Search results for "transkriptoms"
showing 6 items of 6 documents
Alterations in blood sera metabolome and blood transcriptome in hospitalized COVID-19 patients
2021
COVID-19 pandēmija turpina būt lielākais globālais drauds sabiedrības veselībai, sasniedzot ne tikai apjomīgus infekcijas gadījumu skaitus, bet arī salīdzinoši augstu mirstību starp tiem (~2%). COVID-19 raksturīga heterogēna slimības gaita un šobrīd nav atrasti medikamenti, kas novērš smaga un kritiska stāvokļa iestāšanos. Lai noskaidrotu kādi mehānismi iesaistīti stacionētu COVID-19 pacientu patoģenēzē, tika veikta mērķēta metaboloma un transkriptoma analīze divos laika punktos: pacientam iestājoties slimnīcā un aptuveni 30 dienas vēlāk, tādejādi salīdzinot akūtās fāzes paraugus pret atveseļošanās fāzi. Rezultāti liecina par spēcīgām izmaiņām vairākos metabolajos un imūnsistēmas signālceļo…
Hipofīzes un aizkuņģa dziedzeru neiroendokrīno audzēju audu un šūnu modeļu transkriptoma izpēte
2021
Neiroendokrīnie audzēji (NET) ir retas, heterogēnas neoplazmas, kurām raksturīgas līdzīgas histoloģiskas, imunoloģiskas un strukturālas iezīmes. Gan hipofīzes neiroendokrīnie audzēji (PitNET), gan aizkuņģa dziedzera neiroendokrīnie audzēji (PanNET) bieži tiek diagnosticēti novēloti, tāpēc agrīnā audzēju diagnosticēšana, izmantojot bioloģiskos marķierus, ir būtisks faktors iespējamo komplikāciju novēršanai un priekšlaicīgai audzēju attīstības noteikšanai. Darba ietvaros tika optimizēts protokols transkriptoma bibliotēku sagatavošanai. Gatavās transkriptoma bibliotēkas tika sekvencētas uz MGI platformas, izmantojot MGI DNBSEQTM sekvencēšanas tehnoloģiju. Tika novērtēta PitNET sfēru modeļu atb…
Hipofīzes adenomu ietekmējošo kandidātfaktoru funkcionālā raksturošana šūnu kultūrās
2022
Hipofīzes neiroendokrīnais audzējs (PitNET) ir labdabīgs smadzeņu audzējs, kas ir viens no visbiežāk sastopamajiem audzējiem smadzeņu dobumā. Molekulārie un šūnu mehānismi, kas veicina PitNET patoģenēzi, vēl nav labi izprasti. Somatostatīna receptoru analogi (SSA) tiek izmantoti audzēju ārstēšanai, tomēr daļai pacientu ir novērota rezistence pret SSA, kuru būtiski ietekmē dažādu gēnu ekspresija. Šajā darbā PitNET šūnu līnijās tika validēti un funkcionāli noraksturoti PitNET transkriptomu sekvencēšanā atklātie G-proteīna signalizācijas regulatora 4 (RGS4) un miR-625-5p kandidātfaktori un novērtēta SSA transkriptomiskā un funkcionālā ietekme uz somatotrofo GH3 šūnu līniju. Iegūtie rezultāti p…
Prostatas vēža pacientu audzēju un bioloģiskos šķidrumos atrodamo ārpusšūnas vezikulu transkriptomu salīdzinājums
2019
Visdažādāko veidu šūnas izdala ārpusšūnas vezikulas (EVs) un ir pierādīts, ka tām ir nozīmīga loma prostatas vēža (PCa) attīstībā, jo tās spēj pārnest dažādas bioloģiskās molekulas, tostarp RNS, no vienas šūnas uz otru. Šis darbs ir vērsts uz plazmas un urīna EV, kā arī PCa audzēja un normālu prostatas audu transkriptoma izpēti, izmantojot RNS sekvencēšanas (RNA-seq) tehnoloģiju. Rezultāti uzrādīja, ka 1868 proteīnus kodējošie gēni un 1108 garās nekodējošās RNS (lncRNS) bija paaugstināti ekspresētas audzēja audos salīdzinājumā ar normāliem prostatas audiem, taču tikai 6% līdz 31% proteīnus kodējošie gēni un 1% līdz 5% lncRNS bija atrodamas EVs, kas liecina, ka EV ietvertā RNS saturs tikai d…
Metformīna ierosinātas izmaiņas gēnu ekspresijas profilos otrā tipa cukura diabēta pacientos
2019
Metformīns ir pirmās izvēles medikaments 2. tipa cukura diabēta ārstēšanā, tā terapeitiskais efekts ir pierādīts ļaundabīgo audzēju un neirodeģeneratīvu slimību ārstēšanā. Metformīnam ir raksturīga variabla efektivitāte, turklāt medikamenta darbības mehānisms joprojām nav skaidrs. Pētījuma ietvaros tika veikta uz nākamās paaudzes sekvencēšanu balstīta asins šūnu transkriptoma analīze 17 eiropeiskas izcelsmes 2. tipa cukura diabēta pacientiem pirms metformīna terapijas uzsākšanas un pēc trīs mēnešus ilgas metformīna lietošanas. Rezultāti liecina, ka metformīns statistiski nozīmīgi izmaina 28 gēnu ekspresijas līmeni 2. tipa cukura diabēta pacientu asins šūnās, turklāt tā ietekme uz šūnu signā…
Transkriptoma analīze akromegālijas pacientiem ar un bez medikamentozās terapijas
2019
Darba mērķis bija veikt somatotrofas hipofīzes adenomas audu transkriptoma analīzi pacientiem, kuri ir vai nav lietojuši medikamentozo terapiju pirms operācijas, analizējot SST/DA analogu izraisītās izmaiņas transkriptomā. Lai to realizētu tika izdalīts totālais RNS no pacientu somatotrofās hipofīzes adenomas audiem un sagatavotas transkriptoma bibliotēkas. Pēc tam iegūtie dati tika analizēti, izmantojot Galaxy platformu un programmu R un R Studio. Pēc datu analīzes tika iegūti 22 statistiski būtiski DEGs un no tiem viens būtiski iesaistīts signālceļš, kā arī intensitātes grafikā tika novērotas divas izteiktas gēnu grupas, kas iedalijās starp pacientiem atkarībā no medikamentozās terapijas.