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AUTHOR
Christophe Délye
Validation of a set of reference genes to study response to herbicide stress in grasses
Abstract Background Non-target-site based resistance to herbicides is a major threat to the chemical control of agronomically noxious weeds. This adaptive trait is endowed by differences in the expression of a number of genes in plants that are resistant or sensitive to herbicides. Quantification of the expression of such genes requires normalising qPCR data using reference genes with stable expression in the system studied as internal standards. The aim of this study was to validate reference genes in Alopecurus myosuroides, a grass (Poaceae) weed of economic and agronomic importance with no genomic resources. Results The stability of 11 candidate reference genes was assessed in plants res…
Phénomène de résistance : des rouages encore méconnus
Dpmt SPEPôle GEAPSI; absent
Herbicides : vaincre les résistances
Interview article par Marion CoisneDépartement SPEPôle GEAPSI; absent
Groupe de travail COLUMA Bourgogne Franche-Comté : analyse et cartographie de la résistance aux herbicides sur céréales
This working group made a survey and drew maps of herbicide resistances in cereal crops according to modes of action and weed species. These resistances concern mainly grass weeds but also one dicot weeds.
Comprendre, prévenir et gérer les résistances aux herbicides
Prod 2018-236j SPE Pole EA GESTAD INRA
False cleavers (Galium spurium L.) with target-site resistance to ALS inhibiting herbicides in Greece
Galium spurium(Rubiaceae) is a frequent troublesome dicotyledonous weed species, usually controlled with ALS inhibitors, synthetic auxins and their mixtures. In 2016, florasulam+2,4-D failed to adequately control this species in cereal fields (Phthiotida, central Greece) prompting the current study. Seeds from three G. spurium populations (G2, G3, G4) with possible resistance and one from herbicide-free field borders (G1, reference) were collected. These were evaluated in a pot experiment for possible resistance to ALS inhibitors at 0, N and 4N (N= recommended field dose: florasulam+2,4-D 4.375+210 g/ha, florasulam 6.25 g/ha, mesosulfuron+iodosulfuron 7.5+7.5 g/ha) with four replicates (fiv…
Weed resistance to herbicides in France: current situation and future prospects
This talk will inventory weed species with confirmed cases of herbicide resistance in France. Species most prone to evolve herbicide resistance in the future will be listed, taking into account the current context of herbicide-tolerant crop variety release. Last, guidance (not to be heeded!) will be provided on how best to select for herbicide resistance.
Des chercheurs INRAE traquent les mutations de résistance aux herbicides à l’aide du séquençage à très haut débit. Newsletter SPE (Département INRAE Santé des Plantes et Environnement) n°19, 31 aout 2021
Les inhibiteurs de l’ALS en échec face à l’ambroisie à feuilles d’armoiseEn France, la résistance aux herbicides inhibiteurs de l’acétolactate-synthase (ALS) émerge chez l’ambroisie. Très utilisés car applicables sur la majorité des grandes cultures, ces produits phytosanitaires généralistes inhibent l’ALS, une enzyme clé des végétaux dans la synthèse d’acides aminés essentiels. Ils constituent la deuxième famille de désherbants la plus employée, et en paient le tribut : la résistance à cette classe d’herbicides a été identifiée dans plus de 160 espèces d’adventices, ou « mauvaises herbes ». Récemment rajoutée à cette liste, l’ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia) est une…
Les "mots" de la résistance
Avant d'entamer le dossier, voici un petit glossaire à l'usage des gestionnaires de la résistance aux produits phytopharmaceutiques.La résistance aux PPP est un phénomène souvent complexe, faisant appel à des notions de biochimie, génétique, sciences de l’évolution. De ce fait, pour apprécier au mieux les articles de ce dossier, il apparaît utile d’avoir sous la main un mémento donnant une définition scientifique des termes les plus courants.
Résistances aux herbicides: cible et non-cible, une menace pour le désherbage d’automne des céréales ?
La résistance aux herbicides peut évoluer via deux mécanismes: d’une part une résistance « liée à la cible », causée par une mutation et spécifique d’une famille herbicide, et, d’autre part, une résistance « non liée à la cible », moins spécifique, permettant par exemple une détoxication de diverses molécules. Des simulations montrent que l’évolution de résistance non-cible en réponse aux applications d’herbicides est très probable mais peut rester longtemps inaperçue car lente. En céréales d’hiver, le désherbage chimique des graminées est rendu problématique par l’évolution de résistance à la fois cible et non-cible aux herbicides de sortie d’hiver, ce qui impose un recours accru aux appli…
Adventices, tour d’horizon des résistances - Résistances des adventices aux herbicides en France : situation actuelle avec les onze espèces adventices déjà concernées, et perspectives avec les espèces à surveiller et le rôle des pratiques agricoles actuelles et futures
Version intégrale : Communication disponible avec sa bibliographie (5 références dont 2 extraites de Phytoma), dans les annales de la 22e conférence du Columa de l'AFPP, sur place à Dijon les 10, 11 et 12 décembre 2013, puis à l’AFPP.; Contexte - Les résistances des adventices aux herbicides sont une préoccupation montante en France. Le phénomène n’est pas nouveau, mais la réduction actuelle de la diversité des modes d’action herbicides semble accélérer l’émergence de nouveaux cas de résistance, notamment aux herbicides inhibiteurs de l’ALS. Etat des lieux - Cet article fait le point sur les cas de résistance avérés aux herbicides en France et répertorie des espèces d’adventices susceptible…
Prévenir et gérer les résistances aux produits phyto
CONTEXTE - La sélection de génotypes debioagresseurs résistantsconstitue un des effetsnon intentionnels del’utilisation des produitsde protection des plantes(PPP). Le suivi et la gestion de ces génotypesreprésentent un enjeuagronomique majeurafin de préserver durablement l’efficacité des PPP.PRINCIPE DE GESTION - La résistance estle résultat de l’adaptation des bioagresseurs àla pression de sélectionexercée par les pratiquesde contrôle. Les élémentsde compréhension présentés dans cet articles’appliquent à tous lesPPP, qu’ils soient d’originesynthétique ou d’originenaturelle. Notre objectifest de sensibiliser leslecteurs à la nécessité dediversifier les leviers deprotection des cultureset de…
SNP markers for black-grass (Alopecurus myosuroides Huds.) genotypes resistant to Acetyl CoA-carboxylase inhibiting herbicides
Chloroplastic acetyl CoA-carboxylase (ACCase) is the target of widely used, specific graminicide herbicides: cyclohexanediones (CHDs) and aryloxyphenoxypropionates (APPs). Resistance to these compounds is a worldwide, increasing problem. Population genetic studies aimed at understanding the dynamics of this situation and the diffusion of resistance genes within and between weed populations are challenging because biological assays are not adequate for this purpose, and because different mechanisms of resistance confer a similar resistance phenotype. Molecular markers for specifically detecting resistance genes are therefore urgently needed to conduct such studies. For this purpose, we clone…
Molecular Bases for Sensitivity to Tubulin-Binding Herbicides in Green Foxtail
Abstract We investigated the molecular bases for resistance to several classes of herbicides that bind tubulins in green foxtail (Setaria viridis L. Beauv.). We identified two α- and two β-tubulin genes in green foxtail. Sequence comparison between resistant and sensitive plants revealed two mutations, a leucine-to-phenylalanine change at position 136 and a threonine-to-isoleucine change at position 239, in the gene encoding α2-tubulin. Association of mutation at position 239 with herbicide resistance was demonstrated using near-isogenic lines derived from interspecific pairings between green foxtail and foxtail millet (Setaria italica L. Beauv.), and herbicide sensitivity bioassays combine…
Résistance aux herbicides chez le vulpin
National audience
La problématique gestion des résistances aux herbicides (et fongicides) : entre tragédie des communs et tragédie des anti-communs
National audience; Les résistances aux herbicides et aux fongicides sont des problèmes majeurs en agriculture. Au travers d’un projet de recherche-action transdisciplinaire, ce travail aborde la question suivante : En quoi la gestion des résistances aux herbicides et fongicides en grandes cultures nécessite-t-elle une gestion collective et quels en sont les attributs et leviers ? Les résultats révèlent que le contexte de gestion des résistances aux pesticides dans les territoires agricoles français est caractérisé par une combinaison de « tragédie des communs » et de « tragédie des anti-communs », ce qui est un cas novateur dans la littérature sur les biens communs. Nous montrons ainsi que …
Technique PCR. Un nouvel outil de diagnostic rapide d'Eutypa lata
National audience
Auteurs du site web Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P) www.r4p-inra.fr
Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P) : www.r4p-inra.frCe site met à disposition des outils et des informations sur la résistance aux produits de protection des plantes. Ces informations peuvent intéresser les professionnels impliqués dans la prévention et la gestion des résistances, des enseignants ou étudiants, et quiconque intéressé par cette thématique.Ring for Research and Reflection on Resistance to Pesticides (R4P) :www.r4p-inra.frThis site provides tools and information on resistance to plant protection products. This information may be of interest to professionals involved in the prevention and management of resistance, teachers or students, and…
Multiple origins for black-grass (Alopecurus myosuroides Huds) target-site-based resistance to herbicides inhibiting acetyl-CoA carboxylase
International audience
Herbicides : la résistance existait avant eux... La preuve - L’analyse par PCR de spécimens de vulpin conservés dans des collections d’herbiers le prouve : une mutation à l’origine d’une résistance à des herbicides lancés en 1978 existait déjà en... 1888
➧ QUESTION - Des gènes de résistance aux herbicides peuvent-ils déjà exister dans des populations de mauvaises herbes n'ayant jamais été traitées avec des herbicides ? Pour le savoir, une mutation conférant une résistance à des herbicides a été recherchée dans des parts d'herbiers contenant des spécimens de vulpin ( Alopecurus myosu roides ) collectés entre 1788 et 1975. ➧ RÉPONSE - Un spécimen sur les 734 analysés, collecté en 1888, s'est révélé contenir une mutation au codon 1781 de l'AC-Case qui confère une résistance à des inhibiteurs de l'ACCase (« fops », « dims », « den »). Ceci démontre clairement, si besoin en était encore, que la résistance n'a pas besoin d'herbicides pour exister…
Genetic diversity and pathogenic variability among isolates of Colletotrichum species from strawberry
International audience
Résistance aux herbicides chez le vulpin et le ray-grass : des marqueurs moléculaires pour un diagnostic rapide
National audience
Herbicides do not fabricate resistance: evidence from herbaria collections
Can herbicide resistance genes be present in weed populations that have never been sprayed with herbicides? In order to answer this question, the presence of a mutation endowing herbicide resistance has been investigated in black-grass (Alopecurus myosuroides) herbarium specimens collected between 1788 and 1975. Among the 734 specimens investigated, one that had been collected in 1888 contained a mutation at ACCase codon 1781 that confers resistance to ACCase-inhibiting herbicides (APPs, CHDs and DEN). This clearly demonstrates that herbicides do not fabricate resistance. Resistance is naturally present in weed populations the fields prior to herbicide use. Herbicides only reveal pre-existi…
Prévenir et réduire les risques de sélection de résistances : de la théorie à la pratique, des pistes pour améliorer la durabilité des PPP
SPEPôle GEAPSICT2communication orale invitée, résumé; La résistance est le résultat inéluctable de la sélection exercée par les PPP sur les populations de bio-agresseurs. On ne peut pas empêcher une résistance d’évoluer, mais on peut retarder substantiellement son évolution en mettant en place des stratégies appropriées avant (prévention) et après (gestion) la détection des premiers individus résistants. Le point-clef à retenir pour cela est que plus le contrôle d’un bio-agresseur est basé sur une chimie peu diversifiée, plus le risque de sélectionner rapidement une résistance est élevé. Un exemple type de ce qu’il ne faut pas faire est de contrôler un bio-agresseur présent sur de grandes s…
Questions aux agriculteurs sur la gestion des résistances
Article concernant le travail de Délye ChristopheDpmt SPEPôle GEAPSI; absent
An isoleucine residue within the carboxyl-transferase domain of multidomain acetyl-coenzyme A carboxylase is a major determinant of sensitivity to aryloxyphenoxypropionate but not to cyclohexanedione inhibitors
Abstract A 3,300-bp DNA fragment encoding the carboxyl-transferase domain of the multidomain, chloroplastic acetyl-coenzyme A carboxylase (ACCase) was sequenced in aryloxyphenoxypropionate (APP)-resistant and -sensitive Alopecurus myosuroides (Huds.). No resistant plant contained an Ile-1,781-Leu substitution, previously shown to confer resistance to APPs and cyclohexanediones (CHDs). Instead, an Ile-2,041-Asn substitution was found in resistant plants. Phylogenetic analysis of the sequences revealed that Asn-2,041 ACCase alleles derived from several distinct origins. Allele-specific polymerase chain reaction associated the presence of Asn-2,041 with seedling resistance to APPs but not to C…
Identification de gènes liés à la résistance aux herbicides non liée à la cible chez les Ivraies : vers des tests « moléculaires » de diagnostic
Identification of genes linked to non-target-site resistance to herbicides in ryegrass : towards "molecular" diagnosis assays. Setting up molecular diagnosis tools would greatly foster preventing and managing non-target-sitebased resistance to herbicides (NTSR). This is currently hampered by the complexity of NTSR genetic determinism, which is largely based upon differences in the expression of an unknown number of genes between resistant and sensitive plants. Identifying NTSR genes is thus a challenging task. Herein, we report the identification of 19 genes which expression patterns are correlated to NTSR to ALS-inhibiting herbicides in rye-grasses (Lolium sp.). We demonstrate the potentia…
Identification d'Eutypa Lata par PCR : procédure et premières applications épidémiologiques
National audience
Évolution de la résistance aux herbicides chez l’Ambroisie (Ambrosia artemisiifolia) : recherche des déterminismes génétiques et application au diagnostic moléculaire
National audience; L’ambroisie à feuilles d’armoise impacte à la fois la production agricole (plante adventice) etla santé publique (pollen allergisant et allergénique). Les inhibiteurs de l’acétolactate synthase(ALS), une famille d’herbicides, représentent aujourd’hui le levier le plus efficace pour lacontrôler. Cependant, des résistances à ces herbicides ont été identifiées chez l’ambroisie,entrainant des échecs de traitements. Les données disponibles montrent la présence derésistance liée à la cible (RLC, mutations structurales de l’ALS), mais l’essentiel de larésistance est lié à des mécanismes non liés à la cible (RNLC, modifications de la régulation oudes effecteurs du métabolisme sec…
Occurrence of non-target-site-based resistance to ALS inhibitors in the broadleaf weed Papaver rhoeas (corn poppy).
The vast majority of reported cases of resistance to ALS inhibitors in broadleaves is due to the selection of mutant, herbicide-resistant ALS alleles carrying a mutation at one of a few ALS codons that can be easily identified (ALS-based resistance). Non-ALS-based resistance (non-target-site resistance, NTSR), considered to be endowed by differences in the expression of many genes, has essentially been reported in grasses and hardly ever in broadleaves. We investigated NTSR to ALS inhibitors in poppy by pairing plants resistant to ALS inhibitors with susceptible plants and subsequently analysing the segregation of resistance in F1 families. Poppy plants resistant to ALS inhibitors were geno…
Molecular Bases for Sensitivity to Acetyl-Coenzyme A Carboxylase Inhibitors in Black-Grass
Abstract In grasses, residues homologous to residues Ile-1,781 and Ile-2,041 in the carboxyl-transferase (CT) domain of the chloroplastic acetyl-coenzyme A (CoA) carboxylase (ACCase) from the grass weed black-grass (Alopecurus myosuroides [Huds.]) are critical determinants for sensitivity to two classes of ACCase inhibitors, aryloxyphenoxypropionates (APPs) and cyclohexanediones. Using natural mutants of black-grass, we demonstrated through a molecular, biological, and biochemical approach that residues Trp-2,027, Asp-2,078, and Gly-2,096 are also involved in sensitivity to ACCase inhibitors. In addition, residues Trp-2,027 and Asp-2,078 are very likely involved in CT activity. Using three-…
Subjects editors. Weed Research
PROD 2014-162 SPE GESTAD GEAPSI CT ? INRA
PCR-based detection of resistance to acetyl-CoA carboxylase-inhibiting herbicides in black-grass (Alopecurus myosuroides Huds) and ryegrass (Lolium rigidum Gaud)
International audience
Adaptive introgression from maize has facilitated the establishment of teosinte as a noxious weed in Europe
Global trade has considerably accelerated biological invasions. The annual tropical teosintes, the closest wild relatives of maize, were recently reported as new agricultural weeds in two European countries, Spain and France. Their prompt settlement under climatic conditions differing drastically from that of their native range indicates rapid genetic evolution. We performed a phenotypic comparison of French and Mexican teosintes under European conditions and showed that only the former could complete their life cycle during maize cropping season. To test the hypothesis that crop-to-wild introgression triggered such rapid adaptation, we used single nucleotide polymorphisms to characterize p…
Les phytoprotecteurs (« Safeners ») associés aux herbicides jouent-ils un rôle dans la sélection de résistances non liées à la cible ?
Do herbicide-associated "Safeners" play a role in the selection for non-target-site resistances ? To ensure or improve crop selectivity, some herbicide molecules are applied in association with a “safener”. Safeners are compounds that, at the rate applied, enhance herbicide-degrading metabolic pathways supposedly specifically in crop plants. The metabolic pathways enhanced by safeners in crop plants are highly similar to those exacerbated in taxonomically closely related weed species that evolved non-target-site based resistance (NTSR) to herbicides. Herein, we show an enhancing effect of herbicide safeners on NTSR in a major noxious grass weed: rye-grass (Lolium sp.).
Résistances aux herbicides : au Nord, c’étaient les Laiterons !
SPEGESTAD; Contexte - Après des échecs de désherbage de laiteron épineux à l’aide d’herbicides inhibiteurs de l’ALS (groupe HRAC B) en culture d’endives, l’hypothèse de la présence d’une résistance à ces herbicides a été étudiée. étude - Des tests biologiques avec un herbicide du groupe B (rimsulfuron) ont été effectués sur des populations provenant de parcelles « à problème ». Le gène de l’ALS a également été séquencé afin de rechercher la présence de mutations causant une résistance aux herbicides inhibiteurs de l’ALS dans ces populations. résultats - Les tests biologiques ont montré l’existence d’une résistance au rimsulfuron dans les trois parcelles étudiées. Des mutations au codon 197 …
Identification de mécanismes de résistance non liée à la cible grâce à la transcriptomique
We have witnessed a dramatic increase in the number of weeds showing herbicide resistance during the past three decades. The potentially most dangerous mechanisms of resistance endows Non-Target-Site based Resistance (NTSR): NTSR is polygenic, unpredictable and can confer cross-resistance to herbicides with different modes of action. High throughput sequencing methods, like RNA sequencing (RNA-seq), are particularly effective to identify genes differentially expressed between two experimental modalities. Therefore, RNA sequencing was implemented to identify genes involved in NTSR to clodinafop (an ACCase inhibitor) in black-grass. Black-grass transcriptome was sequenced from 4 sensitive pla…
Universal primers for PCR-sequencing of grass chloroplastic acetyl-CoA carboxylase domains involved in resistance to herbicides
Summary Primers were designed to amplify two regions involved in sensitivity to herbicides inhibiting the plastidic acetyl-CoA carboxylase (ACCase) from grasses (Poaceae). The first primer pair amplified a 551-bp amplicon containing a variable Ile/Leu codon at position 1781 in Alopecurus myosuroides sequence. The second primer pair amplified a 406-bp amplicon containing four variable codons (Trp/Cys, Ile/Asn, Asp/Gly, Gly/Ala) at positions 2027, 2041, 2078 and 2096, respectively, in A. myosuroides sequence. Both primer pairs amplified the targeted fragments from genes encoding plastidic ACCases, but not from the very similar genes encoding cytosolic ACCases. Clear DNA sequences were obtaine…
An isoleucine-leucine substitution in chloroplastic acetyl-CoA carboxylase from green foxtail (Setaria viridis L. Beauv.) is responsible for resistance to the cyclohexanedione herbicide sethoxydim.
The cDNAs encoding chloroplastic acetyl-CoA carboxylase (ACCase, EC 6.4.1.2) from three lines of Setaria viridis (L. Beauv.) resistant or sensitive to sethoxydim, and from one sethoxydim-sensitive line of Setaria italica (L. Beauv.) were cloned and sequenced. Sequence comparison revealed that a single isoleucine-leucine substitution discriminated ACCases from sensitive and resistant lines. Using near-isogenic lines of S. italica derived from interspecific hybridisation, we demonstrated that the transfer of the S. viridis mutant ACCase allele into a sethoxydim-sensitive S. italica line conferred resistance to this herbicide. We confirmed this result using allele-specific polymerase chain rea…
Nucleotide Variability at the Acetyl Coenzyme A Carboxylase Gene and the Signature of Herbicide Selection in the Grass Weed Alopecurus myosuroides (Huds.)
Acetyl coenzyme A carboxylase (ACCase) is the target of highly effective herbicides. We investigated the nucleotide variability of the ACCase gene in a sample of 18 black-grass (Alopecurus myosuroides [Huds.]) populations to search for the signature of herbicide selection. Sequencing 3,396 bp encompassing ACCase herbicide-binding domain in 86 individuals revealed 92 polymorphisms, which formed 72 haplotypes. The ratio of nonsynonymous versus synonymous substitutions was very low, in agreement with ACCase being a vital metabolic enzyme. Within black grass, most nonsynonymous substitutions were related to resistance to ACCase-inhibiting herbicides. Differentiation between populations was stro…
Gestion des herbicides - Christophe Délye : "la résistance se developpe chez les dicotylédones"
Interview article par Nicolas Bousquet SPE GEAPSI CT ?; La résistance aux herbicides de la famille des inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS) ne concerne plus seulement les graminées en France. Elle est désormais présente chez trois dicotylédones et risque de s’étendre à d’autres espèces si une gestion responsable et diversifiée des solutions disponibles n’est pas appliquée. Christophe Délye, chargé de recherches à l’INRA travaillant sur les résistances aux herbicides, explique les mécanismes en jeu dans la résistance des dicotylédones.
An “omic” approach towards molecular diagnosis of resistance to auxinic herbicides in Corn poppy (Papaver rhoeas)
National audience; Papaver rhoeas (corn poppy) is a major, troublesome weed in winter crops. In conventionalagriculture, poppy control is essentially achieved through herbicide application. Followingintensive use of these substances, resistance has evolved in many poppy populations across itsrange in Europe. Among the herbicide modes of action concerned by resistance are auxinmimeticherbicides (HRAC group 4/O). Resistance to this mode of action has little beeninvestigated, and its determinants remain largely unknown. Literature data suggests that, whiletarget-site-based resistance exist, non-target-site-based resistance mechanisms may bepredominant. Target-site-based resistance to auxinic h…
Orobanche rameuse du tabac (Phelipanche ramosa L.) : Identifier de nouvelles solutions conventionnelles et de biocontrôle
The branching broomrape, Phelipanche ramosa L. is an obligate parasitic plant, which in a few years became a major agronomic problem for tobacco crops in France. Two approaches, aiming at controlling broomrape were tested within the framework of the ELIOT project grouping Arvalis, the CT2F cooperative and the INRA center of Dijon. The first relates to sulfonylurea herbicides, including rimsulfuron and sulfosulfuron and a systemic herbicide of the cyclohexanediones family, clethodim. The results, although instructive, do not reflect an effective control of broomrape. The second approach deals with the search for soil-borne fungi that are pathogenic to broomrape. A large number of fungal stra…
A whole-transcriptome approach to unravel non-target-site-based resistance to ALS inhibitors in Ambrosia artemisiifolia
International audience; Non-target-site-resistance (NTSR) to herbicides is a major cause for chemical control failure in a number of weeds. Studies investigating NTSR essentially considered grass weeds. Here, we investigated the transcriptomic bases of NTSR to ALS inhibitors in the global, allergenic weed Ambrosia artemisiifolia. Our objectives were to establish a transcriptome resource for A. artemisiifolia and to use a comparative, quantitative transcriptome sequencing approach (RNA-Seq) to identify candidate NTSR genes in this species. Using the PacBio sequencing technology that generate long sequence reads, a transcriptome resource was obtained from the apical part of one 4-leaf plant, …
Une classification unifiée des produits de protection des plantes
CONTEXTE - La classificationdes PPP (produits de protectiondes plantes) par mode d’actionest un outil pour faciliter le suiviet la gestion de leurs ENI (effetsnon intentionnels) en particulierdes résistances de bioagresseurs à ces produits. Il existeactuellement plusieurs classifications, chacune concernantun seul type d’utilisation (herbicide, insecticide/acaricide,fongicide). Selon son usage,un même mode d’action, voireune même substance, est alorsrépertorié(e) dans des classifications différentes.PROPOSITION - Dans le butde faciliter le suivi et la gestiondes effets non intentionnelsdes PPP, cet article présenteune nouvelle classification deces produits :– unifiée, exhaustive, intégrée,«…
Diagnosis of non target site based resistance within rye grass(Lolium sp): development of quick and reliable tests
Non target site resistance (NTSR) is the major threat for effective herbicide-based control of grass weeds. NTSR, still largely unknown, is endowed by the regulation of a subset of the genes involved in the response of the weed to herbicide treatment. This study aims at identifying NTSR genes in rye-grass to develop resistance diagnosis tests. The transcriptome of plants resistant or sensitive to ALS inhibitors collected before and after herbicide application was sequenced using a deep sequencing technology. We identified genes differentially expressed between resistant and sensitive plants. We developed a RT-qPCR test to measure gene expression levels in individual plants from several popu…
La résistance aux herbicides en viticulture
SPEGESTADCT1 INRA; Le premier cas de résistance au glyphosate (groupe HRAC G) en France concerne l'ivraie raide (Lolium rigidum). Il a été découvert dans le Gard sur une parcelle de vigne et confirmé par des tests de laboratoire à l'INRA de Dijon en 2006. Depuis, cette résistance a été détectée dans 5 régions viticoles (Pays de Loire, Charente, Aquitaine, Midi-Pyrénées et Languedoc-Roussillon) et déclarée par la firme Mosanto. Dans le cadre de la gestion de cette résistance, un dispositif de surveillance a été mis en place. Il donne lieu à des prélèvements de graines sur le terrain dans des parcelles présentant des difficultés de désherbage du ray-grass. Les tests de résistance sont réalisé…
A single polymerase chain reaction-based assay for silmitaneous detection of two mutations conferring resistance to tubulin herbicides in Setaria viridis
International audience
Evolution de la résistance aux herbicides chez l’Ambroisie (Ambrosia artemisiifolia) : recherche des déterminismes génétiques et application au diagnostic moléculaire
National audience; Ce projet de thèse considère une plante adventice particulièrement problématique : l’Ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia), une espèce impactant à la fois la production agricole et la santé publique (pollen très allergisant et allergénique). Les inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS), une famille d’herbicides, représentent aujourd’hui le levier le plus efficace pour le contrôle de cette adventice dans les parcelles agricoles. Cependant, des résistances à ces herbicides ont été identifiées chez l’Ambroisie, entrainant des échecs de traitements. Les données disponibles montrent la présence de résistance liée à la cible (mutations structurales de l’A…
High-throughput detection of ALS-based resistance in the tetraploid common groundsel (Senecio vulgaris)
The Next Generation Sequencing (NGS) technologies offer tremendous possibilities for detecting and quantifying mutations endowing herbicide resistance in numerous samples. This would greatly assist resistance management by allowing monitoring numerous fields and/or analysing massive numbers of individual weeds. Yet, NGS use for herbicide resistance diagnosis purpose is very slow to emerge. Herein, we assessed the feasibility of herbicide resistance diagnosis using Illumina sequencing that is currently one of the leading NGS technology. Three PCR amplicons encompassing the eight ALS codons crucial for herbicide resistance (122, 197, 205, 376, 377, 574, 653 and 654) were amplified for both S.…