizadas Estándares Académicos Evaluación del aprendizaje Validez.Estándares AcadémicosbusinessPsychologyAlineaciónRELIEVE - Revista Electrónica de Investigación y Evaluación Educativa
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Evaluación criterial: determinación de estándares de interpretación (EE) para pruebas de rendimiento educativo

2009

En este trabajo se presenta una revisión del estado de la cuestión acerca de los métodos para determinar estándares en pruebas de referencia criterial. Se analiza el concepto de estándar, sus componentes y los problemas implicados en las tareas de juicio en estos métodos. Se revisan los procedimientos para diseñar descriptores de estándares y los métodos para identificar puntuaciones de corte.

Pruebas referidas al criterioAvaluació educativaRendimiento educativoPuntuaciones de corteDeterminación de estándares
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Estudio del funcionamiento métrico de la Escala Estilos Educativos Familiares - Comportamientos Habituales EVALEF-CH

2022

INTRODUCCIÓN Los estilos educativos familiares son componentes fundamentales de las competencias parentales y fueron ampliamente estudiados en la última década del siglo pasado. Disponer de instrumentos para poder identificarlos es de gran ayuda para orientadores y profesionales de la intervención familiar. METODO En este trabajo presentamos el estudio métrico de la escala EVALEF-CH, que se diseña desde la finalidad de actualización de estilos (añadiendo el estilo integral), del contexto de recogida de información, y de la forma de abordar el reto de la deseabilidad social. Este estudio aborda el análisis de la calidad métrica de la escala, combinando estrategias de análisis como la fiabili…

Psicologia del desenvolupamentEducació familiarAvaluació educativaEnsenyamentEducationRevista Complutense de Educación
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The first milestone in psychoeducational intervention in Spain: the Medical and Educational Psychology Laboratory of the National Patronage for the H…

2017

espanolLa intervencion psicopedagogica terapeutica supone el inicio de una importante vertiente del trabajo psicotecnico en Espana, destacando especialmente la atencion al ambito infantil, que propiciara la creacion de instituciones como el Patronato Nacional de Anormales, que supondra un referente para el trabajo conjunto de profesionales del ambito medico, pedagogico y psicologico. Este trabajo analiza los primeros anos del Patronato, centrandose en sus objetivos e ideario de funcionamiento y, especialmente en la creacion en 1914 del Laboratorio Medico y de Psicologia Pedagogica y en el trabajo que alli realizaron autores proximos a la psiquiatria infantil como Rodriguez Lafora y Achucarr…

Psicologiabusiness.industryEvaluation methodsPedagogyEducational psychologyMedicinePsychoeducational interventionEducació especialbusinessHumanitiesRevista de Historia de la Psicología
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Comunicación científica o cualificación para una carrera académica: ¿Qué uso tienen los artículos en las revistas de psicología?

2019

Este trabajo analiza todas las revistas de psicología que se ha- llan incluidas en las diversas categorías de las bases de datos JCR (SCI y SSCI) y SJR durante el periodo 2014-2016 para tratar de identificar las re- vistas que se encuentran mejor posicionadas en esta disciplina, sus especia- lidades y los países con mayor número de publicaciones indexados en di- chas bases de datos. Método: Se analizó la distribución de revistas por paí- ses, cuartil y categoría para determinar la posición de las revistas en cada país e identificar los que tuviesen mayor cantidad de revistas de excelencia en psicología en la escena internacional. Resultados: Estados Unidos y Reino Unido tienen el mayor núme…

Psicología.159.9(05)Scientific evaluationPsychology journalsJCRSJRRevistas especializadasEvaluación científicaSpecialised journalsPsychologyRevistas de psicologíaPsicología
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Dove va la psicoterapia? Dove va la COIRAG?

2009

Where is psychotherapy going? Where is COIRAG going? - This note means to call attention to the present frontiers of psychotherapy based on the concepts of multiplicity, project planning, complexity, integrations, valuation, etc. Group thought and group clinic are identified as great ways of contributing significantly to the present evolution of psychotherapy in the world. Attention to theoretical models and to membership must be laicized and integrated with attention to standard procedures, working methods, the setting up of a personalized cure plan for each single patient, as well as to empirical, clinical and theoretical research. Moreover, the high potential today of adopting an analyti…

Psicoterapia. Modelli. Integrazione. Gruppi.Project planningPsychotherapistTheoretical modelsTheoretical researchPsychologyHigh potentialSingle patientValuation (finance)GRUPPI
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