Search results for "sekvenēšana"
showing 9 items of 9 documents
JAUNIZDALĪTO CEDECEA DAVISAE INFICĒJOŠO BAKTERIOFĀGU IZOLĒŠANA UN RAKSTUROŠANA
2022
Darbā izolētas baktērijas no dažādu rožu dzimtas augļkopības kultūru augu lapām, kuras identificētas ar 16S rRNS gēna sekvenēšanas metodi. Izmantojot šīs baktērijas kā saimniekkultūras, tika izolēti 10 jauni dsDNS bakteriofāgi. Vēlāk ar Cedecea davisae baktēriju izolātu kā saimnieku no notekūdeņu paraugiem tika izolēti vēl 13 fāgi. Tālākai izpētei tika izvēlēts jaunizdalītais Cedecea fāgs Yanou. Fāgs Yanou ir Autographiviridae dzimtai, Teseptimavirus ģintij piederošs lītisks podovīruss ar 40865 bp garu genomu. Tas ir otrs līdz šim zināmais Cedecea ģints fāgs un pirmais raksturotais Cedecea lītiskais podovīruss. Bakteriofāga Yanou pilnais anotētais genoms deponēts GenBank brīvpieejas datubāz…
NO LATVIJAS NOTEKŪDEŅIEM JAUNIZDALĪTO AEROMONAS SALMONICIDA BAKTERIOFĀGU RAKSTUROŠANA
2022
Darbā aprakstīta no Jelgavas pilsētas notekūdeņiem izolētas un pēc 16S rRNS gēna sekvenēšanas identificētas baktērijas Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida celma JK jaunizdalīto bakteriofāgu raksturošana. Īpaša uzmanība tiek pievērsta no tās pašas pilsētas notekūdeņu parauga izolētam Aeromonas fāgam JELG-KS1, kas potenciāli reprezentē ne tikai jaunu fāgu sugu, bet arī ģinti. Izvelētā fāga padziļinātai raksturošanai tika veikta fāga dzīvescikla, morfoloģijas un saimnieka inficētspējas aprakstīšana, virionu stabilitātes noteikšana mainīgos vides apstākļos, fāgu pilna genoma sekvenēšana un funkcionālā anotēšana, kā arī citas eksperimentālās darbības. Fāga JELG-KS1 anotētais pilnais genoms …
Melanomas eksomu sekvenēšana ģenētisko marķieru identificēšanai
2017
Melanoma ir ļaundabīgs audzējs, kas attīstās melanocītu nekontrolētas dalīšanās rezultātā. Melanomas attīstībā liela loma ir gan indivīda ģenētiskajiem un fenotipiskajiem, gan apkārtējās vides faktoriem. Tieši pēdējos gados, pateicoties jaunākas paaudzes sekvenēšanas attīstībai, atklāti daudzi jauni melanomas attīstībā iesaistīti gēni, kas nodrošinājis ievērojami detalizētāku ieskatu melanomas ģenētikā un tās veidošanās procesos. Bakalaura darba mērķis bija identificēt jaunus ar melanomas attīstību saistītus ģenētiskos marķierus. Mērķa realizēšanai 11 melanomas pacientu asiņu un audzēju audu DNS paraugiem tika veikta eksomu sekvenēšana, izmantojot Illumina sekvenēšanas metodi. Tika veikta n…
Iedzimtu hiperholesterinēmiju izraisošo mutāciju noskaidrošana Latvijas populācijā
2015
Iedzimta hiperholesterinēmija (IH) ir nopietna ģenētiskā slimība, kurai raksturīgs paaugstināts zema blīvuma lipoproteīnu holesterīna daudzums asinīs. IH ir riska faktors sirds-asinsvadu slimībām. Šīs slimības cēlonis visbiežāk ir mutācijas četros gēnos – LDLR, APOB, PCSK9 un LDLRAP1. Darba mērķis bija noskaidrot IH fenotipu izraisošās mutācijas četros gēnos Latvijas populācijā, izmantojot liela apjoma paralēlās sekvenēšanas metodi. Darbā tika analizētas mutācijas 98 pacientos, kuriem ir aizdomas par IH. Ģenētisko variāciju noteikšanai tika izmantota jaunās paaudzes pusvadītāja sekvenēšanas metode. Rezultātā tika atrastas 97 dažādas nomaiņas, vairums no kurām ir APOB un LDLR gēnos, bet vism…
Eksoma dati farmakoģenētikas pielietojumā/ aspektā/ gaismā
2015
Farmakoģenētika pēta indivīdu ģenētisko īpatnību ietekmi uz zāļu vielas atbildes reakciju. Mutācijas gēnos var ietekmēt zāļu vielu metabolisma ātrumu – palēninot to vai pretēji – paātrinot metabolisma procesus, kā rezultātā terapija var būt neefektīva. Darba “Eksoma dati farmakoģenētikas pielietojumā / aspektā /gaismā” mērķis bija analizēt eksoma datus, noskaidrot un pierādīt piecu pacientu mutācijas, kuras saistītas ar medikamentu metabolismu. Tika veikta eksoma datu analīze, PCR sekvenēšanas reakcijas, sekvenēšanas rezultātu analīze, aprakstīto mutāciju apkopošana. Darbā tika izmantoti 5 paraugu eksoma dati. Tika analizētas CYP2C19, CYP2D6, CYP4F2, CYP2C9 un CYP2B6 gēnu sekvenču variācija…
MODY izraisošo mutāciju detektēšana, izmantojot eksomu sekvenēšanu
2015
MODY (Maturity Onset Diabetes of the Young) ir monogēnā cukura diabēta veids, kam raksturīga autosomāli dominanta pārmantošana un simptomu izpausme pirms 25 gadu vecuma. Mutācija kādā no trim gēniem – HNF1α, HNF4α un GCK, sastāda 70-80% MODY gadījumu, tomēr pastāv vēl vismaz 10 gēni, kuros radušās mutācijas spēj izraisīt MODY simptomus. Bakalaura darba mērķis ir detektēt MODY izraisošās mutācijas, izmantojot eksomu sekvenēšanu. Eksomu sekvenēšana tika veikta 11 pacientiem no trim ģimenēm. Vienā no ģimenēm tika atrasta jauna mutācija HNF1α, kas ir tikai ģimenes locekļiem ar MODY un noteikta kā slimību izraisoša, tādējādi apstiprinot diagnozi MODY3. Bakalaura darbs tika izstrādāts Latvijas Bi…
Trīs no antarktiskās ledus-brīvas augsnes jaunizdalīto Caudovirales kārtas bakteriofāgu raksturošana
2020
Darbā raksturoti trīs no antarktiskās ledus-brīvās augsnes paraugiem izolēti Caudovirales kārtas bakteriofāgi. Papildus tradicionālo mikro- un molekulārās bioloģijas metožu izmantošanai uzsvars tika likts uz in silico analīzēm. No Latvijas pirmās antarktiskās ekspedīcijas ietvaros ievāktajiem augsnes paraugiem tika izolētas raksturīgas baktērijas. Bakteriālie izolāti tika identificēti ar 16s rRNS gēna sekvenēšanas rezultātiem un bakteriofāgi tika atlasīti uz tādām identificētām baktēriju ģintīm, kurām vēl nebija aprakstīti to inficējošie vīrusi. Darba gaitā tika izolēti pirmie zināmie Sporosarcina sp. un Psychrobacillus sp. inficējošie bakteriofāgi. Izolētie bakteriofāgi tika morfoloģiski a…
Trīs jaunu Siphoviridae dzimtai piederošu bakteriofāgu genoma un proteoma raksturošana
2018
Darbā pētīti trīs Siphoviridae bakteriofāgi no BMC DNS-fāgu kolekcijas. Papildus molekulārās bioloģijas metodēm darbā plaši lietotas in silico metodes. Iegūtās fāgu genomu consensus sekvences tika validētas ar atbilstošiem eksperimentāliem datiem. Fāgu genomi tika anotēti un tie uzrādīja augstu oriģinalitātes pakāpi. Tika konstatēts, ka jauniegūto fāgu proteomos atrodami daudzi evolucionāri konservatīvi ORF produkti, kuru homologi sastopami dažādos organismos, bet kuru funkcija paliek nezināma, līdz ar to tie kalpo par kandidātiem turpmākiem proteīnu strukturāli-funkcionāliem pētījumiem. in silico modulēšana ļāva izvēlēties turpmākās in vitro darbības genomu fizisko galu un DNS pakošanas st…
No augu izcelsmes pārtikas produktiem izolētu Yersinia enterocolitica ģenētiskā daudzveidība un virulences potenciāls
2022
Yersinia enterocolitica ir ievērojams pārtikas patogēns ar lielu ģenētisko daudzveidību. Virulences gēnu noteikšana celmiem no daudzveidīgiem avotiem var palīdzēt izvērtēt jersiniozes riskus sabiedrības veselībai. Darba mērķis bija raksturot no augu valsts izcelsmes produktiem iegūto Y. enterocolitica izolātu virulences potenciālu un ģenētisko daudzveidību, veicot pilna genoma sekvenēšanu. Darbā iekļauti 66 celmi no svaigiem dārzeņiem un salātiem. Iegūtās sekvencēs konstatēja ail (4,6%), inv (95,4%) un ystB (98,5%) virulences gēnu klātbūtni. Visi izpētītie Y. enterocolitica izolāti pieder pie nosacīti nepatogēna biotipa 1A. Izmantojot cgMLST, noteikts, ka izolāti nav ģenētiski saistīti savā…