Search results for "Genoma"
showing 10 items of 40 documents
Trīs no antarktiskās ledus-brīvas augsnes jaunizdalīto Caudovirales kārtas bakteriofāgu raksturošana
2020
Darbā raksturoti trīs no antarktiskās ledus-brīvās augsnes paraugiem izolēti Caudovirales kārtas bakteriofāgi. Papildus tradicionālo mikro- un molekulārās bioloģijas metožu izmantošanai uzsvars tika likts uz in silico analīzēm. No Latvijas pirmās antarktiskās ekspedīcijas ietvaros ievāktajiem augsnes paraugiem tika izolētas raksturīgas baktērijas. Bakteriālie izolāti tika identificēti ar 16s rRNS gēna sekvenēšanas rezultātiem un bakteriofāgi tika atlasīti uz tādām identificētām baktēriju ģintīm, kurām vēl nebija aprakstīti to inficējošie vīrusi. Darba gaitā tika izolēti pirmie zināmie Sporosarcina sp. un Psychrobacillus sp. inficējošie bakteriofāgi. Izolētie bakteriofāgi tika morfoloģiski a…
Sequenziato il genoma del pomodoro selvatico
2014
Sequenziato il genoma del pomodoro selvatico. Lo studio pubblicato su "Nature"
Caracterización genómica del microalga Trebouxia sp. TR9 aislada del liquen Ramalina farinacea (L.) Ach. mediante secuenciación masiva
2015
Los líquenes son complejas entidades simbióticas originadas por asociaciones cíclicas e interacciones positivas de organismos muy diferentes, un hongo heterotrófico y uno o varios “fotobiontes” autótrofos fotosintéticos, tanto algas verdes unicelulares, como cianobaterias o ambos. Además, comunidades específicas de bacterias aparecen como simbiontes obligados de líquenes. En todos los talos del liquen Ramalina farinacea (L.) Ach., coexisten las dos mismas especies de algas Trebouxia (T. jamesii -TR1- y Trebouxia sp. TR9). Esta forma de asociación simbiótica específica y selectiva es interesante como modelo de la coexistencia de dos especies diferentes de Trebouxia dentro de un mismo talo li…
Quarry Island. Paesaggi in transizione
2022
Il presente abstract presenta e accompagna gli esiti di una ricerca progettuale1 compiuta sul territorio dell’isola di Favignana, inteso come un campione di paesaggio dell’antropocene. In particolare, il progetto viene adottato come disciplina esplorativa e conoscitiva e come procedura interpretativa di un complesso ed esteso sistema paesaggistico costituito dai bacini delle cave di calcarenite, la pietra con cui si è edificata nei secoli l’architettura dell’isola. Si tratta di un sistema capillare, diffuso, indissolubilmente legato alla genesi della forma urbana e alla costruzione dell’architettura, da potersi considerare a tutti gli effetti come il principio insediativo dell’intera isola.…
Trīs jaunu Siphoviridae dzimtai piederošu bakteriofāgu genoma un proteoma raksturošana
2018
Darbā pētīti trīs Siphoviridae bakteriofāgi no BMC DNS-fāgu kolekcijas. Papildus molekulārās bioloģijas metodēm darbā plaši lietotas in silico metodes. Iegūtās fāgu genomu consensus sekvences tika validētas ar atbilstošiem eksperimentāliem datiem. Fāgu genomi tika anotēti un tie uzrādīja augstu oriģinalitātes pakāpi. Tika konstatēts, ka jauniegūto fāgu proteomos atrodami daudzi evolucionāri konservatīvi ORF produkti, kuru homologi sastopami dažādos organismos, bet kuru funkcija paliek nezināma, līdz ar to tie kalpo par kandidātiem turpmākiem proteīnu strukturāli-funkcionāliem pētījumiem. in silico modulēšana ļāva izvēlēties turpmākās in vitro darbības genomu fizisko galu un DNS pakošanas st…
Estudio de la distribución clonal de aislados clínicos de Mycobacterium tuberculosis complex mediante técnicas genotípicas en el área de influencia d…
2019
La tuberculosis sigue siendo un importante problema sanitario y de salud pública a escala mundial. Por esta razón se han establecido estrategias que contribuyen a mejorar los procesos de control y vigilancia de esta enfermedad, basadas en el estudio epidemiológico molecular del complejo Mycobacterium tuberculosis. En las últimas dos décadas han surgido múltiples técnicas de genotipificación aplicadas a este microorganismo, permitiendo discriminar el origen clonal de los aislados clínicos en distintos contextos. El objetivo principal de este estudio es la caracterización molecular de 154 aislados clínicos del complejo Mycobacterium tuberculosis en el Departamento de Salud Valencia - Hospital…
Gēni Taphrina betulina genomā, kas iespējams kodē auksīna biosintēzes ceļus
2016
Taphrina betulina ir dimorfiska agrīnā askomicēte, kas inficē vairākas bērzu sugas un tām izraisa hiperplāzijas, ko sauc par vējslotām. Šādas hiperplāzijas ir tipisks simptoms auksīnu producējošo mikroorganismu infekcijām. Auksīns ir ticis izolēts no T. betulina un vairākām citām Taphrina ģints sēnēm. Auksīna biosintēzes ceļi kā arī to loma infekciju norisē lielākajai daļai sēņu ir vai nu slikti izpētīti, vai nav atklāti vispār. Šī dabra mērķis bija atrasts un anotēt par galvenā augu auksīna indolil-3-etiķskābes sintēzi atbildīgos gēnus T. betulina genomā. Gēnu meklēšanai T. betulina genomā lielākokārt tika izmantotas manuāli anotētās proteīnu sekvences no Taphrina deformans genoma. Genoma …
No augu izcelsmes pārtikas produktiem izolētu Yersinia enterocolitica ģenētiskā daudzveidība un virulences potenciāls
2022
Yersinia enterocolitica ir ievērojams pārtikas patogēns ar lielu ģenētisko daudzveidību. Virulences gēnu noteikšana celmiem no daudzveidīgiem avotiem var palīdzēt izvērtēt jersiniozes riskus sabiedrības veselībai. Darba mērķis bija raksturot no augu valsts izcelsmes produktiem iegūto Y. enterocolitica izolātu virulences potenciālu un ģenētisko daudzveidību, veicot pilna genoma sekvenēšanu. Darbā iekļauti 66 celmi no svaigiem dārzeņiem un salātiem. Iegūtās sekvencēs konstatēja ail (4,6%), inv (95,4%) un ystB (98,5%) virulences gēnu klātbūtni. Visi izpētītie Y. enterocolitica izolāti pieder pie nosacīti nepatogēna biotipa 1A. Izmantojot cgMLST, noteikts, ka izolāti nav ģenētiski saistīti savā…
Atgremotāju un vides Listeria innocua izolātu ģenētiskais raksturojums un invāzijas izvērtējums in vitro.
2021
Silva Gradovska (2021): Atgremotāju klīniskā materiāla un vides Listeria innocua izolātu ģenētiskais raksturojums un invāzijas izvērtējums in vitro. Listeria ģints baktērijas ir vidē plaši sastopami mikroorganismi, no kuriem Listeria monocytogenes un L. ivanovii spēj ierosināt listeriozi. Patogenitātes ziņā mazāk pētītā L. innocua ir Gram-pozitīva vides baktērija, kas ir radniecīga L. monocytogenes. Darba mērķis bija novērtēt L. innocua izplatību vidē un raksturot to kā iespējamo patogēnu, analizējot L. innocua izolātus, kas iegūti no 27 saimniecības fermu vides un atgremotāju abortiem, genoma līmenī. Darbā visiem L. innocua izolātiem ir identificēta atsevišķu virulences gēnu klātbūtne un n…
Hipofīzes adenomu šūnu raksturojums
2018
Hipofīzes adenoma ir populācijā bieži sastopams labdabīgs smadzeņu audzējs. Šobrīd trūkst informācijas par iespējamiem audzēja veidošanās mehānismiem un tā attīstību veicinošām mutācijām. Šajā pētījumā ir apkopoti 10 hipofīzes adenomu pacientu dati, kas iegūti ar molekulārām un šūnu bioloģijas metodēm. No hipofīzes adenomu operāciju materiāla tika iegūtas heterogēnas šūnu kultūras, kas tika raksturotas pēc audzēja un cilmes šūnu marķieriem, ka arī mutāciju spektra, izmantojot imūnfluorescentās krāsošanas, plūsmas citometrijas, vienas šūnas pilna genoma amplifikācijas un eksonu sekvenēšanas metodes. Rezultāti liecina, ka no hipofīzes adenomas paraugiem ir iespējams iegūt dzīvotspējīgas sfēra…